讓第三軍進攻神戶，第二軍牽制大阪的日寇援軍，軍圍困福知山，這些動作，在陳懋的戰役計劃之中，其實都是虛招，其目的只有一個，將日寇在京都之外的所有兵力都牽制住，為第六軍奇襲京都創造機會！
從整個戰場的情況來看，第三軍猛攻神戶，軍成功圍困了福知山的敵寇，而第二軍雖然損失巨大，不過有效的牽制住了日寇主力大軍。這些都為第六軍奇襲京都創造了條件，打下了基礎。
在陳懋的戰場部署中，當第三軍猛攻神戶的時候，第六軍則停留在龜岡西面的山林之中，兩萬多人馬全都分散隱蔽了起來，甚至那些笨重的火炮都用樹枝給遮好了。嚴廣儒接到的命令是，在大阪的日寇前去救援神戶之前，他不能被日寇發現，必須要徹底隱蔽，只有在大阪的日寇主力被限制在神戶戰場上的時候，第六軍才能以最快的速度向京都突擊，用最快的速度打下京都！
當時，日本天皇雖然並不在京都，不過怎麼說，京都都是日本的首都，是日本的京城。在陳懋看來，打下京都的意義是非常巨大的。而且，在朱祁鈺部署的戰略計劃中，西路大軍也應該在第二輪戰略進攻中，打下京都是重中之重，這對朱祁鈺實現攻佔日本的戰略目的意義非常重大！
正是為此，陳懋才將真正的目標鎖定在了京都上，而沒有讓第六軍與第三軍夾擊日寇主力。顯然，到底是消滅日寇主力重要，還是佔領京都重要，在後來引起了很多戰史學家的爭論。這成了這次東征戰爭中爭論得最激烈的地方。很多人都認為，陳懋放棄了消滅日寇西軍主力的機會。一意佔領京都，給織田信長留下了大批有生力量，是後來日本戰亂的根源。不過。就當時地情況來講，陳懋將重點落到佔領京都上，並沒有太大的問題。這一方面為後來朱祁鈺的對日政策打下了基礎，而另外一方面，這也減少了明軍地傷亡，減少了戰爭的時間，顯然。這兩點的重要性是無法忽略的！
嚴廣儒在龜岡西面的山林裡足足埋伏了半個多月，當陳豫的騎兵牽引著日寇主力向神戶城撲去的時候。嚴廣儒才接到了陳懋地命令：立即率領第六軍出發，進攻京都！
在京都城守備的日寇並不多，只有一萬多人，而且是一支象徵性地防禦力量。當時。織田信長雖然也考慮到了京都的危險性，不過在織田信長看來，明軍的重點是對付他的這股主力，而京都僅僅是打開了通往本州島內部地大門而已，如果無法殲滅西軍的主力。那麼佔領京都的意義並不大。顯然，在對京都的政治價值認識上，織田信長並沒有朱祁鈺那麼長遠的目光。這也難怪，畢竟在日本地戰國初期，天皇的價值幾乎等於零，各地諸侯根本就沒有把天皇當回亨。這也是為什麼東軍在控制了天皇之後仍然無法打敗西軍的主要原因。不過，在朱祁鈺手裡，天皇。以及日本京都的政治價值就完全不一樣了。
嚴廣儒的第六軍不是騎兵軍，當他殺到京都城外的時候，日寇也接到了消息，立即關閉了城門，擺出了一雷死守的樣子來。這下，嚴廣儒有點為難了。在陳懋的命令中，攻佔京都是必須地，可是又不能給京都造成太大的破壞，在日寇不肯開門投降的情況之下，怎麼打？嚴廣儒想了半個多月，可都沒有想出個好辦法來。
既然已經殺到，那不打是不行的。嚴廣儒見城內日寇並不多，也就先讓炮兵對準了城牆進行炮擊。既然陳懋只說不能破壞城內的建築物，那總沒有限制對城牆進行炮擊吧？顯然，嚴廣儒在沒有更好的辦法之前，也就只能這麼打了！
炮擊持續了半日，京都南面的城牆就被徹底的轟成了碎片。本來京都就是日本各地諸侯的勢力禁區，其城防並不算好，那道城牆可有可無。在明軍強大的炮火下，很多更為堅固的城牆都承受不起，京都的這道城牆又算得了什麼呢？
