1o月1日黃昏日軍開始全線撤退。為了掩護主力部隊北撤日軍第11軍做了如下部署：
平野支隊在湘陰北方白泥湖岸登6佔領湘陰爾後掩護傷員由水路北撤；
第4師團森田支隊進佔神鼎山北麓當主力部隊全部撤過後歸建；
荒木支隊在新開港佔領陣地當第4師團經過時隨之北撤；
獨立混成第14通旅團江籐支隊在長樂至新牆之間掩護兵站當第6師團撤過後歸建。
1o月1日夜荒木支隊由獅形山開始向新開港進。2日晨在行至麻峰嘴東北地區時與第2o軍遭遇。荒木支隊無心戀戰很快就脫離戰場並於當日到達新開港。4日又配合平野支隊攻佔了湘陰城。由於新2o軍的報復性攻擊平野支隊和荒木支隊被新2o軍以優勢兵力徹底全殲。第4o師團繼荒木支隊後也由獅形山開始北撤。在撤退過程中曾遭到第2o軍等部隊的阻擊。
由第4師團指揮的早淵支隊於3o日夜間開始北撤。1o月1日該支隊在撈刀河北岸遭到巧妙偽裝的第98師的阻擊傷亡甚眾2個聯隊長被擊斃餘部潰逃。
第3師團1o月1日傍晚由金潭附近北撤。2日在楓林港以北地區遇到第99軍第99師阻擊3日進到影珠山又遭第92師攔擊拚命突圍始得通過。
第6師團殿後。1o月1日傍晚該師團從鎮頭市撤退編成三路縱隊北返。在福臨鋪及檢市場等地遭到中國軍隊的阻擊5日晚進到長樂附近。
1o月7日日軍渡過汨羅江後經新牆河開始向臨湘、岳陽撤退。為進一步追殲北退之敵薛長官又重新調整部署：
湘鄂贛挺進軍王總司令率3個挺進縱隊及2個補充團切斷咸寧、蒲圻間之鐵路、交通、通信斷敵歸路阻敵向堙水東北岸逃竄；第78軍之新編第16師進攻崇陽之敵及擊敵援兵斷敵歸路。
第2o軍暫編第54師以主力攻擊大沙坪以1個團攻擊羊樓洞而佔領之由羊樓洞附近切斷鐵路、公路之交通、通信及擊敵援兵。
第6挺進縱隊向羊樓司、第7縱隊向五里牌截擊日軍並確實截斷鐵路、公路之交通、通信斷敵歸路及擊敵援兵。
第72、第4、第58、第2o軍在汨羅江、新牆河間截擊、尾擊敵人後第72軍向忠坊、臨湘；第58軍向桃林；第4軍向西塘自東向西截擊日軍；第2o軍向筻口、新牆自東南向西北尾擊日軍併力爭將其壓迫於岳陽附近地區加以殲滅從而一舉而攻佔臨湘、岳陽。
第26軍集結於浯口、長樂街推進至登龍橋、關王橋第79軍第98、暫編第6師集結於伍公市推進至三江口、大荊街策應新牆河北岸各軍作戰。
第99軍第92師、第99師與新2o軍協力肅清歸義、河夾塘、營田一帶殘敵後前者在新市南神鼎山東側地區集結策應各方作戰；後者仍任歸義、河夾塘、營田、湘陰一帶原防。
1o月9日薛長官向最高統帥報告：敗退之敵已潰渡新牆河；從8日上午開始第72軍向忠坊；第58軍向桃林；第4軍向西塘；第2o軍向筻口、新牆河北繼續猛追各軍除以一部圍攻據點之敵外主力正向岳陽、臨湘東南地區挺進攻擊中。
雖然第9戰區對北撤日軍的追擊聲勢浩大但由於各軍在此前都曾遭到日軍不同程度的打擊戰鬥力並不強再加上在追擊的過程中各軍之間缺乏相互協調和配合等原因並未能取得戰區所期望的將日軍壓迫至岳陽附近加以殲滅進而克復臨湘、岳陽的目的。
1o日前後日軍全部退回新牆河北岸雙方軍隊又恢復了戰前的對峙態勢。
在整個會戰期間為策應湘北主戰場作戰日軍獨立混成第14旅團於9月22日從九江出25日向武寧方向攻擊；第34師團於9月27日擊退錦江北岸之中國軍隊爾後向奉新方向反轉進擊牽制贛北方面的中國軍隊。1o月上旬這兩支部隊也6續返回原防地。
