欽定逆案的聖旨很快便頒布中外，桓震看了，又是驚訝，又是惱怒，又是心痛，朱由檢當真一點不差的按照歷史的軌跡發展，漸漸變成一個暴戾恣睢的君主，難道漢人衣冠也終於還是要亡在他的手裡了嗎？可是聖旨已經發下，他再是心裡不滿，那也無可如何，總不能衝到朱由檢面前去說你將聖旨給我改了罷？何況就算自己當真一頭撞去，今日的朱由檢也早已不同往昔，又怎能給他輕易哄過。鬱悶不已，想要去訪韓爌，轉念一想，此刻韓爌的處境必定也是不佳，自己何苦再去給他添亂？
想來想去，終於還是不能眼看事態擴大，匆匆趕回自家去，閉門草章，次日便遞將上去。章奏中說道，倘若容忍官員借逆案之機而洩私憤，不獨國法威嚴蕩然無存，更易招致廷臣植黨，以私情干公事，百害而無一利。請求崇禎批准重定逆案，將查無實據的另案處理。
恰好同一日，閣臣劉鴻訓也上了一個奏章，內容卻與桓震的截然相反，指摘了逆案之中五十餘個「當重懲而輕處」的，要求皇帝更改判決，對這些人加重處罰。
兩相比較之下，崇禎自然偏向持論嚴厲的劉鴻訓，在午朝時候當著眾臣之面將桓震好生訓斥了一頓，說他「以廣搜顧怨為虞，而甘為之容私曲徇」，更當眾威脅說再有求情者按同黨論處。這麼一來再也沒有人敢說逆案過重，那些案中之人，也只好自認倒霉去了。
桓震受了這番大辱，走出左順門的時候，一氣之下只想辭官滾蛋。甚麼亡國滅種，皇帝自己都不著急，他一個四品官兒，憑甚麼改變歷史？面對著一個不可理喻的皇帝，就算給他早知道歷史的發展，又能有什麼用處？這種時候，他實在不願一人獨處，然而若要他與傅山相對，那就彷彿自己的心思全能給他看穿一般很是不快，當下又去尋孫元化，心想找些幾何題做來玩耍也是好的。
他平時常來孫家，與看門老僕很是熟悉，也不要他通報，逕自進去。剛繞過照壁，便聽見孫元化在堂上笑得很是爽快，急步走進，卻見他正看著一封信哈哈發笑。桓震不知他笑些甚麼，上去問時，卻是徐光啟奉了起復的詔書，就要從上海老家來北京了。這事並非桓震該管，凝神一想，記得似乎前幾日的邸報上曾經登載過，當下笑道：「恭喜恭喜，震久聞令師的大名，只恨無緣一見，這下可好了。」
孫元化很是高興，連道徐光啟見了桓震也必定十分談得來，計算日子，從上海來北京，水旱兩路，怎麼也得半個多月。況且徐光啟年事已高，也未必即刻便能動身。他年近五十，聽得老師暮年復出，居然有些雀躍不已。
桓震給他的喜事一衝，心裡鬱悶的情緒也淡了不少，當下又同孫元化有一句沒一句的閒談起來，無非是一些算題、火器之類的事情。談著談著，孫元化忽然歎道：「其實那些洋教士們，本也不是個個都懂得造火炮的。有人以為會得天文自然會得造炮，那是一廂情願了。」桓震忽發奇想，問他京中可有天主堂。孫元化瞧了他一眼，很是吃驚，這個人好像對天主教並不感到稀奇的樣子，開口便問教堂，難道是想入教麼？當下便帶桓震去了宣武門外教堂。
那教堂是利瑪竇主持建造的，時人稱為南堂。其實桓震倒並不想信教，只是一時需要宗教的安寧氣氛而已。然而他同一班信徒一起，跪在那裡聽完了聖詩，非但沒有任何的安寧，心中卻反而更加煩躁不安起來。
孫元化認得這裡的神父，耶穌會中國教區會長龍華民，他是意大利人，萬曆年間就已經來了北京，說得一口流利的官話，還給自己取了字叫做精華。桓震也過去同他打招呼，聽說他是意大利人，好奇心突起，順口問道：「你見過達芬奇畫的蒙娜麗莎麼？」龍華民十分驚訝，這個人竟然知道達芬奇！瞧了桓震半天，試探似的問道：「那麼你知道米開朗琪羅和拉斐爾麼？」『這些人名的譯法，肯定不會與今日相同，然而我還是用了今天的標準譯名，因為明朝的時候似乎並沒人翻譯過這些。』
桓震笑笑，答道：「知道的，可是我更喜歡達芬奇，因為他不光只是畫畫，還懂得發明東西。」瞧了一眼教堂，問道：「你們這裡為何不掛《最後的晚餐》呢？我還以為凡是教堂都會掛的。」龍華民反問道：「兄弟，你以前曾經見過我們的人麼？」他說「我們的人」，那便是西洋傳教士了。桓震搖頭道：「不，你是第一個。」
