京城叛亂之後，朱祁鈺曾下令在全城進行搜捕，追捕叛黨，不過最終並沒有找到太上皇朱祁鎮，以及叛亂魁首徐有貞兩人，甚至連徐有貞的親人都消失得無影無蹤了。一時之間，徐有貞以及上皇的去向成為了京城叛亂的最大謎團。顯然，當朱祁鈺下令在全國範圍內搜捕叛黨，並且重金懸賞徐有貞人頭的情況之下，徐有貞是不可能留在帝國境內的，只有逃出帝國，才有一線生存的希望！
也就是在這一情況之下，徐有貞帶著上皇逃到了遼陽，然後偽裝成商人進入了朝鮮王國，再在朝鮮南面港口，以重金買通了一夥日本海盜，準備逃往日本。在上了日本海盜的船後，徐有貞遇到了他根本就沒有想到的麻煩，那家來島家控制的海盜並不想將他們送到日本去，而是見財起心，要殺人取財。
危機關頭，徐有貞說出了自己的身份，以及朱祁鎮的身份，並且要見海盜的統帥。也算是徐有貞命不該絕，這支海盜的頭目是一個見了點世面的人，而且也聽說了明帝國京城發生的叛亂。他一搞清楚徐有貞與朱祁鎮的身份之後，就知道這兩人奇貨可居，立即就制止了手下，然後帶著兩人返回了來島家的老巢！
這時候，來島家已經與織田信長結盟，加入了西軍，並且剛在織田信長與本願寺的戰爭中立了大功，助織田信長擊敗了本願寺的水軍，正受到織田信長的重用呢。很快，徐有貞與朱祁鎮就被秘密地轉移到了名古屋，並且被織田信長軟禁了起來。
也就是在這個時候，徐有貞的命運出現了轉機，日本的歷史也在這個時候走上了另外一條軌道。個見到徐有貞的不是織田信長本人，而是織田信長手下最厲害的兩員大將之一的豐臣秀吉！顯然，這兩人碰到一起就絕不會有什麼好事！
豐臣秀吉早就有了入侵朝鮮與大明的野心，在西軍控制了日本大半辟江山，將東軍壓到角落裡去。並且順利地征服了九州與四國之後，豐臣秀吉就多次鼓動織田信長髮兵朝鮮。特別是在也先率瓦刺大軍進攻明帝國，一路打到了京城的時候，豐臣秀吉更是認為入侵朝鮮，並且以朝鮮為跳板進攻大明的時機已經成熟了，幾乎一有機會就會去鼓動織田信長髮兵朝鮮。顯然，織田信長不是瘋子，他非常清楚瘦死的駱駝比馬大這個道理，明帝國就算是國運衰落，也要比日本強大很多，而且日本國內的戰亂還沒有結束，如果發兵朝鮮的話，那不是給東軍機會嗎？
徐有貞的到來，讓豐臣秀吉看到了實現自己野心的希望。在徐有貞這裡，豐臣秀吉獲得了一些他夢寐以求的情報，比如明帝國有多衰弱，國內的情況有多麼的混亂。而豐臣秀吉興奮之餘，甚至沒有多加考慮這些話的真假程度。在當時的情況下，徐有貞為了保住自己的性命，讓織田信長不把他交還給朱祁鈺，他恐怕什麼話都能說得出來。而且，這個陰謀家在看出了豐臣秀吉的目的之後，更是竭力鼓動豐臣秀吉去說服織田信長入侵朝鮮，然後打回大明，好實現他控制明帝國的野心！
豐臣秀吉也正是拿著這些廢話去找到了織田信長，而織田信長當時也正好苦於沒有辦法對付上杉謙信，與東軍之間的戰爭進入了僵持階段。而西軍各利益集團是依靠一個共同的敵人才團結起來的，如果對東軍久攻不下，那麼各利益集團必然會為了自己的最高利益而分道揚鑣，甚至有可能投靠東軍，結果導致西軍全面失敗。在無法迅速擊敗東軍的情況之下，織田信長需要為西軍找一個新的目標，一個比擊敗東軍更崇高的目標。顯然，此時豐臣秀吉的提議影響了織田信長的決定，在發現西軍正在崩潰的情況之下，織田信長做出了決定，委派豐臣秀吉率軍入侵朝鮮，而他則留在日本，繼續對付上杉謙信！