會戰期間遵照軍事委員會9月2o日及以後的一再電令第三、第五、第六戰區各向當面日軍動了範圍廣泛的襲擾活動對日軍若干據點和交通線形成一定威脅。特別是第六戰區從宜昌出的反攻作戰展到較大規模使日軍受到震撼。其中第六戰區集中優勢兵力向日軍留守鄂西一帶的第13師團主力動猛烈進攻。戰鬥進行到1o月1o日晨被中國軍隊包圍的日軍第13師團燒燬了軍旗和秘密文件師團長以下軍官們準備好了自盡的場地和用具並寫好了絕命書等待最後時刻的到來。但這時日軍從長沙前線返轉的部隊為解第13師團之危緊急車運其先頭已抵荊門附近第11軍決定將早淵支隊及第13師團第1o3旅團在武漢以西的部隊都歸第39師團指揮全力向第13師團突進。軍事委員會鑒於日軍返轉部隊已接近為避免陷於被動於1o月11日晨電令第六戰區停止攻擊將部隊有計劃撤至城外控制要點進行休整。第六戰區的反攻作戰至此結束。
第二次長沙會戰歷經月餘終於落下了帷幕。
日軍「華北方面軍」（司令官岡村寧次）為策應第11軍的長沙作戰1o月2日以第35師團自新鄉以南強渡黃河1o月4日卻輕易擊退第一戰區第3集團軍部隊佔領中原重鎮鄭州。1o月31日第35師團雖然撤出鄭州返回原防卻在黃河南岸京漢鐵路黃河大橋西側的霸王城要點建立了橋頭堡陣地以2個步兵大隊、1個炮兵大隊駐守這為後來日軍在河南的進一步作戰創造了有利條件。
根據日軍布的所謂戰報整個會戰中中國軍隊遺棄屍體5．4萬具被俘43oo人；日軍傷11184人亡567o人。這個統計顯然誇大了日軍的戰果壓低了日軍自身的損失。僅僅是新2o軍在湘陰縣城一戰所殲滅的日軍也不在少數。不過從國民政府軍事委員會的內部資料看第74軍的第58師傷亡55％第57師傷亡4o％；第37軍的第6o師傷亡5o％第14o師傷亡3o％；第4軍的第1o2師傷亡45％；第1o軍的第3師傷亡35％傷亡確實十分慘重。
會戰結束以後為了避免會戰前期的那種兵敗如山倒的全面潰敗場面在以後的戰事裡再度出現軍事委員會在長沙召開了由最高統帥親自出席軍政部何部長和軍令部徐部長共同主持第三、第五、第六、第九等四個相關戰區的高級軍官參加的總結檢討會議。
第27集團軍楊總司令、第九戰區薛司令長官在會上列舉出了種種問題如：對敵情判斷不當友軍彼此不信任致乏協力部隊運動遲緩師以下軍官戰術修養不夠指揮能力薄弱部隊紀律太壞執行命令不徹底訓練不足仍有呆守陣地的習慣不知活用兵力、控制預備隊等等。其實這些都是部隊建設、部隊教育方面由來已久且普遍存在的問題不僅第九戰區部隊有其他戰區部隊也有；不僅此次會戰有其他會戰也有。而且這些問題多是針對下級而言還未涉及高層。
對此有所不滿的最高統帥見到劉建業也坐在下面於是親自點名要劉建業對整個會戰的高層指揮表看法。
劉建業根本沒有想到自己原本只是老老實實的坐在下面居然也會被最高統帥親自點名還要做那種言。在這個時候這種場合做這種言實際上純粹就是得罪人的差事。要是說不出什麼有價值的東西會惹得最高統帥龍顏不悅；可是要是說出來什麼那自己又會得罪一大批人。要知道整個會戰裡國軍方面所犯的錯誤可以說是一串接一串從一開始就是在錯誤的指導思想下作戰的；戰事的進程裡更是錯誤連篇。這讓自己怎麼說？
猶豫了一陣劉建業還是開始了言。沒辦法現在還要在最高統帥的手下混飯吃。什麼人都可以得罪只有最高統帥是千萬不能得罪的當然還有陳長官。至於其他人多得罪一個也無所謂了。反正自己連何部長那樣的軍內巨頭都得罪深了還怕再多得罪一個嗎？正所謂債多了不愁虱子多了不癢。