城牆一倒，日寇紛紛退如了城內。嚴廣儒本想讓步兵進攻，可是一想到在城內打巷戰，必然要破壞城區的建築，嚴廣儒就讓步兵停了下來。無奈之下，他只能先讓炮兵將京都的城牆全都給「拆」了，然後用騎兵封鎖了京都外的所有通道，步兵則負責包圍京都，三日之內，京都已經成了一座完全「不設防」的城市。
日寇見到明軍沒有殺入城來的意思，一是不解明軍的意圖，二是更加大膽了，既然明軍不敢殺進來，那就在城內固守，看明軍拿他們怎麼辦！
見到日寇用這種「無賴」般的打法，嚴廣儒一急，反而想了個辦法出來。京都臨近琵琶湖，只有西面有一條小河，城內的市民以及日寇都需要從這條河裡取水。嚴廣儒派騎兵控制了河岸，然後等著日寇過來取水。然後，開始用步兵壓縮防線，一步步的緊縮日寇的活動範圍，讓日寇無法找到更多的水源。
這一招確實起到了一定的效果。圍困兩日之後，城內的日寇的麻煩大了。城內僅數口可水井可以使用，而這絕對無法滿足數萬人的需要。
在明軍控制了水源的情況之下，日寇根本就無法得到足夠的飲用水！
照此辦法圍困下去的話，京都必然淪陷，可這時候嚴廣儒也收到了消息，神戶已經被日寇主力包圍，第三軍陷入了苦戰之中。而陳懋也送來了新的命令，要第六軍不惜一切代價，以最快的速度打下京都。被這一逼，嚴廣儒想到裡一個好辦法。
當日晚，嚴廣儒故意讓城南的防線出現了鬆動，將幾個日寇的信使放了出去，接著，用騎兵在外圍將這幾個日寇的信使都攔截了下來（結果。還是放跑了幾人）。嚴廣儒在審問了這伙日寇的信使之後，給了他們一次機會，讓他們跟明軍合作。當然。不怕死的人肯定有，那怕死地人也肯定有。結果，兩個日寇信使屈服了。
亞廣儒讓這兩人吃了點皮肉之苦後，分付了一番，過了兩日，就將他們放了回去。而這兩個日寇將給京都的日寇守軍帶去一條具有「決定」性意義的消息，織田信長地主力在神戶被明軍全殲了！
當然，這消息是嚴廣儒炮製出來的。在放走了這兩個日寇之後。
嚴廣儒也下令步兵做好了攻城的準備。他也想好了，這一招管用最好。
到時候日寇主動投降，省了不少的麻煩。如果不管用，那就強攻，就算付出點代價。也必須要在今日之內打下京都！
這一招確實收到了效果。當京都的日寇守將聽聞織田信長大軍被全殲，連織田信長都失蹤的消息之後，心裡大駭不已。接著，明軍大軍壓城，攻城站迫在眉睫。在他看來。明軍等的也正是這一消息，織田信長地主力被殲滅之後，明軍已無後顧之憂，所以可以集中兵力攻城。
日寇守將三思之後，終於做出了一個將影響後世數百年的決定：投降！在日本歷史上，這個不知名地日寇將領（明史，日本史中都無記載，只是含糊地說了一句是個普通的軍官而已。還不是將軍）的決定引起了很大地爭論。有人認為，他如果再堅持守上幾日，把消息送給織田信長的話，那麼神戶一戰的結果就將完全不一樣，到時候明軍的計劃就將完全失敗。同樣的，也有人認為，他投降與否其實並沒有太大地關係，以當時明軍隊實力來講，打下京都是不成任何問題的。當然，也正是這名日寇的將領選擇了投降，這才沒有讓京都在戰火中化為一片廢墟（不過後來還是避免不了的被明軍炸成了廢墟），保持了日本的首都，不然的話，這座有著上千年歷史的城市就將徹底的從地球上消失了！
日寇主動投降，嚴廣儒鬆了口氣，立即派兵入城，收繳了日寇武裝。而此時，朱祁鈺嚴禁濫殺無辜地命令也早就傳了過來，嚴廣儒自然不敢亂殺一人，將日寇，以及城內的日本人都集中看管了起來。而在此之前，他已經派人以最快的速度去通知陳懋，鄧茂，以及衛平，報告佔領京都的消息。