正是這個決定，最終徹底地改變了日本歷史的走向，也就有了後來豐臣秀吉侵朝，以及數十萬日軍在朝鮮被明軍完全殲滅，而明帝國也正是為了這一原因而發動了東征戰爭！當然，這些都已經是往事了，而且在前面的篇幅中已經提到，就不再多囉嗦。
侵朝失敗之後，織田信長已經沒有了選擇。而且豐臣秀吉神秘失蹤，下落不明，讓織田信長失去了最厲害的將領。如果不是徐有貞確實口舌厲害的話，恐怕在織田信長一怒之下就把他給殺了。不過，這徐有貞一番唇舌之後，織田信長不但沒有殺他，反而還重用了徐有貞。關於織田信長為什麼會重用徐有貞，這只有朱祁鈺與上杉謙信才知道，因為朱祁鈺，上杉謙信兩人與織田信長單獨談話的那一段歷史根本就沒有記載下來，談話內容自然不會出現在任何一本歷史書上。不過，可以推斷，在當時的情況之下，織田信長確實沒有太多的選擇，啟用徐有貞，也許僅僅是為了更多的瞭解明帝國的情況，不過，這最終也導致了織田信長的悲慘結局！
後來，東軍秘密策劃，將天皇接到了宇都宮，而被織田信長送到了天皇身邊去的朱祁鎮也被東軍一起劫持到了宇都宮去，所以後來衛廣率第五軍突擊宇都宮的時候，找到了朱祁鎮，卻沒有找到徐有貞，因為徐有貞一直留在織田信長身邊，根本就沒有離開過織田信長半步！
明軍渡海東枕，織田信長迅速落敗，而最終說服織田信長放棄抵抗，與明軍談和的人正是徐有貞。從這一點上來看，徐有貞這人不但玩陰謀手段厲害，而且還很能忍。如果他不能忍的話，也不可能屈居於織田信長之下，利用織田信長的力量來與朱祁鈺做對了。
東征之後，織田信長在徐有貞的幫助下，制定了一套陰奉陽違的策略。表面上，西軍嚴格控制自己的行為，並且聽從天皇的中央政府調遣，並且讓出了很多地盤。而實際上，西軍一直在大規模採購武器裝備，囤積作戰物資，光是糧草，三年多時間之內，織田信長就利用尾張地區的富庶，為反叛準備了至少三年的糧草。當然，這三年多時間之內，織田信長，準確的說應該是徐有貞為了達到叛亂的目的，還做了很過多事情。
比如，通過買通中央政府的官員，在很多前西軍控制的地方按插自己的人手，秘密聯絡以前的同盟者。甚至通過威逼利誘讓一些中央政府，乃至東軍的將領與官員投靠到了西軍的懷抱裡來。不說別的，三年多時間之內，中央軍從明帝國採購的武器裝備之中，至少有三成變相流入了西軍手裡，而這其中，以火炮為主！
經過了三年的準備，當得知朱祁鈺率領的明帝國遠征軍在西洋遇到了麻煩時，徐有貞與織田信長產生了嚴重的分歧，這也最終導致了兩人之間的一場嚴重對抗。或者說，正是在這個時候，一心想要復仇的徐有貞徹底地對小心過頭織田信長喪失了信心。當時，徐有貞認為明軍遠征西洋，是反叛的最好時機，而織田信長則堅持認為，三年多的準備時間太短暫了，要想反叛成功，並且將明軍趕出日本，還至少需要三年的時間。顯然，在這一點上，織田信長的判斷是正確的，不過也不能說徐有貞的判斷沒有一點道理。如果明帝國集中全力西征的話，三年之內，恐怕那些能夠拖住明帝國後腿的國家都被打敗了，如果那個時候再發動叛亂的話，根本就沒有多少機會。就算能夠將明帝國駐日軍隊全都趕走，難道朱祁鈺不會再來一次東征，集中更多的，更強大的軍隊，一舉將日本的反叛勢力給剷平？
正是這一分歧，最後讓徐有貞決定向織田信長下手。顯然，在玩陰謀手段方面，織田信長比起徐有貞差多了。在他收留徐有貞的這幾年時間裡，雖然一直認為徐有貞被他控制著，被他所利用，不過實際上，是徐有貞在利用織田信長，而且徐有貞還秘密地控制了織田信長身邊的一批人，包括織田信長最為信任的德川家康！
