十多日之後，上杉謙信指揮的日本中央軍順利攻佔了福井，打掉了叛軍最後一個據點。隨著最後一支大股叛軍被消滅，日本平叛戰爭基本上宣告結束。此時，只有陸奧，上野，信濃，美濃四個地區的山區裡面還有部分叛軍在活動。而圍剿這些叛軍的戰鬥將持續到十多年之後。不過，這些叛軍根本就成不了氣候，隨著天皇影響力的擴大，以上杉將軍幕府在日本各地的樹立起強大的威望，日本的戰亂基本上告一段落了。
朱祁鈺也帶著明軍將領返回了東京，天皇已經在這之前宣佈將正式定都東京，前首都京都將成為天皇的皇家封地，並且正式開始在東京前江戶城的地點修建新的宮殿。當然，天皇這次趕到了立川前來迎接明帝國皇帝朱祁鈺，並且完全以臣子的身份向朱祁鈺表示了臣服，承認了日本為明帝國藩屬國的地位，也承認了天皇本身僅為明帝國之下一普通王國國王的身份。
回到東京之後，自然免不了一番慶祝，而朱祁鈺也要為這次的日本平叛戰爭畫下一個圓滿的句號。從西軍首起叛亂，攻佔京都，到最後福井城被光復，叛軍大股部隊全部被殲滅，整場平叛戰爭持續了一年零十個月，而朱祁鈺也在日本呆了一年半的時間。現在，他必須要為這場持續了一年多的戰爭畫上一個句號，並且為日本新時代的開始留下濃重的一筆。作為日本君主國的皇帝。他也是日本的主人，按照朱祁鈺的想法，就算他沒有要讓日本發展壯大的意思，不過，他有責任讓日本保持穩定，並且讓帝國商人，帝國的百姓能夠在日本自由活動，而不受到任何的影響與危害。當然，這就需要他這個帝目皇帝在戰爭結束之後，將帝國的利益用條約的方式確定下來！
《明日東京條約》在繼《明日馬關條約》之後，又一份兩個國家之間的不平等條約。從根本上講，《明日東京條約》是《明日日馬關條約》的繼續，也是對前一條約的完善與發展。很多原本在《明日馬關條約》中沒有詳細規定，甚至沒有提到的一些關係到兩國利益的細節問題，在這份新的條約中都加以了詳細的說明與規定。當然，雙方簽訂《明日東京條約》已經是大半年之後的事情了，而且代表明帝國在條約上簽字的並不是朱祁鈺，而是外交部部長何山。當然，朱祁鈺在這裡所做的，就是先與天皇，準確地說，是日本幕府將軍。日本真正的掌權者上杉謙信達成了協議，開始了簽署這份條約的談判工作。也就是在此之後，雙方代表才先後在日本首都東京，以及明帝國的首都進行了數輪談判，並且最後在東京簽署了這份條約，這也就是《明日東京條約》的來歷！
因為這份條約中很多條款都是永久性的，比如日本割讓烏久島以南諸島給琉球王國，並且將種子島，以及周圍數十座島嶼連同九州島一起割讓給明帝國。比如日本永久開放馬關，神戶，大阪，名古屋，靜岡，橫濱六地。並且由明帝國在這六地設置租界，租界內，有外交，法律等赦免權。比如日本政府給予明帝國商人最優惠貿易權。比如日本全面開放國內市場，並且將中央軍數量限制在二十萬以下。還有很多，都是永久性的條款，所以直到現在，這份條約都仍然保存在帝國博物館，以及帝國檔案館裡，一直以來，都供帝國百姓參觀，並且是明帝國一直堅持對日外交政策的基礎性文件！
