在對馬島的南面，是靠近九州肥前與築前的壹歧島。雖然壹歧島離日本本土更近，不過，島上並無優良港口，因此明軍並沒有想過要將壹歧島變成進攻日本的前進基地。不過，攻佔壹歧島是必然的，這裡距離對馬島並不遠，如果島上的日寇打上對馬島的話，那麻煩就不小了！
在攻佔了對馬島上的港口之後，陳懋將第六軍留了下來，然後率領集團軍的三個軍殺向了壹歧島。不過，在怎麼攻佔壹歧島的問題上，陳懋手下的三名將軍產生了嚴重的分歧，每個人都提出了自己的想法。
衛平認為應該圍困壹歧島，讓島上的日寇自生自滅。當時，帝國海軍是沒有任何對手的，只要摧毀了壹歧島上的船隻，再南下佔領日本本土的港口，留一支艦隊在壹歧島附近巡邏，攔截從其他方向趕來的日本船隻，就足以封鎖壹歧島了。而壹歧島上儲備的糧食本來就不多，日寇都將被餓死，到時候，明軍不費一兵一卒就能拿下壹歧島。
顯然，衛平這個建議雖然可以讓明軍的主力都集中在日本本土戰場上，不過卻有點保守，而且分散了海軍艦隊。本來，李舜臣指揮的西面艦隊的戰艦就不多，只有朱祁鈺指揮的東面艦隊的一半，如果再分散的話，那西面艦隊就沒有多少戰艦了。另外，在明軍登陸日本本土的作戰中，艦隊需要擔任火力支援任務，如果分散艦隊，必然將增加登陸作戰的難度。最後，日本九州，以及本州島南部的港口並不少。且海上封鎖並不完全可靠，島上的日寇也能自己建造船隻。所以，根本就無法完成封鎖任務，反而會留下禍患。
與衛平不一樣，陳豫的建議很直接，攻打壹歧島，集中三個軍，以及海軍艦隊的力量，以最快的速度消滅島上的日寇！當然，這個建議是很魯莽的，明軍已經在對馬島上留下了一個軍的兵力，而且浪費了好幾天的時間，如果再在壹歧島上浪費時間的話，那就跟不上東路大軍的步伐了。且，要徹底消滅島上的日寇並不是那麼容易的事情。如果這裡的戰鬥拖延下去，讓日寇得到了在本土組織防禦的時間，那麼登陸作戰也不好打！
最後，鄧茂提出了自己的想法誘降。這是一個比較折中地辦、法，先讓艦隊炮擊壹歧島上的日寇營地，然後迫使日寇投降。不過，明軍在朝鮮的戰爭中，殺光了所有投降的日寇，這次，日寇會投降嗎？
這時候，李舜臣提出了個辦法，雖然，這個辦法有點大膽。還有犯上之嫌，不過陳懋立即就採納了。當然，這個辦法其實並不難，就是在迫降日寇的時候，偽造一份大明皇帝的赦令，以大明皇帝的名義接納這些日寇俘虜，然後再抓起來全殺了！
這確實是一個很大膽的想法，陳懋這些人都沒有想到，一是他們很尊重皇帝，二是他們根本就沒有往這方面想過，大概也只有李舜臣才能想到吧。不過，陳懋並不是一個思悲僵化的人，而且他也很清楚朱祁鈺的脾氣，如果能夠順利打下壹歧島的話，那麼就算再偽造幾份詔書，朱祁鈺也會同意。換了朱祁鈺在這裡，他甚至會親自下詔書，赦免這些日寇，然後再找個借口把日寇全殺了！
四人商量一番之後，就做出了決定。當日，艦隊分頭炮擊了島上沿海平原地區的十多個日寇營地，給日寇造成了極為嚴重的心理陰影。隨後，一名信使將偽造的皇帝赦命送到了島上去，交給了日寇的守軍統率。
這日寇將領原本就不是將軍，甚至不是軍人，而是個文臣。在本分到壹歧島來的時候，他就很是擔心，現在明軍打來了，他更是怕得要死，一見到明軍的信使送來了大明皇帝的赦免令，他立即喜出望外，不顧幾位部下的反對，立即將島上的日寇都召集到了南面的小港口附近，然後集體向明軍投降了。
