葉海亞命令使用火箭對阿古柏的軍營進行射擊，片刻之後，阿古柏的軍營之內就燃起了熊熊大火。
此時阿古柏已經點齊了人馬，開了大營門，率領大軍浩浩蕩蕩的殺了出來。葉海亞也不喊話，直接摧動大軍向前進攻。阿古柏也從沒把這幾千人馬放在眼裡，根本沒有誘降的意思，直接命令大軍剿滅叛亂。
一時之間，兩軍就廝殺到了一起。阿古柏兵力多，分散在好幾個營中，此處是中軍大營，只有一萬多點人馬，並不佔很大優勢，所以葉海亞倒也沒有顯示出頹勢，還能勉強支撐。不過，阿古柏的召集令已經下達，恐怕其他幾座大營的軍隊在半個時辰之內就會殺到，到時候葉海亞恐怕就支撐不住了。
兩軍一開戰，十幾里外的阿克蘇城頭的探子立刻就發現了遠處的情況，李明峰在第一時間的就得到了戰報。
阿克蘇城內，李明峰召集了伯錫爾、劉銘傳、韋志俊、宋慶、蔡宜群、李秀成、司馬平、李明成等將領，商討應該如何應對城外敵軍的內亂。
李明峰率先說道：「看來玉努斯江、葉海亞兄弟的密謀已經被阿古柏發現了，玉努斯江現在是鋌而走險，先發制人了。大家是什麼意思？是幫他們，還是坐山觀虎鬥？」
劉銘傳不屑的說道：「他們都是亂賊土匪，讓他們自耗內鬥吧！我軍現在不足四萬人，加上回兵也不足五萬，現在阿古柏還有近五萬人，咱們就是出城也吃不掉阿古柏，最多就是擊敗他罷了。到時候即便救回來玉努斯江，恐怕他手中也沒有幾個兵了，那還救他有什麼用？徒勞耗費咱們的兵馬！」
要是按劉銘傳的想法去打仗，那就是橫衝直撞，所以老李一般都無視劉銘傳的意見。
伯錫爾也附和道：「劉銘傳大人所言極是，那玉努斯江貪得無厭，還想割地自治，當一方霸主汗王。要是他手中有幾萬兵馬，能替朝廷立下大功倒還罷了，可是現在他自身難保，還要朝廷救他，他就是個累贅，救之無用！」
伯錫爾是新疆第一回王，是朝廷在新疆的代言人，這次經過阿古柏之亂，伯錫爾因為堅貞不屈，更得朝廷信任，已經進封為親王，可以預見，將來哈密回王家族在新疆的勢力會更加雄厚，如日中天一般。
但是如果玉努斯江一旦投降過來，朝廷將南疆的幾座城池賜予他，哈密回王家族在新疆的勢力就會大幅減弱。所以伯錫爾才極力阻止李明峰去救玉努斯江，只有這樣，伯錫爾才能保住哈密回王家族在新疆的權勢。
李明峰很清楚這一點，所以老李對伯錫爾的意見也基本採取無視的態度。
韋志俊勸道：「大人，現在的機會千載難逢。阿古柏內鬥，咱們趁機而出，定能一戰得勝！要是等到阿古柏平定了玉努斯江，咱們再想擊敗他就難了。」
李秀成也跟著勸說李明峰立刻出兵幫助玉努斯江，但是蔡宜群、宋慶等人都表示要看李明峰的態度，他們認為出兵還是不出兵都有道理。
「哎！」李明峰猶豫片刻之後道，「要是咱們再有五萬大軍在此，我必不救玉努斯江。但是現在咱們處於劣勢，要是不出奇，就不能制勝。我決定了，還是出兵救他！」
眾人看到李明峰下定決心，也不再多說，都下去各自點齊兵馬，準備出兵。
但是就這麼耽擱了小半個時辰，葉海亞就被陸續趕到的阿古柏大軍給圍困了起來。眼看著包圍圈越來越小，手下將領也露出遊移不定的神色，葉海亞面如死灰，暗道，今日小命就要留在這裡了。
正當葉海亞準備拔刀自刎的時候，就聽遠處一聲炮響，阿克蘇城門大開，數萬人馬浩浩蕩蕩的衝了出來。
