當鄧茂，陳豫兩人在九州島上大肆掠奪的時候，北面的戰場上也發生了巨大的變化。織田信長驚聞明軍在九州島登陸的消息之後，差點沒有嚇暈過去。明軍先是一記右鉤拳，將明智光秀的五萬人馬打得落花流水，而且讓織田信長不得不以最快的速度從前線上撤退下來，又在東軍手裡折損了幾萬人馬，好不容易逃回了尾張，現在明軍的左直拳再次打出，而且是勢大力沉的一拳，是威力無比的一拳！
織田信長沒有敢有絲毫的猶豫，他立即命令京都以西的所有兵力向長門集結，同時讓四國島加強防禦，接著，織田信長將明智光秀留在尾張，以抵禦東面的明軍，自己則親率五萬嫡系部隊奔向了長門。
也就是在鄧茂，陳豫他們搶得不亦樂乎的時候，織田信長已經率領近三十萬大軍，舉傾國之力殺向了長門，準備在長門與豐前挫敗登陸九州的明軍，至少要擋住明軍踏上本州島。雖然，幾百年之後，日本已經在北九州與下關之間修建了橋樑與海底隧道，不過在那時候，這裡仍然是一條海峽，不管海峽的寬窄，這裡都是一條海峽，一條讓日寇無法逾越的海峽。在沒有艦隊的支撐下，織田信長也只能在長門部署防禦，要想打到九州去，那幾乎是不可能的事情。不過，他不打過去，明軍自然會打過來！
陳懋讓鄧茂與陳豫放手去搶掠之後，他也收到了朱祁鈺送來的消息，在宇都宮找到了太上皇，接著新的消息送來，日本天皇封朱祁鎮為江戶王，而朱祁鈺則封了朱祁鎮為日本王。這下，陳懋立即就明白了皇帝的意思，這不是在給自己製造戰爭的理由嗎？既然有了一個更好的理由，那就要採取行動了。
當織田信長率軍到達長門的時候，陳懋也正在組織渡海作戰的事情。此時，他手裡只有衛平的第三軍，而嚴廣儒的第六軍還在對馬島那邊放火燒山呢。而衛平的第三軍也是一支超員編制的部隊，總兵力達到了空前的三萬五千人。第三軍出了少數的偵察騎兵之外，大部分都是步兵，另外其炮兵編製也是各軍中最大的。本來，衛平就是炮兵將領出身。也是明軍中唯一的一個正宗的炮兵將軍（衛廣只是個半吊子，更像是騎兵將軍）。所以，在第三軍成軍的時候，衛廣將其嫡系的炮兵都要了過來，再加上近三萬的步兵。這下，第三軍成了批組建的八個軍中，規模最大的一個！
有了第三軍，陳懋也沒有把織田信長的那些日寇放在眼裡。明軍的步兵就是以防禦能力出了名的。在大草原上，數萬以進攻出名的蒙古騎兵都沒能攻破明軍的防線，這些裝備低劣，還沒有多少戰馬的日寇就能打敗明軍？陳懋有信心在海峽對岸擊潰日軍。所以，在鄧茂他們出發不久之後，第三軍就在李舜臣指揮的艦隊掩護下渡過了海峽，在馬關（下關）北面登陸了。
第三軍的速度不可以說不快，在數百艘運輸船的幫助下，第三軍三萬五千人馬一天就渡過了海峽。然後立即進攻馬關，打下了日本本州島上的戰。
馬關守將是瀧川一益，此人也是織田信長手下猛將，織田四天王之一，與柴田勝家，豐臣秀吉，明智光秀三人齊名。當初，織田信長在掃蕩了本州島之後，就讓瀧川一益在此地駐紮，一是守護本州的門戶，而是防禦九州地區的大名。正因為馬關的重要性，在豐臣秀吉侵朝，織田信長與明智光秀進攻東軍的戰爭中，瀧川一益都留在了馬關，他的三萬兵馬也一直駐紮在這裡。顯然，在織田信長看來，能有瀧川一益守衛馬關，那這裡就萬無一失了。不過，這只針對的是九州那些大名的軍隊，而面對明軍，瀧川一益的那點兵力也算不了什麼。
衛平率軍登陸之後，立即開始圍攻馬關。而李舜臣的艦隊也在海面上排開，用炮火支援第三軍作戰。戰鬥從一開始，就打得異常的激烈。
