○黃河下
萬曆元年，河決房村，築堤ＡＨ子頭至秦溝口。明年，給事中鄭岳言：「運道自茶城至淮安五百餘里，自嘉靖四十四年河水大發，淮口出水之際，海沙漸淤，今且高與山等。自淮而上，河流不迅，泥水愈淤。於是邳州淺，房村決，呂、梁二洪平，茶城倒流，皆坐此也。今不治海口之沙，乃日築徐、沛間堤岸，桃、宿而下，聽其所之。民之為魚，未有已時也。」因獻宋李公義、王令圖浚川爬法。命河臣勘奏，從其所言。而是年秋，淮、河並溢。明年八月河決碭山及邵家口、曹家莊、韓登家口而北，淮亦決高家堰而東，徐、邳、淮南北漂沒千里。自此桃、清上下河道淤塞，漕艘梗阻者數年，淮、揚多水患矣。總河都御史傅希摯改築碭山月堤，暫留三口為洩水之路。其冬，並塞之。
四年二月，督漕侍郎吳桂芒言：「淮、揚洪潦奔沖，蓋緣海賓汊港久堙，入海止雲梯一徑，致海擁橫沙，河流泛溢，而鹽、安、高、寶不可收拾。國家轉運，惟知急漕，而不暇急漕，而不暇急民，故朝廷設官，亦主治河，而不知治海。請設水利僉事一員，專疏海道，審度地利，如草灣及老黃河皆可趨海，何必專事雲梯哉？」帝優詔報可。
桂芳復言：「黃水抵清河與淮合流，經清江浦外河，東至草灣，又折而西南，過淮安、新城外河，轉入安東縣前，直下雲梯關入海。近年關口多壅，河流日淺，惟草灣地低下，黃河沖決，駸駸欲奪安東入海，以縣治所關，屢決屢塞。去歲，草灣迤東自決一口，宜於決口之西開挑新口，以迎埽灣之溜，而於金城至五港岸築堤束水。語云：「救一路哭，不當復計一家哭。」今淮、揚、鳳、泗、邳、徐不啻一路矣。安東自眾流匯圍，只文廟、縣署僅存椽瓦，其勢垂陷，不如委之，以拯全淮。」帝不欲棄安東，而命開草灣如所請。八月，工竣，長萬一千一百餘丈，塞決口二十二，役夫四萬四千。帝以海口開浚，水患漸平，賚桂芳等有差。
未幾，河決韋家樓，又決沛縣縷水堤，豐、曹二縣長堤，豐、沛、徐州、睢寧、金鄉、魚台、單、曹田廬漂溺無算，河流嚙宿遷城。帝從桂芳請，遷縣治、築土城避之。於是御史陳世寶請復老黃河故道，言：「河自桃源三義鎮歷清河縣北，至大河口會淮入海。運道自淮安天妃廟亂淮而下，十里至大河口，從三義鎮出口向桃源大河而去，凡七十餘里，是為老黃河。至嘉靖初，三義鎮口淤，而黃河改趨清河縣南與淮會，自此運道不由大河口而徑由清河北上矣。近者，崔鎮屢決，河勢漸趨故道。若仍開三義鎮口引河入清河北，或令出大河口與淮流合，或從清河西別開一河，引淮出河上游，則運道無恐，而淮、泗之水不為黃流所漲。」部覆允行。
桂芳言：「淮水向經清河會黃河趨海。自去秋河決崔鎮，清江正河淤澱，淮口梗塞。於是淮弱河強，不能奪草灣入海之途，而全淮南徙，橫灌山陽、高、寶間，向來湖水不逾五尺，堤僅七尺，今堤加丈二，而水更過之。宜急護湖堤以殺水勢。」部議以為必淮有所歸，而後堤可保，請令桂芳等熟計。報可。
開河、護堤二說未定，而河復決崔鎮，宿、沛、清、桃兩岸多壞，黃河日淤墊，淮水為河所迫，徙而南，時五年八月也。希摯議塞決口，束水歸漕。桂芳欲沖刷成河，以為老黃河入海之路。帝令急塞決口，而俟水勢稍定，乃從桂芳言。時給事中湯聘尹議導淮入江以避黃，會桂芳言：「黃水向老黃河故道而去，下奔如駛，淮遂乘虛湧入清口故道，淮、揚水勢漸消。」部議行勘，以河、淮既合，乃寢其議。
管理南河工部郎中施天麟言：