當時，陳懋無無法判斷是不是所有日寇都已經投降，所以還專程派人送去了一批物資。在收繳了這些日寇的武器，將其統一看押起來之後，讓日寇飽餐了幾頓，也浪費了一些糧食。然後，再找幾個沒有多少戒心的日寇軍官，去將那些躲在島上腹地的日寇都找出來。
這一招確實收到了效果，三日之內，近兩千名躲在島上的日寇見到明軍沒有殺害他們的意圖（此時，嚴廣儒還沒有在對馬島上大開殺戒呢），而且還優待俘虜，加上一個個也餓得不行了，就乾脆都放下了武器，主動向明軍投降了。
等到這些俘虜都被看管了起來之後，鄧茂的軍對整個壹歧島掃蕩了一遍，將最後一些還沒有投降的日寇剷除了之後，軍撤到了港口，而陳豫的第二軍則已經將日寇給圍了起來，衛平的第三軍則在加快速度部署，鞏固第二軍的防線。
當日寇發現氣氛不對的時候，已經太晚了。當天晚上，明軍在食物中下了毒，大部分日寇都被毒死，一些警惕性較高，沒有急著吃飯的日寇雖然沒有被毒死，不過等待著他們的結果是一樣。在天黑之後一個時辰，所有日寇都完蛋了。當天晚上，明軍連夜清掃屠殺現場，本來所有的屍體都準備掩埋的，可是屍體太多，根本就埋不完，而且明軍還要留下精力在日本本土登陸。到最後，不得不將沒有來得及掩埋的屍體全都拋入了大海。也正是如此，後來日本人才會記載明軍在壹歧島大屠殺的事情，當然，明帝國的正史中絕不會記載這樣的事情，而是說這些日寇都是負隅頑抗，最終被消滅的！
打下了壹歧島之後，軍團在島上休整了兩日，一方面是士卒長途跋涉，都非常的疲憊。而且很多陸軍官兵不適合海上航行，出現了嚴重的暈船現象，到了壹歧島。很多人都被折磨得沒有一點人樣了。另外，當時大批的運輸船已經運回了釜山港，準備將更多的物資運送到對馬島，好明軍的進攻行動，沒有足夠的船隻將登上壹歧島的集團軍運到日本本土去。
陳懋也不得不下令在這裡暫時停了下來。不過，李舜臣指揮的西面艦隊就沒有歇著。而是趁集團軍在島上休整的機會，迅速率領艦隊南下，殺向了日寇本土港口。
當時，日本的主要港口都集中在西部地區，特別是以長崎為中心的九州島，一直是日本海上貿易發展得最為迅猛的地方。小西家族就是長崎的大商人家族，是日本最出名的商業家族。而在九州島，四國島，以及本州島之間的瀨戶內海更是日本航海業最發達的地區，集中了大量的港口。
當時，日本九州，四國與本州三島之間的交通完全依靠海上航線。
而織田信長以霹靂手段征服了日本西部地區之後。九州，四國兩地都成了西軍的大後方。當時，日寇使用的火器，除了戰前從明帝國購買的之外，大部分都是靠商人從南洋買回來的。明帝國出口到南洋的火器遠比出口到日本的多。而很多南洋國家見到日本商人千里迢迢地趕到他們這邊來買火槍，也立即看準了這個機會，做起了二道販子來。
同樣的，九州，四國兩地也是日本重要的糧食產地，是因為這兩地位置比較靠南，氣候更溫暖一些，而且沿海平原也不少，有大量適合耕種的肥沃土地。可以說，出了織田信長的老家尾張之外，九州與四國是日本最富庶的地方。當時，織田信長放棄了東進奪取關東平原的機會，而是南下進攻九州與四國，也正是看到了這一好處。
顯然，九州與四國對西軍來說是非常重要的，這也是為什麼朱祁鈺要分兵兩路，讓陳懋率陸軍主力進攻九州的原因。只要打下九州，那就相當於打掉了織田信長的一隻胳膊。而攻佔九州的步，就是要孤立九州島！