龍華民臉上露出不信的神色，搖頭道：「那不可能，你怎麼知道達芬奇和米開朗琪羅？」桓震微微一笑，道：「我還知道你們的國家正在分裂，整個意大利並不是統一的，拜占廷人、阿拉伯人、諾曼人，都來欺壓你們的人民，佔領你們的土地，就如我們的五胡亂華一般，是不是？你們的佛羅倫薩共和國有一個叫做馬基雅維利的人，他說權術，殘暴，偽善，狡詐，謊言，背信棄義，只要有利於君主，那就都是理所當然，是不是？」
龍華民大驚失色，桓震所說的這些，每一樣都是事實，他在胸前畫了個十字，喃喃說了幾句意大利文，握著桓震的手，說道：「你是天主派來的使徒麼？你一定是的，求你告訴我，我們意大利究竟什麼時候才能變成一體？」桓震自然知道加富爾統一的事情，可是卻不能對他說，不然豈不是真的變成甚麼使徒了？當下搖頭示意不知道。龍華民一臉失望的神色，許久才確認桓震只不過是個曉得許多自己家鄉事情的明人罷了。
不過單是如此，也叫他對桓震十分親近起來，拉著他滔滔不絕的講起老家那不勒斯的事情。桓震倒也聽得十分有趣，不時反問兩句。
這天兩人談得十分盡興，臨別時候龍華民還力邀桓震下次去他家裡做客，說有許多本國帶來的玩意要給他鑒賞。桓震難得在這個時代認識一個外國人，自然一口答應。
回去的路上，孫元化忽然問道：「百里，方纔你說那馬……，他說的那些，都是真的麼？」桓震知道他指的是馬基雅維利，想了一想，道：「他只是這麼說，但並沒人真照他說的去做。不然意大利早已經統一了。」仰望天空，歎了口氣，道：「他就像是咱們春秋時候的法家，可惜君主全都不聽他的。」孫元化默然不語。要他接受馬基雅維利，確乎有些離譜。
桓震見他不說話，忽然從孫元化想到袁崇煥那裡去，暗想袁崇煥這時候不是早應該給閹黨逼迫辭職回家去了麼？認真回想看過的邸報，似乎也並不見有他起復的消息，大約現在還是在廣東呆著。既然早晚要發生的事情，自然要做足了人情，況且他既在御史之任，替袁崇煥辯明冤枉也是職責所在。當晚回去便寫好了奏折，請求復用袁崇煥守遼東，次日遞了上去。
崇禎皇帝卻也久聞袁蠻子的大名鼎鼎，當即批復，遷袁崇煥為右都御史、視兵部添注左侍郎事，著所在地方官敦促上道。袁崇煥收到詔書之後，並沒立刻啟程，而是遲延到了明年四月，那是後話。
他一同遞上去的另外一個奏折，卻是請求考核天下官吏，開恩科，選拔人才。逆案之後，朝廷中留下了大量空缺的職位須要填補，利用這個京察的機會，也可以淘汰掉一批不能勝任的庸官。崇禎本來就是一個朝氣蓬勃，勇於改革的皇帝，桓震奏折中說要不拘資格年歷，憑救時濟世的實際才幹選拔人才，也十分合乎他的心意，當即在散朝之後留了桓震偏殿召對。
桓震這還是頭一次進到朱由檢辦公的地方，只見殿裡陳設並不華麗，最顯眼的就是那一張特別寬大的几案，上面堆滿了奏折。
朱由檢在書桌後坐了下來，示意桓震免跪，劈頭問道：「才先？守先？」桓震不加思索，脫口答道：「先才後守。」朱由檢面露喜色，一閃即逝，旋即皺眉道：「目下魏黨方除，朝綱崩壞，官員貪賄，政事懈怠，風紀日下，擇官而不以守，能得長久乎？」
桓震答道：「唯因政事懈怠，風紀日下，才須要先才後守。有才無守之人，只要嚴加監察，便不能危害國家；有守無才之人，雖然不犯過錯，然而於國事全無補益。即如今日之遼東，若用一二腐儒守之，其於袁崇煥何？」
朱由檢卻並不十分滿意，追問道：「然則何以監察？倘若監察之人也同流合污，那又如何？」桓震苦笑不已，心想連四百年後的現代中國都解決不了的問題，我怎麼能給你說清？想了一想，道：「一人監察，可以同流合污，然而若是百人監察，未必便百人一齊同流合污起來。」他說這句話，便是現代民主的基本原理了，然而朱由檢卻不會明白，只道桓震的意思是要朝臣互相監督，心想自古以來不都是如此的麼？
又問道：「京察有用否？」桓震答道：「有用與否，在於所察為何。若是只講究詞藻雕飾華美，那麼選拔的不是能臣，只是文書記室而已。臣以為，當試以策論，選當時大事為題，或遼事，或國帑等等不一，選格外出眾者，依其所答之題安置。譬如某官言遼東兵事有理，則可使其軍前任職。某官理國帑得法，則可使入戶部。」
朱由檢點了點頭，忽然道：「朕現下出兩道策論，一為平遼，一為國帑，卿且與朕做來，便在此地做。」桓震一驚，自己方才只是隨便說說，想不到他居然現學現賣，要在自己身上檢驗效果起來。然而這卻也是一個機會，當下請了紙筆座位，坐下便寫。