「淮、泗之水不下清口而下山陽，從黃浦口入海。浦口不能盡洩，浸淫高、寶邵伯諸湖，而湖堤盡沒，則以淮、泗本不入湖，而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又緣清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又緣黃河淤塞日高，淮水不得不讓河而南徙也。蓋淮水並力敵黃，勝負或亦相半，自高家堰廢壞，而清口內通濟橋、朱家等口淮水內灌，於是淮、泗之力分，而黃河得以全力制其敝，此清口所以獨淤於今歲也。下流既淤，則上流不得不決。
每歲糧艘以四五月畢運，而堤以六七月壞。水發之時不能為力，水落之後方圖堵塞。甫及春初，運事又迫，僅完堤工，於河身無與。河身不挑則來年益高。上流之決，必及於徐、呂，而不止於邳、遷；下流之涸，將盡乎邳、遷，而不止於清、桃。須不惜一年糧運，不惜數萬帑藏，開挑正河，寬限責成，乃為一勞永逸。
至高家堰、朱家等口，宜及時築塞，使淮、泗並力足以敵黃，則淮水之故道可復，高、寶之大患可減。若興、鹽海口堙塞，亦宜大加疏浚。而湖堤多建減水大閘，堤下多開支河。要未有不先黃河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。」事下河漕諸臣會議。
淮之出清口也，以黃水由老黃河奔注，而老黃河久淤，未幾復塞，淮水仍漲溢。給事中劉鉉請亟開通海口，而簡大臣會同河漕諸臣往治。乃命桂芳為工部尚書兼理河漕，而裁總河都御史官。桂芳甫受命而卒。
六年夏，潘季馴代。時給事中李淶請多浚海口，以導眾水之歸。給事中王道成則請塞崔鎮決口，築桃、宿長堤，修理高家堰，開復老黃河。並下河臣議。季馴與督漕侍郎江一麟相度水勢，言：
「海口自雲梯關四套以下，闊七八里至十餘里，深三四丈。欲別議開鑿，必須深闊相類，方可注放，工力甚難。且未至海口，乾地猶可施工，其將入海之地，潮汐往來，與舊口等耳。舊口皆系積沙，人力雖不可浚，水力自能沖刷，海無可浚之理。惟當導河歸海，則以水治水，即浚海之策也。河亦非可以人力導，惟當繕治堤防，俾無旁決，則水由地中，沙隨水去，即導河之策也。
頻年以來，日以繕堤為事，顧卑薄而不能支，迫近而不能容，雜以浮沙而不能久。是以河決崔鎮，水多北潰，為無堤也。淮決高家堰、黃浦口，水多東潰，堤弗固也。不咎制之未備，而咎築堤為下策，豈通論哉！上流既旁潰，又岐下流而分之，其趨雲梯入海口者，譬猶強弩之末耳。水勢益分則力益弱，安能導積沙以注海？
故今日浚海急務，必先塞決以導河，尤當固堤以杜決，而欲堤之不決，必真土而勿雜浮沙，高厚而勿惜鉅費，讓遠而勿與爭地，則堤乃可固也。沿河堤固，而崔鎮口塞，則黃不旁決而沖漕力專。高家堰築，朱家口塞，則淮不旁決而會黃力專。淮、黃既合，自有控海之勢。又懼其分而力弱也，必暫塞清江浦河，而嚴司啟閉以防其內奔。姑置草灣河，而專復雲梯以還其故道。仍接築淮安新城長堤，以防其末流。使黃、淮力全，涓滴悉趨於海，則力強且專，下流之積沙自去，海不浚而辟，河不挑而深，所謂固堤即以導河，導河即以浚海也。」
又言：「黃水入徐，歷邳、宿、桃、清，至清口會淮而東入海。淮水自洛及鳳，歷盱、泗，至清口會河而東入海。此兩河故道也。元漕江南粟，則由揚州直北廟灣入海，未嘗溯淮。陳瑄始堤管家諸湖，通淮為運道。慮淮水漲溢，則築高家堰堤以捍之，起武家墩，經大、小澗至阜寧湖，而淮不東侵。又慮黃河漲溢，則堤新城北以捍之，起清江浦，沿缽池山、柳浦灣迤東，而黃不南侵。
