三日後，運送物資的船隊到達了濟州港，第二天，由衛平率領的陸軍也乘船到達了濟州港，明軍十五萬陸軍，以及供半年之需的作戰物資全數到達。朱祁鈺並沒有耽擱時間，立即組織起人員，召開了進攻日本的戰略部署會議。當然，陳懋在組建了總參謀部之後，其著手的件事情也就是策劃進攻日本的行動，並且拿出了數套可行的方案，以供朱祁鈺的選擇。這次，是總參謀部次在戰爭中發揮自己的作用。陳懋作為作戰會議的主持者，立即就發現了總參謀部的價值。
以往，明軍在作戰之前，才會制定作戰計劃，顯然，這是很不充足的。很多時候，都需要依靠朱祁鈺，以及其他高級將領來分析敵情，而這產生的麻煩並不小。比如，在北伐戰爭中，當明軍到達了和林之後，朱祁鈺就沒有隨同大軍打入瓦刺，結果只能由前線將領指揮軍隊作戰。雖然鄧茂，陳豫兩人沒有讓朱祁鈺失望，可兩路軍隊的配合並不理想，產生了一些衝突。而在朝鮮的抗日戰爭中，明軍兵分三路，分別從北面，南面，以及海上打擊朝鮮日軍。而三路大軍的配合並不是很理想。特別是在尚州地區，兩路明軍如果提前會師的話，那日寇就將敗得可最後，兩路大軍都錯過了這一機會，導致戰爭拖延了近一個月！
成立總參謀部的目的，就是為了解決這種混亂的情況，通過制定嚴密的作戰計劃，來協調各路進攻部隊的步伐。而明軍在作戰之中有了參考，自然就更能發揮出戰鬥力了！而且，通過提前制定不同的作戰計劃，也可以給明軍更多的選擇，然後根據情況確定最佳的作戰方案，以降低作戰的難度！
「這次作戰，分為三種方式！」陳懋在沙盤上講解了自己地計劃。「其一，大軍在九州登陸，攻佔九州之後，將其作為進攻日本的前進基地。向東，我們可以度過豐後水道，攻佔四國島，在此向北渡過瀨戶內海。進攻備前，播磨兩地，直接殺向西軍的腹地。另外，還可以渡過周防灘，在長門，周防兩地登陸，由西向東進攻，逐步蠶食西軍的領地。這一作戰過程，雖然路途漫長，卻穩紮穩打，不給日寇任何反擊的機會。逐步消滅西軍，達到徹底滅絕日寇的目的。當然，因為作戰行動過於持久，這對我們地後勤壓力非常大，要做好持久作戰的準備！」
將軍們都耐心的聽陳懋的講解，朱祁鈺也很是認真，畢竟，這是陳懋花了很大心神才搞出來的，是他的勞動成果。
「其二，大軍直接在尹勢灣登陸，殺奔尾張。尾張是西軍的主要根據地，更是織田信長的發家之地。另外，尹勢灣地區為日寇主要的產糧地，雖然地方不大，可其地位非常重要。西軍能力壓東軍，且有餘力侵朝，一個主要原因就是尹勢灣附近是日本最富庶的地方。如我軍在尹勢灣成功登陸，攻佔日寇的腹地，必然能沉重打擊西軍，達到瓦解西軍的目的。這一作戰計劃的好處是，作戰時間短，能夠快速見效，而且向東可以切斷西軍進攻越後的日寇西軍兵力，向西，則可以掃蕩日寇西部地區。當然，這一作戰計劃的問題是，我軍需要投入的兵力極大，且面臨兩線作戰的麻煩，另外，需要在極短的時間內運送大批的作戰物資，這對短期內的補給工作是一個極大地壓力。」
朱祁鈺慢慢的點了下頭，如果這是在日本戰國末年的話，那他有信心一舉擊潰日寇，畢竟到了戰國末年，日本的內耗相當嚴重，國力也被削弱了很多。而現在，日本地戰亂才打了幾年，在面臨外來壓力的情況之下，如果遭遇明軍進攻，恐怕日本各地的諸侯都將聯合起來，到時候，大明就是與整個日本作戰，不能小看日本的戰爭潛力！