條約談判，簽署條約，可以說是當時的頭等大事。從根本上講，這是一份實現明帝國在日利益，並且保障明帝國在日利益的條約，對日本是沒有多少好處的。不過，當時的日本天皇，還有幕府都需要明帝國的，更需要明帝國皇帝的，所以他們也非常重視這份條約，在日本天皇看來，這份條約可以保證他今後仍然是日本天皇，而不是神秘地失蹤，不會神秘死亡。而在上杉謙信看來，要想日本保持穩定，那就必須要付出一些代價，而且條約中並不是沒有對日本沒有一點好處。隨著貿易的發展，日本也肯定會從與明帝國的交往中獲得好處，就如同當年日本遣使去唐王朝一樣，總會從相互的交往中獲得好處！
與《明日東京條約》談判工作同時展開的還有這次平叛戰爭軍費消耗的談判。按照之前朱祁鈺與日本天皇，以及上杉謙信達成的協議，這次平叛戰爭，是明帝國出兵協助天皇與上杉謙信平定日本國內叛亂，並且保證《馬關條約》中規定由明帝國獲得的利益。所以，赴日作戰的明軍戰爭消耗，傷亡軍人撫恤金，以及其他各方面的軍費都將由日本承擔。只不過，日本當時根本就拿不出一分錢來支付這筆龐大的軍費，這就需要雙方通過談判來解決這一問題。當然這一談判就容易得多了，雙方需要確定的只是各筆戰爭開支的大小而已！
當然，朱祁鈺沒有參加這些談判，也輪不到明帝國的皇帝來操心這些細節方面的事情。在戰爭結束之後，于謙就已經派了大批的官員過來，專門負責外交方面的談判工作。當然，于謙也極為重視這兩個談判，明帝國在這場戰爭中耗費巨大，如果找不到一點補償，如果無法從戰後獲取更多的利益的話，那不成了虧本買賣了？顯然，在這一點上，于謙已經受到了丁用這些商人出身大臣的嚴重影響！
需要朱祁鈺做的事情也不少，特別是一些象徵著帝國權利，象徵著帝國威望，象徵著帝國在日本統治地位的事情，都必須要由皇帝親自出面。為了這些事情，朱祁鈺在東京逗留了十多日，而這十多日裡，他做了幾件看上去很冠冕堂皇，看上去很風光的事情。
朱祁鈺做的件事情就是，以明帝國皇帝的身份，代表明帝國皇室，向日本天皇資助五十萬兩白銀，幫助天皇修建新的宮殿。顯然，這讓日本天皇欣喜若狂，同時也對朱祁鈺感激不盡，幾乎將朱祁鈺當成了天照大神！不過，朱祁鈺完全不是以皇帝的憐憫，不是以皇帝同情資助天皇這筆錢的，而是以商人的眼光進行的一次投資。在日本天皇拿到這筆錢之前，就已經提前承諾，將聘請明帝國的工程師與匠人修建皇宮，並且修建皇宮所需要的材料中，只要不在日本出產的，都將從明帝國商人手裡購買。結果，光是前去修建這座皇宮的明帝國工程師與匠人就從天皇的手裡賺了數十萬兩銀子回來，而那些高價販賣物資的商人賺得更多。特別是朱祁鈺手裡的那幾家公司，不但將那五十萬兩白銀都給賺了回來，而且還多賺了至少數倍的利息！
另外，朱祁鈺還友情捐了一筆錢給上杉謙信，讓上杉謙信修繕一下將軍府。當然，這筆錢完全就是友情捐助了，畢竟上杉謙信是個很節儉的人，他對將軍府的要求也不高。而朱祁鈺也沒有打算要在上杉謙信身上拿回這筆錢。反正他會在天皇身上賺回來的，就當是天皇出錢，朱祁鈺賺人情得了！
而朱祁鈺在離開日本之前，做的最重要的一件事情並沒有被記載下來，這就是他與上杉謙信的一次密談，而這次密談，最終將決定日本今後數十年，乃至數百年的命運！
「現在叛亂基本上已經平定了，不過這次叛亂給我們留下了太深刻的教訓，如果我們無法從叛亂中吸取教訓，並且彌補之前的過失的話，那麼平定叛亂的意義就將至少打一半的折扣！」朱祁鈺的神色雖然顯得很輕鬆，不過他的語氣一點都沒有給人輕鬆的感覺，「整場叛亂，日本生靈塗炭，遭殃的絕不是那些貴族，而是百姓。如果幾年後，十幾車，後，或者是幾十年後，再發生這樣的叛亂，難道我們還要再進行一場大規模的戰爭嗎？相信將軍也絕不希望看到這樣的事情發生吧？」