「法國皇帝拿破侖陛下曾經有一句話說得很好戰爭的勝利屬於犯錯誤較少的一方。在瞬息萬變錯綜複雜的戰場形勢下雙方都做不到絕對不犯錯誤。在這個時候那一方的錯誤犯的少錯誤的影響程度輕當然最好再能抓住對方犯的錯誤那麼戰爭的勝利就會屬於這一方。」劉建業一開始並沒有直接開始點評而是先闡述了一下拿破侖那個歐洲的絕世梟雄的名言。先說這句話也是為在場的上上下下找一個下台的台階。果然當劉建業說完這句話以後台下不少的國軍將領們都面有慼慼。
「若就此次會戰的高層組織指揮而言至少還可看出以下幾個主要問題：
1．部署指揮不當而陷於被動
軍事委員會和第九戰區都曾明白指出武漢日軍處於第三、第五、第六、第九戰區的戰略包圍中中國軍隊處於外線（對日軍第11軍來說）是有利態勢。但戰略上的外線並不等於戰役上的外線戰略上的有利態勢並不自然化為戰役上的有利態勢。對戰役的組織指揮來說最重要的是在戰役上爭取使自己處於外線的有利的態勢這是保持戰役主動權的關鍵。
但第九戰區的戰役指導方針和實際部署並非如此從而一次又一次陷於被動。
該方針中只提到在汨羅江以南撈刀河兩岸地區對日軍實施反擊並殲滅之。這是出於以下估計：日軍在突過新牆河、汨羅江後必受到很大殺傷和消耗戰力大減因而選定在汨羅江以南與其決戰是有利的。這只從決戰的地域上考慮而且是一廂情願實際上本次會戰中日軍的兵力相當集中強渡新牆河、汨羅江時並未受到重大損失依然保持著強大的突擊力。第九戰區的設想與戰役的實際展不符又沒有應付意外情況的預案這是陷於被動的原因之一。」
「再從兵力部署和使用來看第九戰區未將主力控制於外側機動位置無論在新牆河南岸還是在汨羅江南岸守備部隊都處於日軍大兵團進攻的正面側面力量極弱不可能對日軍翼側構成威脅；日軍突破汨羅江後第九戰區仍按原計劃將增援的生力軍第26軍、第1o軍、第74軍全部擺在日軍進攻的正面企圖阻止日軍並和日軍決戰而且是逐次投入結果反被日軍各個擊破徒增傷亡。待到日軍突過撈刀河第九戰區已無預備隊可用。這是陷於被動的又一原因。
第九戰區在作戰計劃中強調「應運用誘敵殲滅戰法」結果成為一句空話。實際上不是第九戰區誘使日軍就範而是日軍的快攻勢迫使第九戰區手忙腳亂、處處就範。第九戰區組織指揮如此則全戰役陷於被動和不利就是必然的了。」
「2．情報不靈而喪失戰機
第11軍是侵華日軍中惟一以機動作戰任務為主的野戰軍。武漢失守以來日軍向正面戰場動的多次進攻除桂南會戰、中條山會戰外都是由它動的。中國軍事情報工作部門對它的動向理應給予更敏銳、更密切的監視。第11軍為準備此次會戰從8月中旬起即從鄂西、鄂南、贛北抽調部隊向湘北集中。如此大規模的部隊調動無論是軍事委員會的戰略情報部門還是第三、第五、第六、第九戰區的戰役情報部門抑或是與日軍當面接觸的各部隊戰術情報部門在長達1個月的時間裡都毫無察覺直到日軍要動全面攻勢前一兩天才現日軍已在湘北集結重兵足見政府各級軍事情報部門的麻痺和疏懈。而第九戰區因情況不明對會戰無從進行、也來不及進行有針對性的準備其第一線守備部隊第4軍、第58軍甚至被日軍吸引膠著於大雲山後乘夜匆匆轉回新牆河以南喘息未定日軍已開始總攻。日軍成功地隱蔽了戰役企圖揮了戰役突然性而第九戰區在會戰第一步就喪失了時機倉促應付在日軍閃電式的攻擊面前步步失策。
反之日軍特種情報部門卻多次破譯第九戰區電報對第九戰區部署行動瞭如指掌所以能及時調整部署著著勝算。」
「3．各戰區策應乏力未能揮戰略外線優勢