「其三，兵分兩路。一路在日本東南地區登陸，可以是尹勢灣，也可以是駿河灣或者相模灣。此路軍隊的目的就是牽制日寇西路軍隊，在艦隊的炮火支援下作戰。而另外一路大軍則在九州島，或者是本州島西南面登陸，打擊日寇後方，達到瓦解西軍的目的。這一作戰計劃的好處是，可以前後夾擊日寇西軍，且相對投入地兵力，以及受到的後勤壓力都較小。不過，問題仍然是作戰時間將大大延長，無法在短期內結束戰爭，這對我們的持久作戰能力是嚴峻的考驗！而且，分兵兩處，將導致我軍的指揮系統過於複雜，難以協調行動，這個問題也不得不考慮！」
說完，陳懋就看向了朱祁鈺，他只是總參謀長，顧名思義，也就是提供意見的參謀而已。真正做決定的還是朱祁鈺。
朱祁鈺思考了一陣，說道：「這三個計劃都很好，照顧到了這次作戰的重點。確實，現在日寇最強大的就是西軍，所以，我們的重點打擊對象就是日寇的西軍。不過，還有一點，陳參謀長沒有考慮到，那就是，我們如果全力進攻西軍，會產生什麼樣的結果？」
將軍們都有點疑惑的看著朱祁鈺，至少對這些軍人來說，他們對軍事行動產生的政治影響都不大熟悉，不過，並不是所有人都這麼想。
「陛下，你的意思是，日寇在外界壓力下結束內戰，一致對外？」衛廣提出了自己的疑問，顯然，他是那種比較能夠思考的將軍。
朱祁鈺慢慢的點了下頭，說道：「正是如此。如果此事發生在我大明，就如同當初蒙古騎兵到了京城外的時候，我們怎麼做的？當時，主逃與主戰兩派都放棄了分歧，一致對外，先打退蒙古侵略者，然後再解決內部問題。如果我們全力進攻西軍的話，必然會讓東軍產生唇亡齒寒的感覺，在面對外界威脅時，日寇難道就不會先放下內部分歧，一致對外嗎？」
「那麼，我們就要想辦法解決這個問題！」鄧茂也點了點頭，顯然，他也明白了朱祁鈺的意思。而鄧茂也多看了衛廣一眼，之前，他對衛廣並不是很熟悉，不過剛才一句話，已經證明衛廣在某些方面並不比鄧茂差。
「對。必須要想辦法解決這個問題，也就是說，我們要找到一個出兵日本的正當理由，當然，這個理由其實是現成的！」朱祁鈺挺了下腰，走到了沙盤對面，「日本與我們的差別很大，他們雖然換了幾代幕府將軍，不過日本天皇並沒有換。如果，我們能夠控制日本天皇，然後以日本天皇的名義來出兵日本。先用全力打敗織田信長的西軍，然後再轉過身來幹掉上杉謙信的東軍，到時候，我們就是日本的統治者，至於怎麼處置天皇，那就要看我們的心情了！」
將軍們都大笑了起來，如果能夠騎到一個國家皇帝的頭上，那肯定是一件很過癮的事情，當然，這要先戰勝日本。把日本打趴在地上，那麼，他們就都是日本的太上皇了！
「好了，笑夠了。我們就嚴肅一點吧。這次作戰，是我大明次打出海外，向那些膽敢挑釁大明天威的無膽匪類發動進攻。這也是我大明軍隊次渡海作戰。我們必然會面臨很多地問題，也必然會面臨很多的挑戰。不過，我相信，大明的軍隊，是天下最能征善戰的軍隊，是天下最厲害的軍隊，任何敵人在我們面前，都是弱小的，都是烏合之眾！不過，我再次重申，戰略上，我們可以輕視敵人，不過，在敵人徹底倒下之前，任何人都不得輕敵，軍法無情，即使各位都是我大明將領，到時候，可別怪我手下無情！」
「陛下放心，我等絕不讓陛下失望！」眾將領紛紛表態。
朱祁鈺點了點頭，說道：「很好，我知道各位都不會讓我失望的，而且，你們也沒有讓我失望，我希望，這個記錄能夠一直保持下去。現在，我部署作戰行動……」
朱祁鈺採納的是陳懋制定地第三套計劃，不過，並不是完全採納，而只是借用了陳懋的創意，即分兵兩路，從兩個方向上對日本展開進攻。