在最前頭的是北疆回兵，約有一萬人，其後就是劉銘傳率領的一萬騎兵，再往後就兩萬五千步兵，由蔡宜群、宋慶、韋志俊、李秀成、司馬平帶領。
葉海亞見狀，心中大喜，高聲道：「清朝出兵討伐阿古柏了！阿古柏不能容我等，我等不如去投清朝！阿古柏氣數已盡，大家奮力殺敵啊！」
葉海亞此言一出，手下將領心中恍然，也知道葉海亞這是投靠了清朝了。但是己方此刻已經和阿古柏勢成水火，眾將想不投靠清朝也不可能了，只能硬著頭皮殺敵。
阿古柏看到清朝出兵，也有些驚訝，他沒料到清朝竟然會為了一個只有幾千人馬的反賊而出兵。雖然驚訝，但是清朝出兵也在阿古柏算計之中。
既然早晚都是打，而現在常勝軍全軍出城，放棄了地利，這對阿古柏來說反倒是好事一件。阿古柏命令拉希姆帶領兩萬人馬前去阻截李明峰，他自己則繼續摧動大軍，對葉海亞發起猛攻。
太陽升到中天，然後再逐漸偏西，幾支大軍在阿克蘇城外你來我往的廝殺。這一戰，是李明峰入疆以來戰鬥最慘烈的一次。葉海亞終於沒有抵擋住阿古柏的進攻，在下午三四點鐘的時候全軍覆沒，葉海亞被亂槍打死，屍首也被砍成肉泥。
拉希姆帶兩萬人馬去阻截李明峰，但是其兵力太少，擋了幾個時辰之後也支撐不住了。就在葉海亞陣亡的那一刻，拉希姆也被一枚炮彈擊中，被炸成碎屍。他麾下的兩萬人馬被李明峰這邊的北疆回兵和劉銘傳騎兵給衝殺的潰不成軍。
兵敗如山倒，阿古柏沒想到拉希姆的兩萬人馬這麼快就敗退了，所以他的主力部隊被潰兵一衝，反倒也失去了陣型。劉銘傳督率大軍，奮勇上前，殺到午夜，阿古柏終於堅守不住，大軍潰退。
這一戰，殺的阿克蘇城外方圓數十里內血流成河，鮮血染紅了黃沙，阿克蘇城內的沙漠成了紅色，被月亮一照，顯得是那麼恐怖駭人。屍體堆積如山，殘肢斷臂遍地都是，無論是常勝軍還是回兵都損失慘重。
李明峰在後軍之中，看到前方如此慘烈，心頭也忍不住肉痛。不用具體清點，只看地上的屍體就知道這一戰至少陣亡了上萬常勝軍士兵。但是這些損失是值得的，因為阿古柏一夥損失更大，大戰過後，阿古柏僅僅率領數千人馬向西南方向遁逃。
不用老李下令，劉銘傳自己就帶領五六千騎兵追了下去。喀什距離此地還有千里距離，三五天之內阿古柏都休想得到援軍補充，如果順利的話，劉銘傳很可能會趁著這次機會將阿古柏殺死，結束新疆征程。
可是當李明峰正想命令步兵也乘勝追擊的時候，卻看到阿克蘇城內喊殺聲不絕，城頭上留守的常勝軍士兵紛紛跌樓城頭。城內火光沖天，槍聲不絕於耳，看來常勝軍士兵在城內遇到了麻煩。
伯錫爾見狀，驚道：「完了！城內的回子叛亂了！」
自從進了阿克蘇，伯錫爾就勸李明峰說南疆的維族生性彪悍，不服中央管轄，所以建議李明峰將城內的維族百姓全部驅逐，只留士兵在城內居住。但是老李出於拉攏民心的考慮，否定了這個提議。
在李明峰看來，必須要保持民族平等，甚至要優待維族。正所謂以德服人，只要老李對維族人寬厚，那阿古柏的分裂主義勢力就沒有了生存土壤。但是老李沒想到，竟然因為自己的仁慈而讓常勝軍陷入險地。
老李萬萬沒有料到，城內的維民竟然趁著自己出城作戰，而發動叛亂，攻擊守城部隊。幸虧常勝軍武器優良，城內維民手中別說火器了，就連刀槍都有限，所以短期內城內暴民還無法奪取城門。
李明峰見狀，氣的一跺腳，大罵道：「媽的，回城！」