其後，堤岸漸傾，水從高堰決入，淮郡遂同魚鱉。而當事者未考其故，謂海口壅閉，宜亟穿支渠。詎知草灣一開，西橋以上正河遂至淤阻。夫新河闊二十餘丈，深僅丈許，較故道僅三十之一，豈能受全河之水？下流既壅，上流自潰，此崔鎮諸口所由決也。今新河復塞，故河漸已通流，雖深闊未及原河十一，而兩河全下，沙隨水刷，欲其全復河身不難也。河身既復，闊者七八里，狹亦不下三四百丈，滔滔東下，何水不容？匪惟不必別鑿他所，即草灣亦可置勿浚矣。
故為今計，惟修復陳瑄故跡，高築南北兩堤，以斷兩河之內灌，則淮、揚昏墊可免。塞黃浦口，築寶應堤，浚東關等淺，修五閘，復五壩，則淮南運道無虞。堅塞桃源以下崔鎮口諸決，則全河可歸故道。黃、淮既無旁決，並驅入海，則沙隨水刷，海口自復，而桃、清淺阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬撈之說，僅可行諸閘河，前入屢試無功，徒費工料。」
於是條上六議：曰塞決口以挽正河，曰築堤防以杜潰決，曰復閘壩以防外河，曰創滾水壩以固堤岸，曰止浚海工程以省糜費，曰寢開老黃河之議以仍利涉。帝悉從其請。
七年十月，兩河工成，賚季馴、一麟銀幣，而遣給事中尹瑾勘實。八年春進季馴太子太保工部尚書，廕一子。一麟等遷擢有差。是役也，築高家堰堤六十餘里，歸仁集堤四十餘里，柳浦灣堤東西七十餘里，塞崔鎮等決口百三十，築徐、睢、邳、宿、桃、清兩岸遙堤五萬六千餘丈，碭、豐大壩各一道，徐、沛、豐、碭縷堤百四十餘里，建崔鎮、徐升、季泰、三義減水石壩四座，遷通濟閘於甘羅城南，淮、揚間堤壩無不修築，費帑金五十六萬有奇。其秋擢季馴南京兵部尚書。季馴又請復新集至小浮橋故道，給事中王道成、河南巡撫周鑒等不可而止。自桂芳、季馴時罷總河不設，其後但以督漕兼理河道。高堰初築，清口方暢，流連數年，河道無大患。
至十五年，封丘、偃師、東明、長垣屢被沖決。大學士申時行言：「河所決地在三省，守臣畫地分修，易推委。河道未大壞，不必設都御史，宜遣風力老成給事中一人行河。」乃命工科都給事中常居敬往。居敬請修築大社集東至白茅集長堤百里。從之。
初，黃河由徐州小浮橋入運，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於運道。後漸徙沛縣飛雲橋及徐州大、小溜溝。至嘉靖末，決邵家口，出秦溝，由濁河口入運，河淺，迫茶城，茶城歲淤，運道數害。萬曆五年冬，河復南趨，出小浮橋故道，未幾復堙。潘季馴之塞崔鎮也，厚築堤岸，束水歸漕。嗣後水發，河臣輒加堤，而河身日高矣。於是督漕僉都御史楊一魁欲復黃河故道，請自歸德以下丁家道口浚至石將軍廟，令河仍自小浮橋出。又言：「善治水者，以疏不以障。年來堤上加堤，水高凌空，不啻過顙。濱河城郭，決水可灌。宜測河身深淺，隨處挑浚，而於黃河分流故道，設減水石門以洩暴漲。」給事中王士性則請復老黃河故道。大略言：
「自徐而下，河身日高，而為堤以束之，堤與徐州城等。束益急，流益迅，委全力於淮而淮不任。故昔之黃、淮合，今黃強而淮益縮，不復合矣。黃強而一啟天妃、通濟諸閘，則灌運河如建瓴。高、寶一梗，江南之運坐廢。淮縮則退而侵泗。為祖陵計，不得不建石堤護之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而後入海。淮安、高、寶、鹽、興數百萬生靈之命托之一丸泥，決則盡成魚暇矣。