西路大軍有陳懋直接指揮，轄集團軍以及第二集團軍的第六軍，由濟州島出發，先一步攻佔對馬島，然後進攻壹歧島，以此為基地，進攻肥前，築前兩地，掃蕩九州，以此為基地，向東掃蕩四國，向東北進攻日本，逐步蠶食西軍控制地地區，達到消滅日寇有生力量的目的。而且，此路進攻部隊可以直接從濟州島以及朝鮮南部的釜山等港口獲得補給，還可以在對馬島，壹歧島建立前進基地，以此為進攻日本的前站。這能極大的緩解明軍的後勤壓力，而且，有利於利用朝鮮軍隊控制明軍的佔領區，只由明軍負責前線作戰行動，減少明軍的投入。
東路大軍由朱祁鈺親自率領，由帝國海軍艦隊，第二集團軍的第四，第五兩軍，以及近衛軍組成。這路明軍直接殺入江戶灣炮擊沿海的日寇，然後在附近登陸。而這一路明軍的任務只有一個，以最快的速度殺到宇都宮，將天皇搶過來，然後以天皇的名義，來發動這場戰爭，為此，衛廣地第五軍幾乎全由騎兵組成，而羅國棟的第四軍則主要由步兵與炮兵組成，以在沿海地區固守，吸引日寇主力，做衛廣的支援！
部署完成之後，朱祁鈺看了一眼周圍的將領，說道：「各位，所謂將在外，軍命有所不授。此番部署，只是作戰參考，到底該怎麼打，各位也都心裡有數。你們都是久經沙場的戰將了，所謂兵無常勢，這就是說，戰爭的變化很大，不能完全依靠計劃來行動，而一個優秀的將領，是能夠依靠戰局的變化來調整作戰行動的。所以，在這裡，我仍然給你們臨戰決定的權力，只要朝著我們地最終目標前進就行。各位，在此，大明帝國的前途，就拜託各位了！」
見皇帝這麼客氣，眾將領立即說道：「陛下放心，臣等鞠躬盡瘁，為大明征戰沙場，絕不辜負陛下，以及大明百姓的厚望！」
當晚，朱祁鈺設宴款待了參加這次遠征作戰的十多位將軍，另外，也讓濟州島上的明軍官兵都好好的放鬆了一晚。而朝鮮國王派來的慰問團更是極大的提高了將士們的士氣，讓這些身在異國他鄉作戰的明軍官兵並不感到孤獨。
當天晚上，朱祁鈺寫了兩封信，讓人帶了回去。一封信是給于謙的，主要是讓于謙穩定國內局勢，減輕百姓壓力，不能在大軍東征的時候，發生內亂，以及保證大軍的後勤供應，助朱祁鈺迅速戰勝日本。另外一封信是寫給皇后柴美嬌的，朱祁鈺在心裡先是表達了對家人的思念之情，然後讓柴美嬌負責監督帝國海軍的發展工作，畢竟柴美嬌不僅僅具有皇后的身份，她還是柴家的大小姐，是柴匯的獨女，也是海軍方面的專家，由她來負責監督海軍的建設工作，朱祁鈺自然不用擔心了！
第二日一早，朱祁鈺就準備率軍出發了。而朝鮮國王的使者也及時的趕到了濟州島，將一份重要的禮物送給了朱祁鈺一面黑色底，上面繡有金龍出海吞日的大旗。這正好寓含了這次朱祁鈺率軍遠征日本的意義。朱祁鈺也欣然接受，並且讓人將這面旗幟插到了旗艦「帝國」號主桅的頂端。
朱祁鈺當時並沒有決定將此作為帝國海軍軍旗，不過，當這面旗幟飄揚在了「帝國」號的頂端時，大明帝國海軍將士都記住了這面旗幟，後來，這也就成了帝國海軍的軍旗。從此，這面象徵著帝國海軍，象徵著世界上最強大的帝國的旗幟將飄揚在世界的各個角落，哪兒有這面旗幟，哪兒就會有大明帝國海軍將士的身影，哪兒就有大明帝國的海軍艦隊。這也就成了大明帝國本身的象徵。後來，大明帝國的國旗甚至都是在此基礎上進行改進的。當然，後來也不會有人介意，這面海軍軍旗是朝鮮國王贈送的，畢竟，朝鮮在很大程度上，就是大明帝國的一部分！