在此役之前，明軍的火炮是無敵於天下的，特別是在大規模集中使用火炮的情況下，明軍炮兵幾乎能夠戰勝任何對手。不過，自瓦刺城堡一戰之後，明軍炮兵第二次遇到了麻煩，雖然這不是銅牆鐵壁那樣的麻煩，卻是威脅更大的麻煩。
就在第三軍包圍了馬關，準備先炮擊，再進攻的時候，日寇展開了反擊，而且是以明軍想不到的方式展開了反擊。瀧川一益竟然在城內造了兩百來門重型弩炮，而且還儲備了大量的「炮彈」巨大的石塊。
顯然，這一威脅是衛平與李舜臣兩人都沒有遇到的。雖然從技術角度來說，弩炮已經被淘汰了，可是在這裡，弩炮卻成了明軍最頭痛的事情！
瀧川一益造的這些弩炮，都需要一百二十人操作，而且還需要十多匹騾馬拉動，顯然非常笨重，不過威力也不可以小看，其安置在城樓上，射程甚至超過了明軍的火炮，只有艦隊一級戰艦上裝備的重型青銅炮的射程才勉強的超過了這種弩炮！
也正在衛平部署炮兵陣地的時候，日寇的弩炮開始了射擊，如不是衛平的侍衛反應及時，將他拖了下來，恐怕在日寇的輪射擊中，衛平就要以身殉國了。嚇出一身冷汗之後，衛平立即命令炮兵撤退。還好，弩炮的威力雖然大，射程也足夠遠，不過這發射速度就太慢了一點，明軍在損失了幾門火炮，三十多名炮兵之後，也驚慌失措地撤了下來。
火炮壓不上去，那就難以攻佔馬關。當日，明軍都在弩炮的射程之外呆著，一時之間，怎麼攻打馬關，成為了所有官兵討論的話題。而衛平也充分的調動了「群眾」的力量，在第三軍公開懸賞。誰要能提出有效的攻城手段，那就將得到他那一份戰利品！結果，在利益的強大驅動之下，當日，就有兩名軍官提出了兩個有效的辦法。
名軍官提出的辦法是築高牆，將火炮置於高處，這樣敵寇的弩炮就威脅不到火炮，而明軍的火炮還能夠增加射程，以此壓制樓上的敵寇弩炮。而第二個軍官提出的辦法是建造炮車，用炮車將火炮前送。這樣炮兵轉移迅速，可以在後方炮火的掩護與支援下推進，以壓制城內的日寇弩炮。這兩人的辦法結合起來就能有效地壓制日寇的弩炮了，而且這兩名軍官還是兩兄弟，顯然，他們也是一起想出這個辦、法的，最後也就平分了原本應該屬於衛平的那份戰利品。
確定了這種戰術之後，衛平立即組織起五千人員，另外還讓後面跟上來的兩萬朝鮮官兵也加入了築城的行列之中。兩日之內，一座高五丈，底部寬八丈，頂部寬三丈，長約兩里，足以部署一百五十門火炮的土城建好了。如果按照工程速度來計算的話，這肯定是世界一大奇跡，看來，戰爭所產生的動力，比任何促進作用都要明顯有效吧。
建好土城之後，衛平立即將一百五十門火炮運了上去。他還為這些火炮準備了充足的彈藥。為了保證炮擊的持續性，那兩萬朝鮮軍隊也擔任起了後勤運送的工作，將運輸船卸在海灘上的彈藥運送到戰場上來。
而趕製的一百門炮車也都已經造好了。這是一種需要由四匹馬拉動的重型炮車，非常的粗壯，雖然行進速度不會很快，不過卻足以承受起火炮射擊時產生的強大衝力，而且，每輛車還可以連同攜帶數十發炮彈與發射這些炮彈需要的火藥，五名炮手也都可以隨車前進，只在作戰的時候才需要下車。
準備好這一切之後，衛平立即對馬關發動了第二次進攻。幾乎同時，李舜臣的艦隊也在南面加入了戰鬥。這次，艦隊沒有採取拋錨炮擊的戰術，而是在航行中進行炮擊，這樣，如果日寇的弩炮攻擊艦隊的話，那麼戰艦還可以躲避。而李舜臣在每艘戰艦上都專門安排了一名瞭望員，觀察日寇弩炮的動向，如出現日寇弩炮威脅的話，艦隊就立即散開，以保證戰艦的安全。