上杉謙信苦笑了一下，並沒有回答。
「將軍能於危難之時挺身而出，力挽狂瀾，挽救日本百姓於水火之中，這份豪情，這份勇氣，是其他人都不具備的。相信，將軍能夠坐在現在的位置上，並不是在為自己的未來考慮，對將軍來說，金錢，地位，名譽算什麼？恐怕，最讓將軍所放不下的還是日本百姓吧？」
「陛下……」上杉謙信長吸了口氣，「如果有得選擇的話，那麼我願意出家修佛，這才是我嚮往的生活！」
「當然，每個人都有權利去追求自己所嚮往的生活，不過，在我們選擇自己的生活之前，首先得明白自己在這個世界裡的責任與義務！」朱祁鈺也長吸了口氣，「如果可以的話，朕也希望結束現在這種四處征戰的生活，更希望在家裡配配老婆孩子，而不是在戰場上與敵人拚命。
可是，朕能這麼做嗎？帝國就是朕的孩子，是朕一手改變了這個帝國，如果現在朕放棄的話，那麼就是拋棄了自己的孩子，將這個還沒有長大成年的孩子拋入了風雨之中，任其自己去接受風雨的折磨與考驗。同樣的，將軍你也有一樣的責任與義務。將軍現在能夠放棄嗎？縱觀日本，除將軍之外，還有何人有能力力壓群雄，讓日本保持穩定？難道將軍沒有看到，現在在很多山區裡面還有叛黨在活動，而且各地的諸侯都在看著中央政府的舉措。天皇？得了吧，天皇在朕的眼裡就是個窩囊廢，根本就沒有能力統治一個國家，他只是個傀儡，只是個象徵而已，日本需要的，是如同將軍這樣的人才，是如同將軍這樣的能夠力挽狂瀾，能夠力壓群雄的英雄人物！」
「陛下……」
朱祁鈺壓了壓手，說道：「將軍難道認為，我們擊敗了織田信長，消滅了明智光秀就已經平定了叛亂嗎？不，這還僅僅是個開始。這場戰爭雖然結束了，但是新的戰爭已經開始。現在等待著將軍的將是一場沒有硝煙，沒有軍隊的戰爭，不過這場戰爭仍然將有人送命，仍然將血流成河，仍然將影響到整個日本，所有日本人的生存！」
「這……」上杉謙信微微皺了下眉毛，說道：「我確實不明白陛下的意思，難道我們還有敵人？」
「對，不僅僅有敵人，而且還是一個強大的敵人。」朱祁鈺站了起來，將雙手背在了背後，「將軍，我們不能只將眼光放在東京，日本還有很多地方，根本就沒有受到將軍的控制。朕問將軍一個問題，這次叛亂的根源是什麼？」
「這……」上杉謙信的嘴唇微微動了一下，把到了嘴邊的話又吞了回去。顯然，他所認為的戰爭根源與朱祁鈺此時要說到的並不一樣，所以上杉謙信決定先聽一下朱祁鈺的分析，然後再做出答覆。
「也許，表面上看起來，這場戰爭的根源是西軍一直有謀反之心，不過，在朕看來，這場戰爭的根源並不是這些，難道，沒有了織田信長，沒有了徐有貞，沒有了德川家康，明智光秀這些人，西軍就不會叛亂嗎？不，就算沒有了他們，還會有新的人出來代替他們，而鼓動著，慫恿著這些人謀反的動力只有一個，那就是利益！」朱祁鈺冷笑了下，站在了上杉謙信面前，「與西軍一樣，東軍當初也是由各個利益集團組織起來的，相信將軍對各利益集團非常瞭解吧？而正是這些利益集團，最終決定了這場戰爭是必然會發生的，而發生的時間只是個偶然，或者巧合而已。那麼，什麼人代表了這些利益？