只不過，此時神戶已經被徹底圍困，嚴廣儒派出的軍官沒有能夠直接進入神戶，而是在海邊繞了一圈，找到了李舜臣的艦隊，這才讓李舜臣把消息帶給了衛平。也正是如此，明軍佔領京都的消息晚了幾個時辰送到衛平這邊來。當衛平接到消息的時候，織田信長也已經從那些偷偷逃出京都，不肯向明軍投降的日寇那裡得知了京都淪陷的消息。
織田信長此時是沒有選擇的。他一直認為明軍的步兵軍都集中在神戶，現在他也認識到這個判斷錯了。明軍還有一支強大的步兵軍集中在了京都附近。現在京都已經淪陷，如果這支步兵軍以最快的速度南下的話，他就將遭到夾擊。無奈之下，織田信長只能撤出神戶地區，返回大阪，並且一路退到了奈良城，準備在這裡固守。另外，織田信長也沒有忘記通知在福知山堅守的明智光秀，讓他也撤退到亥賀一線，在若莢灣與琵琶湖之間組建新的防線。
可以說，陳懋這次組織的戰役進攻打得非常漂亮。除了陳懋的部署得當之外，各部的奮力戰鬥也是關鍵中的關鍵。而這其中，第三軍與第二軍是功勞最大的兩支部隊。而對衛平來說，正因為第三軍在神戶一戰中表現非常突出，不但攻破了神戶，而且還在城外擋住了日寇十多萬大軍的圍攻，才導致織田信長誤認為明軍的重點是在福知山一神戶防線，而忽略了京都方向上的防禦，為第六軍創造了機會。
同樣的，第二軍的頑強阻擊，為第三軍攻克神戶創造了機會，如無第二軍的頑強阻擊，兩萬多將士用生命換來的戰果，那麼第三軍不但無法攻克神戶，還將遭到日寇的前後夾擊，必然遭受徹底的失敗。
相對而言，軍在北面纏住了福知山的四萬多日寇，第六軍攻佔京都，雖然也都意義重大，為完成進攻戰役做出了巨大的貢獻，不過，其在戰場上的表現也絕對沒有第三軍與第二軍這麼搶眼了！
明軍取得勝利的另外一大關鍵就是陳懋對戰局的準確判斷，對己方軍隊的瞭解，以及做出的完整的戰役部署。當陳懋決定讓第三軍在神戶獨挑大樑的時候，衛平都有點擔心第三軍能否穩住陣腳，不過，他最後做到了，而且從始至終，陳懋都沒有向衛平增添一兵一足，即使是在神戶戰鬥最危急的時刻，陳懋也就最多讓李舜臣的艦隊去支援衛平，而沒有把第六軍派往神戶戰場。光是這點膽識，以及魄力，恐怕就不是多少將軍能夠具備的了。
另外，陳懋對第二軍的重用，也在戰役中起到了極為重要的作用。
陳豫在得到了重用之後，並沒有辜負這個老上級的期望，雖然第二軍損失大半人馬，但是最後仍然完成了戰役任務，成功的拖延了日寇主力的進軍步伐！
如果說，第三軍在神戶的進攻是一擊鉤拳，命中了日寇的軟肋的話，那麼第六軍在京都的進攻則是一擊又重又沉的直拳，直接打在了日寇的要害之上，就連朱祁鈺在聽聞第六軍順利佔領了京都之後，都興奮得跳了起來。而明軍這一路打出的組合拳，讓日寇應接不暇，即使是織田信長都沒能準確的判斷出明軍重拳的方向，更無從談起進行防禦了！
這一戰，明軍的損失也不小，是在整個東征戰爭中，僅次於馬關防禦戰與今市城攻防戰之後的，損失第三大的戰役。參戰的四個軍，一共損失人馬四萬餘人，其中第二軍的損失最為慘重，全軍減員大半，而第三軍的損失也不小，傷亡官兵近兩萬人。經過這一戰之後，西路大軍的能力也發揮到了極限，再也無力在短時間之內組織大規模的進攻了，只能在奈良到敦賀一線與日寇對峙。甚至可以說，這是西路大軍在此次戰爭中的最後一次大規模進攻戰役！