紛紛之議，有欲增堤泗州者，有欲開顏家、灌口、永濟三河，南甃高家堰、北築滾水壩者。總不如復河故道，為一勞永逸之計也。河故道由三義鎮達葉家沖與淮合，在清河縣北別有濟運河，在縣南蓋支河耳。河強奪支河，直趨縣南，而自棄北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子灘凡九十里，ＡＨ下不耕，無室廬填墓之礙，雖開河費鉅，而故道一復，為利無窮。」
議皆未定。居敬及御史喬璧星皆請復專設總理大臣。乃命潘季馴為右都御史總督河道。
時帝從居敬言，罷老黃河議，而季馴抵官，言：「親集故道，故老言『銅幫鐵底』，當開，但歲儉費繁，未能遽行。」又言：「黃水濁而強，汶、泗清且弱，交會茶城。伏秋黃水發，則倒灌人漕，沙停而淤，勢所必至。然黃水一落，漕即從之，沙隨水去，不浚自通，縱有淺阻，不過旬日。往時建古洪、內華二閘，黃漲則閉閘以遏濁流，黃退則啟閘以縱泉水。近者居敬復增建鎮口閘，去河愈近，則吐納愈易。但當嚴閘禁如清江浦三閘之法，則河渠永賴矣。」帝方委季馴，即從其言，罷故道之議。未幾，水患益甚。
十七年六月，黃水暴漲，決獸醫口月堤，漫李景高口新堤，衝入夏鎮內河，壞田廬，沒人民無算。十月，決口塞。十八年，大溢，徐州水積城中者逾年。眾議遷城改河。季馴浚魁山支河以通之，起蘇伯湖至小河口，積水乃消。十九年九月，泗州大水，州治淹三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山陽復河決，江都、邵伯又因湖水下注，田廬浸傷。工部尚書曾同亨上其事，議者紛起。乃命工科給事中張貞觀往泗州勘視水勢，而從給事中楊其休言，放季馴歸，用舒應龍為工部尚書總督河道。
二十年三月，季馴將去，條上辨惑者六事，力言河不兩行，新河不當開，支渠不當浚。又著書曰河防一覽，大旨在築堤障河，束水歸漕；築堰障淮，逼淮注黃。以清刷濁，沙隨水去。合則流急，急則蕩滌而河深；分則流緩，緩則停滯而沙積。上流既急，則海口自辟而無待於開。其治堤之法，有縷堤以束其流，有遙堤以寬其勢，有滾水壩以洩其怒。法甚詳，言甚辯。然當是時，水勢橫潰，徐、泗、淮、揚間無歲不受患，祖陵被水。季馴謂當自消，已而不驗。於是季馴言詘，而分黃導淮之議由此起矣。
貞觀抵泗州言：「臣謁祖陵，見泗城如水上浮盂，盂中之水復滿。祖陵自神路至三橋、丹墀，無一不被水。且高堰危如累卵，又高、寶隱禍也。今欲洩淮，當以辟海口積沙為第一義。然洩淮不若殺黃，而殺黃於淮流之既合，不若殺於未合。但殺於既合者與運無妨，殺於未合者與運稍礙。別標本，究利害，必當殺於未合之先。至於廣入海之途，則自鮑家口、黃家營至魚溝、金城左右，地勢頗下，似當因而利導之。」貞觀又會應龍及總漕陳於陛等言：「淮、黃同趨者惟海，而淮之由黃達海者惟清口。自海沙開浚無期，因而河身日高；自河流倒灌無已，因而清口日塞。以致淮水上浸祖陵，漫及高、寶，而興、泰運堤亦沖決矣。今議辟清口沙，且分黃河之流於清口上流十里地，去口不遠，不至為運道梗。分於上，復合於下，則沖海之力專。合必於草灣之下，恐其復沖正河，為淮城患也。塞鮑家口、黃家營二決，恐橫衝新河，散溢無歸。兩岸俱堤，則東北清、沭、海、安ＡＨ下地不虞潰決。計費凡三十六萬有奇。若海口之塞，則潮汐莫窺其涯，難施畚鍤。惟淮、黃合流東下，河身滌而漸深，海口刷而漸辟，亦事理之可必者。」帝悉從其請。乃議於清口上流北岸，開腰鋪支河達於草灣。