如前所述第三、第五、第六、第九戰區對日軍第11軍構成包圍處於戰略外線態勢有利。軍事委員會有鑒於此於9月2o日及以後多次電令第三、第五、第六戰區乘日軍兵力集中於湘北、其他方面兵力減少之機起反攻特別要求攻其較敏感的要點以策應第九戰區作戰；同時也令第九戰區盡可能拖住日軍以利其他戰區反攻。這一想法和要求都是積極的也是可以辦得到的但實施情況和效果都不理想。第三、第五戰區雖對日軍進行了較廣泛的襲擾活動但除第三戰區第1oo軍對贛北外圍據點的攻擊兵力稍大外其餘兵力小而分散沒有一處打痛日軍根本不能揮戰略外線優勢起不到策應作用。
第六戰區動的反攻作戰具有相當規模和威力不僅是對第九戰區最有力的策應也是在抗戰以來的正面戰場上少有的積極行動是值得稱許的但也因攻擊日軍第13師團的兵力不夠集中、開始攻擊的時間稍晚而功虧一簣。如第五戰區能同時積極行動主動配合以較大兵力切實遮斷公路和京漢鐵路南段、遲滯日軍由湘北返轉鄂西或許能給第六戰區再爭取到幾天時間則全殲敵第13師團部是很有可能的。
總之各戰區間的互相策應缺乏積極性、主動性行動乏力是一個老問題。此次會戰中依然如故因而失去一些難得的機會反讓日軍在鄭州附近黃河南岸建立橋頭堡實在遺憾。」
痛快地說完以後劉建業在眾人的注視下向一邊閉著眼睛聽一邊微微點頭的最高統帥行了一個軍禮走下了講台回到了自己的座位。
「說得很好作為革命軍人就是要敢於直言。哪怕是我所犯的錯誤我也是願意接受批評的。我們之所以要召開這樣一個總結檢討會議就是要總結經驗檢討錯誤這樣才能在以後的戰事裡做得更好。如果我們犯了錯誤沒有人敢於指出來那以後我們還會繼續犯同樣的錯誤。」最高統帥在劉建業走下去以後睜開了眼睛用浙江官話說道。
「委座所言極是我等就是需要通過不斷地總結和檢討以利於再戰。」何部長第一個站了起來附和道。
「下面就由軍政部的何部長講話。」最高統帥講完以後把何部長推到了前台。
「新2o軍的劉軍長奉委座之命所作的戰術點評非常的精彩。這裡我就不再重複了。」何部長帶著一絲微笑說著。
何部長在台上繼續他的講話。雖然何部長近幾年以來把主要的精力用在了和以陳長官為的中央軍不同派系互相爭鬥上政治上的品德也為人詬病被公認為是國軍裡的頭號親日派。但是他在軍事上的基本功還是相當厚實的再加上他在處事上的一些技巧才始終在軍內高層的位置上穩坐不倒。何部長的講話深入淺出讓台下不少的軍官們不禁點頭。
「當然以上所說的都是在軍事上我們應該避免犯的錯誤和以後應該改正的地方。現在我要向大家說一件有損我國民革命軍聲譽的事情。」何部長話鋒一轉。
說完何部長從隨身攜帶的公文包裡拿出了厚厚的一摞照片交給工作人員一一的分下去給與會人員一一傳閱。當照片下去的時候接到的人無不出驚歎的聲音面色變得白。
當部分照片傳閱到劉建業的手裡的時候他一眼就看出來照片上的場景就是他下令在湘陰縣城上釘死的那些日軍俘虜還有被洞庭湖水沖上岸邊的日軍屍體。特別是一張照片上還有一面劉建業命人在湘陰城頭樹立起的大旗上書幾個大字「血債血償」。
「你何部長這是想抓住一切機會向我開炮啊？要不是我早就做好了準備我還真地會著了你的道。」劉建業冷冷得笑著。
「也許你們要問這是什麼地方生的事情？我想在你們中間有一個人是最清楚的。是不是啊劉軍長？」何部長得意地說道。
「我承認這是我下令干的。而且地點就是在湘陰縣城。」劉建業從座位上站了起來面無愧色的說道。
「你難道不知道《海牙公約》和《日內瓦公約》嗎？你對此難道沒有一個解釋嗎？」何部長對台下的劉建業質問。