李舜臣沒有像顧成林那樣悟出海軍艦隊存在的價值，不過，他卻通過實際的行動來實現了這一價值。從這一點上來看，李舜臣確實對得起那一時期，明帝國海軍頭號名將的稱號。他率艦隊南下之後，一路都沒有閒著，先後炮擊了富岡，棕象，馬關，宇部，下松，中津，宇佐，大分，佐伯，宇和島等港口，幾乎一路殺出了豐後水道！
這一路打下來，明帝國海軍艦隊也給日本人留下了非常深刻的印象，而日本人，特別是九州與四國兩地的日本人都對李舜臣感到極為懼怕，還各他取了一個外號「海上大魔王」。當然，在日本人眼裡，這絕對不是一個褒義的外號，不過，在大明與朝鮮人眼裡，這絕對是對李舜臣的褒獎！
在富岡，李舜臣的西面艦隊炮擊了兩個時辰，消耗彈藥一萬五千發，結果，港內的百餘艘船舶被打沉，碼頭上堆積的貨物也遭受了巨大的損失，保衛港口的十多座炮塔被全數摧毀，守衛港口的日寇傷亡千餘人，還有數百名水手死於炮擊。
當日下午，艦隊抵達棕象港外。雖然，這只是一座小漁港，不過李舜臣並沒有手軟，艦隊炮擊了半個時辰，因為港口沒有炮塔，一些三級戰艦還殺入了港內，放出了縱火船，將港內的十多艘商船，以及一大批的漁船全都燒燬，而港口裡的日本水手死了上千人，港口設施幾乎全別破壞。
當天晚上上半夜，艦隊殺到了馬關港外面，日寇已經得到了消息，組織起了部分戰艦進行抵抗。這下，明軍艦隊大開殺戒，李舜臣成功佔據了上風位，將炮彈盡情的打向了日寇的戰艦。在摧毀了這些日寇戰艦之後，艦隊殺入港內，連續摧毀日寇炮塔十多座，燒燬港內停泊的日寇艦船數十艘，擊斃日寇兩千多名。另外，還派遣水兵上岸，焚燒了碼頭上的大批日寇物資。
天快要亮的時候，艦隊到達了宇部，對這座小漁港炮擊了半個時辰，將港口內的漁船全數摧毀之後，艦隊這才殺向了下松，迅速地摧毀了這座漁港。
艦隊在穿過了周防灘，到了中津外圍，將炮口對準了中津港內的日寇艦船。雖然，港內有十多艘日本戰艦，不過下關一戰，已經打得日寇水師肝膽具裂，哪敢出海迎戰。而李舜臣見日寇龜縮港內，更是毫不客氣，親率十三艘二級戰艦殺入港內，與日寇打了一場近戰，而李舜臣發明的囟炮也在戰鬥中受到了檢驗，其戰鬥力得到了充分的發揮，證明了囟炮是最適合近戰的火炮，其威力遠超過了以往使用的青銅炮！
艦隊在中津大打一場之後，並沒有停下腳步，而是以最快的速度殺向了四國島上的宇佐港，隨後又先後攻擊了大分，佐伯和宇和島四地。
在佐伯港，明軍艦隊遇到了一點小麻煩。日寇在聽聞明軍艦隊殺來的消息之後，立即架船開始逃離，而李舜臣率艦隊趕到的時候，大部分日寇艦船都已經逃出了港口。這次，明軍三級戰艦的速度優勢得到了極大的發揮，大部分逃竄的日寇艦船都被追上，不是被摧毀，就是被俘虜，能夠逃脫的只是極少一部分。而正是這次追擊，明軍艦隊殺到了宇和島外面，順帶將這座漁港也打了一遍。
這一場海上進攻打下來，艦隊官兵也已經是異常的疲憊了，而且艦隊的彈藥也快要用光了。李舜臣這才下令返航，如果還有炮彈，而且官兵還能堅持的話，恐怕他還真能一路殺下去呢。
當艦隊返回壹歧島附近的時候，陳懋率領的陸軍都已經上了運輸船。李舜臣沒有多耽擱，只讓陳懋等了半日，艦隊在補充滿了彈藥之後，立即再次南下，直接殺向了九州島北面，為陸軍登陸作戰起做準備了！