既而淮水自決張福堤。直隸巡按彭應參言：「祖陵度可無虞，且方東備倭警，宜暫停河工。」部議令河臣熟計。應龍、貞觀言：「為祖陵久遠計，支河實必不容已之工，請候明春倭警寧息舉行。」其事遂寢。
二十一年春，貞觀報命，議開歸、徐達小河口，以救徐、邳之溢；導濁河入小浮橋故道，以紓鎮口之患。下總河會官集議，未定。五月，大雨，河決單縣黃堌口，一由徐州出小浮橋，一由舊河達鎮口閘。邳城陷水中，高、寶諸湖堤決口無算。明年，湖堤盡築塞，而黃水大漲，清口沙墊，淮水不能東下，於是挾上源阜陵諸湖與山溪之水，暴浸祖陵，泗城淹沒。二十三年，又決高郵中堤及高家堰、高良澗，而水患益急矣。
先是，御史陳邦科言：「固堤束水未收刷沙之利，而反致沖決。法當用浚，其方有三。冬春水涸，令沿河淺夫乘時撈淺，則沙不停而去，一也。官民船往來，船尾悉系鈀犁，乘風搜滌，則沙不寧而去，二也。仿水磨、水碓之法，置為木機，乘水滾蕩，則沙不留而去，三也。至淮必不可不會黃，故高堰斷不可棄。湖溢必傷堤，故周家橋潰處斷不可開。已棄之道必淤滿，故老黃河、草灣等處斷不可。」疏下所司議。戶部郎中華存禮則請復黃河故道，並浚草灣。而是時腰鋪猶未開，工部侍郎沈節甫言：「復黃河未可輕議，至諸策皆第補偏救弊而已，宜概停罷。」乃召應龍還工部，時二十二年九月也。
既而給事中吳應明言：「先因黃河遷徙無常，設遙、縷二堤束水歸漕，及水過沙停，河身日高，徐、邳以下居民盡在水底。今清口外則黃流阻遏，清口內則淤沙橫截，強河橫灌上流約百里許，淮水僅出沙上之浮流，而瀦蓄於盱、泗者遂為祖陵患矣。張貞觀所議腰鋪支河歸之草灣，或從清河南岸別開小河至駱家營、馬廠等地，出會大河，建閘啟閉，一遇運淺，即行此河，亦策之便者。」至治泗水，則有議開老子山，引淮水入江者。宜置閘以時啟閉，拆張福堤而堤清口，使河水無南向。部議下河漕諸臣會勘。直隸巡按牛應元因謁祖陵，目擊河患，繪圖以進，因上疏言：
「黃高淮壅，起於嘉靖末年河臣鑿徐、呂二洪巨石，而沙日停，河身日高，潰決由此起。當事者計無復之，兩岸築長堤以束，曰縷堤。縷堤復決，更於數里外築重堤以防，曰遙堤。雖歲決歲補，而莫可誰何矣。
黃、淮交會，本自清河北二十里駱家營，折而東至大河口會淮，所稱老黃河是也。陳瑄以其迂曲，從駱家營開一支河，為見今河道，而老黃河淤矣。萬曆間，復開草灣支河，黃捨故道而趨，以致清口交會之地，二水相持，淮不勝黃，則竄入各閘口，淮安士民於各閘口築一土埂以防之。嗣後黃、淮暴漲，水退沙停，清口遂淤，今稱門限沙是也。當事者不思挑門限沙，乃傍土埂築高堰，橫亙六十里，置全淮正流之口不事，復將從旁入黃之張福口一併築堤塞之，遂倒流而為泗陵患矣。前歲，科臣貞觀議辟門限沙，裁張福堤，其所重又在支河腰鋪之開。
總之，全口淤沙未盡挑辟，即腰鋪工成，淮水未能出也，況下流鮑、王諸口已決，難以施工。豈若復黃河故道，盡辟清口淤沙之為要乎？且疏上流，不若科臣應明所議，就草灣下流浚諸決口，俾由安東歸五港，或於周家橋量為疏通，而急塞黃堌口，挑蕭、碭渠道，浚符離淺阻。至宿遷小河為淮水入黃正路，急宜挑辟，使有所歸。」
應龍言：「張福堤已決百餘丈，清口方挑沙，而腰鋪之開尤不可廢。」工部侍郎沈思孝因言：「老黃河自三義鎮至葉家沖僅八千餘丈，河形尚存。宜亟開浚，則河分為二，一從故道抵顏家河入海，一從清口會淮，患當自弭。請遣風力科臣一人，與河漕諸臣定畫一之計。」乃命禮科給事中張企程往勘。而以水患累年，迄無成畫，遷延糜費，罷應龍職為民，常居敬、張貞觀、彭應參等皆譴責有差。御史高舉請11111111111