那就是日本的貴族，以及各地方的軍閥。織田信長在西軍中雖然佔有統治地位，而他控制的不過尾張一地而已，而西軍的其他地區，都有其他的軍閥，只不過，織田信長是眾多軍閥中實力最為強大的一個，並且他戰勝了很多軍閥，最終讓自己的地位得到了鞏固。現在，我們戰勝了織田信長，而且還消滅了他，但是，我們戰勝了其他的軍閥嗎？不，遠遠沒有，現在日本各地的軍閥仍然掌握著很大的權力，這些軍閥雖然表面上已經臣服，並且接受了中央政府的控制，可是實際上，他們會甘心受到控制，並且甘心交出手裡的利益嗎？」
「陛下的意思是……」
「要想保持日本穩定，要想讓日本百姓免於戰亂，將軍認為我們還要做些什麼工作呢？」
「這……」上杉謙信略微遲疑了一下，立即說道，「陛下的意思是，我們應該剪除這些軍閥武裝？」
「對，消滅所有地方軍閥，並且廢除貴族手裡的私人武裝，這才能夠確保地方無力對抗中央，當然，需要做的事情還有很多，僅僅剪除地方武裝軍閥是不夠的！」朱祁鈺坐了下來，「就朕所瞭解，日本還有一個很特殊的群體，那就是武士。這次的戰爭中，日本武士刺傷了衛廣，而且還給我們製造了巨大的麻煩。顯然，武士階層本身並不是社會的穩定因素，他們耕地勞作嗎？顯然都沒有，他們就是社會的蛀蟲，並不勞動，卻在吸取著社會的營養，並且壓搾那些在田地裡勞作的百姓，魚肉著沒有力量的百姓。當然，這些武士很多都是軍閥養著的走狗，正是他們的存在，讓軍閥有信心對抗中央，也讓軍閥有能力危害地方。當然，要對付軍閥，還必須要從根本著手。軍閥割據的基礎條件是什麼？是他們控制著日本各地重要的城市，而這些城市都很難以攻佔，至少，在以前是這個樣子。如果我們讓軍閥失去這些城市，或者說，讓這些城市變得無法防禦的話，那麼軍閥還有資本跟中央對抗嗎？」
聽到朱祁鈺這番話，上杉謙信大有感觸，同時也恍然大悟，要保證日本的安定，那麼就還有許多事情要去完成。至於朱祁鈺與上杉謙信另外的談話，在此就不多說了，僅僅這些，就將影響到整個日本，並且最終改變日本！
也就是從這裡開始，上杉謙信用了十多年的功夫削番，將各地割據武裝徹底剪除，鞏固中央政府的地位。當然，上杉謙信在削番的行動中做了很多的事情，比如「倒牆令」，這道命令要求日本各地的城市毀掉城牆，並且不得再修建任何城牆。除了東京與京都兩地之外，任何城市修建城牆，都是對中央政府的挑釁，必然會遭到政府軍的鎮壓。還有後來的「禁刀令」，這道命令原本只是針對武士的，即禁止武士帶刀。不過，後來這道命令也開始針對所有的日本人，在「禁刀令」全面推廣的時候，每十戶日本人才能共用一把菜刀，而且任何帶刀上街的人都將被視為罪犯，最嚴厲的懲罰將砍掉帶刀者的雙手！
上杉謙信為了鞏固中央政府的統治，採取了很多措施，比如組建警察機構，由從中央軍裡刪減下來的多餘軍人組成的這支警察部隊，這些警察是民間唯一可以帶刀的人。僅僅這一項舉措，就讓中央政府的權威在很多地區根本無人能夠挑戰！
顯然，朱祁鈺的目的達到了，當日本人的武裝被解除之後，除了幕府受益之外，得到最大好處的就是明帝國。後來，明帝國僅在日本駐紮了一個軍的兵力，這一點就讓明帝國少支出了大筆軍費！當然，朱祁鈺的最終目的就是徹底地奴化日本，讓日本人全都成為明帝國的奴隸，一群沒有任何威脅的奴隸！