除了劉銘傳繼續追擊之外，殘餘的兩萬多常勝軍立刻回城。此刻城內火光沖天，阿克蘇的七八萬居民正在城內追殺老李留在城內防守的三千士兵，常勝軍這兩萬人馬返回阿克蘇之後，老李也不再講什麼寬容了，直接下令鎮壓反叛。
李明峰下令道：「無論男女老幼，凡是反叛的，一律殺掉！」
「是！」韋志俊和李秀成應道。
這兩人都是反賊出身，向來嗜殺，現在李明峰下達這種命令，正和他們心意。
這場廝殺，倒更像是屠殺，阿克蘇百姓連正經的武器都沒有，如何能對抗擁有火器的常勝軍？從午夜殺到第二天凌晨，城內的反叛基本全被鎮壓了下去。
因為常勝軍受創過重而處於暴怒狀態的老李此刻也下了狠心，將城內還活著的五萬維民進行了清洗，年紀超過四十歲的，無論男女一律殺掉，不足十歲的男性孩童也一律殺掉。身有疾病的，受傷的，也一律殺掉。
最終只剩下精壯男女兩萬多人，都被李明峰用鐵鏈子捆上，關押到了一起。還有兩三千維族不足十歲的小女孩，也被李明峰給囚禁了起來。
老李派兩千士兵負責看守，下達了死命令，一旦察覺有試圖逃跑和反抗的，直接擊斃。這樣一來，整個阿克蘇頓時死氣沉沉，被囚禁的暴民反倒更加的恭順了起來。李明峰心中也是感慨，看來以德服人還是不如以力服人！
此時老李還沒有想到，這次的屠殺不但沒有給他帶來詬病，反倒會帶來讚美之聲。
第二天晚上，劉銘傳率領騎兵回城。李明峰通過劉銘傳的匯報得知，阿古柏已經逃入距離阿克蘇兩百里之外的小城巴楚。
本來老李要是率領步兵從後面追上的話，還能配合劉銘傳一同攻城。巴楚這小城根本沒有什麼城防，都是用土夯實的城牆，都經不起火炮攻擊。但是因為阿克蘇叛亂，打亂了老李的計劃，步兵沒能盡快支援，而騎兵又無法攻城，劉銘傳只能放棄進攻巴楚。
阿古柏逃竄的倉促，他營寨之內遺棄了很多火炮和物資，現在都成了常勝軍的戰利品。不過，李明峰這次卻沒有覺得高興。因為經過戰後清點，常勝軍經過這一次戰役，傷亡士兵超過一萬兩千人，當先鋒的一萬北疆回兵更是全軍覆沒。
此刻常勝軍竟然只剩下不到兩萬人馬了，再加上損失更加慘重的李秀成和司馬平的忠義軍，李明峰麾下的人馬經過清點，只有兩萬八千人。刨除迪化城內還遺留的兩千士兵，老李從遼東帶出來的人馬足足損失了一半！
李明峰一邊讓伯錫爾繼續給北疆回王寫信，討要更多的士兵作戰，一邊處理此戰的後事，為即將到來的南征巴楚做準備。
玉努斯江本來被囚禁在阿古柏的軍營之中，阿古柏逃的倉促，竟然沒來得及殺掉玉努斯江，現在抱定必死之心的玉努斯江反倒落到了李明峰手中，僥倖逃得性命。
此刻玉努斯江就站在李明峰的面前，不過，老李此刻臉上的表情可不怎麼友善。
「玉努斯江，你要歸降朝廷，我本應該重用你。可是現在你手中沒有一兵一卒，也沒有立下大功，你說我該如何對待你呢？」李明峰似笑非笑的道。
Ps：本來沒想採取極端措施，但是事情比較奇怪，列強寫到哪，哪裡就出事。剛開始寫喀什，就有三十二個人在喀什遇襲，十六個武警官兵當場死亡。
寫到阿克蘇，阿克蘇也出事了。看來南疆之亂，幾百年都如此。特引用新聞一條：
8月10日2時30分許，新疆維吾爾自治區阿克蘇地區庫車縣發生爆炸案件。不法分子乘出租車向當地公安機關和工商管理所等處投擲自製爆炸物，炸毀2輛警車，公安民警當場擊斃5名不法分子，其間有2名公安民警、1名保安負傷。