這次，明軍沒有給日寇多少機會。一百五十門火炮，在近千名炮兵的操作之下，以一種難以想像的速度將炮彈砸向了馬關城。不到半個時辰，馬關西城樓上的所有弩炮都被摧毀，而且城牆頂部也出現了一個巨大的缺口。這時候，那一百輛炮車也出動了，趁著日寇城防鬆動的機會，這一百輛炮車壓到了距離城牆不足八百步的地方，開始猛烈轟擊城門與城牆，目的就是要把城牆轟塌，為步兵進攻創造機會。而後面的一百五十門火炮並沒有停止炮擊，而是用猛烈的炮火壓制城牆上的日寇，讓日寇無法組織起反擊，甚至連頭都無法抬起來。而城內，那些缺少了觀察與指揮的日寇弩炮，根本就發揮不了多少作用，打出的多數炮彈都落到了明軍進攻炮兵部隊的後面。
戰鬥打了一個上午，馬關城西面城牆轟然倒地。接著，明軍炮火轉移，開始壓制城內的日寇弩炮。在這種雙方都能傷害到對手的距離上，火炮的優勢就太為明顯了。日寇的弩炮發射一次，明軍的火炮就能發射至少五次，甚至十次。而且，火炮的炮絆都能夠爆炸，而日寇使用的弩炮炮彈多是石頭，少數的裝上了桐油的瓦嫩也無法對明軍炮兵構成多大的威脅。
這是一場血戰，一場炮兵之間的血戰，雙方都在拚命了。而日寇也將最後的「法寶」拿了出來，即一些混合了桐油，硫磺，火藥等縱火材料的炮彈。這些炮彈都是一些瓦罐，落地即碎，四濺的桐油被硫磺與火藥引燃，能夠在一大片範圍之內製造出短暫的大火，而十多輛明軍的炮車也被此摧毀。不過，戰鬥打到這個地步，雙方你死我活，沒有任何的退步空間，也不可能就此結束！
衛平也開始拚命了，見到城牆坍塌，早就已經準備好的一萬步兵，分成五隊，分別排列成散兵線，發動了進攻。幾乎同時，衛平將剩餘的一百多門火炮也全都拉了上去，而後方的一百五十門火炮更是超量裝填火藥，以求將炮彈射得更遠，因此，數十門火炮在戰鬥中報廢。
隨著明軍炮火的加強，日寇的弩炮也被一門門的摧毀掉了。特別是當明軍炮兵集中力量壓制日寇弩炮的時候，那些笨重的弩炮根本就無法隨意轉變陣地，只能等著挨打。戰鬥打到黃昏，明軍步兵殺入了城內，日寇的弩炮也基本上被摧毀完了。而城內的戰鬥持續了一整夜，負隅頑抗的日寇並不在少數，而是絕大多數，這些日寇可都是織田信長從尾張帶出來的嫡系部隊呢！
天明前，最後一夥日寇被包圍消滅，瀧川一益也在明軍衝上上來之前剖腹自殺。這一戰，確實相當的慘烈，交戰雙方投入六萬多兵力，雖然進攻一方的明軍有著極為強大的炮兵，在火器上也佔有巨大的優勢，不過，最終，明軍仍然為攻佔這座港口城市付出了慘痛的代價。明軍損失官兵近萬人，其中僅炮兵就損失了兩千餘人！
衛平也殺紅了眼，在佔領了馬關城後，他沒有讓一個日本人逃脫，然後縱容部下士兵在城內搶掠。不過，並沒有多少東西供衛平搶奪與焚燒了，戰鬥中，城內大部分房屋都已經被摧毀，而且很多城內的日本人都死於雙方的炮戰之中。結果，三日下來，明軍搶到的財物並不多，殺的日本人也不多。反正，沒有在馬關撈到多少便宜。
不過，佔領馬關的戰略意義是非常明顯的。控制了本州島上的這座港口城市之後，運輸船隻可以直接在港口內卸載貨物，這要比用小艇將貨物運送到海灘上方便了許多。同樣的，明軍也奪取了進攻本州的立足點，打開了本州島的大門。
陳懋也在這時候趕到了馬關，見到第三軍傷亡慘重的樣子，他也是心痛不已，不過沒有時間給陳懋與衛平傷心了，就在明軍佔領馬關三日之後，織田信長親率的三十多萬日寇已經到達了山口附近，距離馬關不過三十餘里！