在很大的程度上，德川家康與徐有貞是同一種人。如果沒有明帝國突然崛起，沒有朱祁鈺發動的西征，那麼最終統治日本的極有可能是德川家康。此人也極為擅長陰謀鬥爭，當初他與織田信長結盟，本身就是為了利用織田信長手裡強大的實力，好對付武田信玄，北條氏康，以及更為強大的上杉謙信，在關東地區謀求到一塊發展之地。不過，後來明軍東征，並且將德川家康控制的關東地區作為了最重要的軍事據點，還讓天皇將關東封給了那個外來的江戶王，顯然，德川家康也想復仇，更是對織田信長失去了信心。
兩人一拍即合，在德川家康的幫助下，不出半年，徐有貞秘密控制了織田信長身邊的人，而且將所有不受他控制的武士都想辦法調走了，有的則乾脆暗殺掉，然後再嫁禍給了中央政府與東軍！
也就在日本天皇太子神秘死亡之前，徐有貞在無任何外人知曉的情況之下，將織田信長軟禁了起來，並且利用一個極為酷似織田信長作為傀儡，繼續控制那些還不知情的西軍將領。當然，在這其中，德川家康起到了很大的作用，即使有一些西軍將領產生了懷疑，不過在德川家康都沒有任何懷疑的情況之下，這些人也都沒有再繼續調查下去。甚至連之前西軍的二號人物，織田信長手下兩員大將之一的明智光秀都沒有任何的懷疑！
鄧茂利用天皇對付織田信長是引發戰爭的直接原因，當然，如果從更深的角度來看的話，西軍叛亂是必然的，而利用天皇要捉拿織田信長髮動叛亂，這只是一個借口而已。徐有貞需要的也就是這個借口！不過，正是在這場叛亂的初期，徐有貞在軍事戰略指揮上的拙劣表現暴露無遺！
換了織田信長，甚至明智光秀在徐有貞的位置上，絕不會在叛亂初期犯那麼多的低級錯誤。首先，在西進沒有能夠將明軍殘餘部隊趕下大海的情況之下，就轉移主力去攻打關東地區。而後來，又在明軍登陸馬關之後，將圍攻東京的部隊轉移到西線戰場上來。可以說，這樣的錯誤犯上一次都已經算是非常的糟糕了，而犯上兩次，那就只有軍事白癡才能做得出來。
當然，產生這一結果的原因還有一個，那就是德川家康在叛軍中的影響力。最初徐有貞確定先西後東的戰略是沒有大問題的，即使是朱祁鈺也會做出同樣的決定來。不過，在進攻馬關的行動受到了挫折之後，德川家康堅持要在明軍主力到達之前佔領關東地區，因為這裡是他的老巢！而徐有貞不得不重視德川家康的要求，畢竟德川家康知道一切事情，而且有自己的一幫武士，也是玩陰謀手段的一個好手，徐有貞拿他根本就沒有任何辦法。
到這裡，謎底基本上都解開了。當明軍找到了被軟禁在密室裡的織田信長的時候，朱祁鈺就對這一經過猜了個八九不離十。而在聽完織田信長對之前發生的事情的講解之後，朱祁鈺更肯定了自己的猜測。後來，徐有貞招認的事情也與此差不多，只是在一些細節問題上有所出入，比如，明智光秀在這場叛亂中所扮演的角色！
聽完了織田信長的講述，上杉謙信也心事重重，顯然，這中間的變故，這段時間內發生的陰謀給他留下了非常深刻的印象，或者說，是讓上杉謙信十分的驚訝！驚訝之餘，上杉謙信也在暗暗慶幸，他幸虧一直跟隨朱祁鈺前進，不然的話，恐怕他的下場也不會好到哪裡去！
「將軍，不用想得太多，每個人都有自己的結局的！」朱祁鈺走出了關押織田信長的營帳之後，拍了下上杉謙信的肩膀，「當然，織田信長的路還沒有走完，還有最後一步，我們都拭目以待吧！」
「陛下準備如何處理織田信長？」
朱祁鈺看了上杉謙信一眼，說道：「將軍，你不要忘記另外一個人，織田信長還必須要做另外一件事情，我們才能知道另外一個人真正的立場！」
上杉謙信一愣，頓時明白了過來。顯然，朱祁鈺不會放過任何一個曾經欺騙過他，或者說想利用他的人！