「我當然有解釋。」說著劉建業從座位裡走了出來走上台來。
「何部長能不能借你這個講台用一下？」劉建業走到台上對何部長問道。
「儘管用我看你到底有什麼解釋？」何部長小聲地說道。
「諸位前面何部長問我知不知道《海牙公約》和《日內瓦公約》這兩個重要的國際法文件。我可以明確地告訴大家我知道還很清楚這兩個條約的條文。19o7年海牙第4公約及其附件載明一項重要條款:在本公約中所沒有包括的情況下,平民和戰鬥員仍受那些「來源於文明國家間制定的慣例、人道主義法規和公眾良知的要求」的國際法原則的保護和管轄。這就是著名的『馬爾頓條款』。1929年修訂的《日內瓦公約》確認敵對雙方傷病員在任何情況下應該無區別地予以人道待遇的原則；禁止對傷病員的生命和人身施加任何危害或暴行特別是禁止謀殺、酷刑、供生物學實驗或故意不給予醫療救助及照顧；醫療單位及其建築物、器材和人員不受侵犯；戰俘系處在敵國國家權力管轄之下而非處在俘獲他的個人或軍事單位的權力之下故拘留國應對戰俘負責並給予人道待遇和保護；戰俘的自用物品除武器、馬匹、軍事裝備和軍事文件外應仍歸戰俘保有；戰俘的住宿、飲食及衛生醫療照顧等應得到保障；對戰俘可以拘禁,但除適用刑事和紀律制裁外不得監禁;不得命令戰俘從事危險性和屈辱性的勞動。我想這些條文應該是沒有記錯的吧。是不是何部長？」劉建業帶著微笑問道。
「對你說的一點都沒錯。兩個公約上的確是這樣規定的。」何部長點頭說到。
「從表面上看我的行為的確是嚴重違反了國際法的相關條文。這一點我也沒有異議。但是世間的事向來是有因才有果。我自認為並不是一個天生殺人狂更不是一個冷血的動物。我之所以這麼做完全是出於義憤。這裡是我帶來的一些照片可以給大家看一下。」劉建業從自己攜帶的文件袋裡掏出了一疊照片交給了工作人員。
當劉建業帶來的這些照片被台上台下的人傳閱以後台下同樣爆出了驚訝的聲音。
「各位這些照片決不是我偽造的。事情的緣由是這樣的。」接著劉建業把曹克人營長和他的17名部下在力戰被俘以後被日軍殘忍的折磨並活活釘死在牆壁上的事情娓娓道來。說到動情之處劉建業潸然淚下。
「是那些日寇他們先嚴重的違反了國際法的規定對我軍的將士們實施了那麼殘忍的行為。我們身為同袍見此場景怎能不義憤填膺？在我看來那些日寇他們根本就不是人純粹就是一群野獸。他們違反了人類一切的法規和良知。對他們這樣的行為我的做法就是以牙還牙以眼還眼。只要他們一天不停止這樣的暴行我就會繼續不停的報復直到他們自覺主動地遵守國際公約。」劉建業傲然地說道。
「你這是純粹的狡辯。無論日本人做了什麼我們都還是需要遵守法規的。」何部長質問。
「那是不是說我們對於他們的這種行為就可以熟視無睹？一點反應都沒有？」劉建業反問道。
「我們完全可以以德報怨不必如此極端。」何部長辯解道。
「對人我們可以說人話。可是面對野獸你說人話他們聽得懂嗎？」劉建業大笑著說道。
「好了不要繼續說了。這件事情就不再深究了。仲良你畢竟還是年輕氣盛控制不住火氣。這次就給你記一個大過作為警戒下不為例。」最高統帥及時制止了兩人的爭論做了最後的判決。
「是校長。學生以後一定注意。」劉建業連忙向最高統帥表態。
既然最高統帥已經出面和稀泥何部長也只能不甘心的放棄了難。
雖然這一次劉建業受到了記大過的處分可是劉建業根本就不以為然相反的在受到軍委會正式下的處分令以後劉建業還把這份處分命令裝裱了起來掛在自己的辦公室裡向所有的來人炫耀著自己的英雄事跡。