「疏周家橋，裁張福堤，辟門限沙，建滾水石壩於周家橋、大小澗口、武家墩、綠楊溝上下，而壩外浚河築岸，使行地中。改塘埂十二閘為壩，灌閘外十二河，以辟入海之路。浚芒稻河，且多建濱江水閘，以廣入江之途。然海口日壅，則河沙日積，河身日高，而淮亦不能安流。有灌口者，視諸口頗大，而近日所決蔣家、鮑家、畀家三口直與相射，宜挑浚成河，俾由此入海。」工部主事樊兆程亦議辟海口，而言：「舊海口決不可浚，當自鮑家營至五港口挑浚成河，令從灌口入海。」俱下工部。請並委企程勘議。
是時，總河工部尚書楊一魁被論，乞罷，因言：「清口宜浚，黃河故道宜復，高堰不必修，石堤不必砌，減水閘壩不必用。」帝不允辭，而詔以盡心任事。御史夏之臣則言：「海口沙不可劈，草灣河不必浚，腰鋪新河四十里不必開，雲梯關不必辟，惟當急開高堰，以救祖陵。」且言：「歷年以來，高良澗土堤每遇伏秋即沖決，大澗口石堤每遇洶湧即崩潰。是高堰在，為高、寶之利小；而高堰決，則為高、寶之害大也。孰若明議而明開之，使知趨避乎？」給事中黃運泰則又言：「黃河下流未洩，而遽開高堰、周橋以洩淮水，則淮流南下，黃必乘之，高、寶間盡為沼，而運道月河必沖決矣。不如浚五港口，達灌口門，以入於海之為得也。」詔並行勘議。
企程乃上言：「前此河不為陵患，自隆慶末年高、寶、淮、揚告急，當事狃於目前，清口既淤，又築高堰以遏之，堤張福以束之，障全淮之水與黃角勝，不虞其勢不敵也。迨後甃石加築，堙塞愈堅，舉七十二溪之水匯於泗者，僅留數丈一口出之，出者什一，停者什九。河身日高，流日壅，淮日益不得出，而瀦蓄日益深，安得不倒流旁溢為泗陵患乎？今議疏淮以安陵，疏黃以導淮者，言人人殊。而謂高堰當決者，臣以為屏翰淮、揚，殆不可少。莫若於其南五十里開周家橋注草子湖，大加開浚，一由金家灣入芒稻河注之江，一由子嬰溝入廣洋湖達之海，則淮水上流半有宣洩矣。於其北十五里開武家墩，注永濟河，由窯灣閘出口直達涇河，從射陽湖入海，則淮水下流半有歸宿矣。此急救祖陵第一義也。」會是時，祖陵積水稍退，一魁以聞，帝大悅，仍諭諸臣急協議宣洩。
於是企程、一魁共議欲分殺黃流以縱淮，別疏海口以導黃。而督漕尚書褚鈇則以江北歲祲，民不堪大役，欲先洩淮而徐議分黃。御史應元折衷其說，言：「導淮勢便而功易，分黃功大而利遠。顧河臣所請亦第六十八萬金，國家亦何靳於此？」御史陳煃嘗令寶應，慮周家橋既開，則以高郵、邵伯為壑，運道、民產、鹽場交受其害，上疏爭之，語甚激，大旨分黃為先，而淮不必深治。且欲多開入海之路，令高、寶諸湖之水皆東，而後周家橋、武家墩之水可注。而淮安知府馬化龍復進分黃五難之說。穎州兵備道李弘道又謂宜開高堰。鈇遂據以上聞。給事中林熙春駁之，言：「淮猶昔日之淮，而河非昔日之河，先是河身未高，而淮尚安流，今則河身既高，而淮受倒灌，此導淮固以為淮，分黃亦以為淮。」工部乃覆奏云：「先議開腰鋪支河以分黃流，以倭儆、災傷停寢，遂貽今日之患。今黃家壩分黃之工若復沮格，淮壅為害，誰職其咎？請令治河諸臣導淮分黃，亟行興舉。」報可。
二十四年八月，一魁興工未竣，復條上分淮導黃事宜十事。十月，河工告成，直隸巡按御史蔣春芳以聞，復條上善後事宜十六事。乃賞賚一魁等有差。是役也，役夫二十萬，開桃源黃河壩新河，起黃家嘴，至安東五港、灌口，長三百餘里，分洩黃水入海，以抑黃強。辟清口沙七里，建武家墩、高良澗、周家橋石閘，洩淮水三道入海，且引其支流入江。於是泗陵水患平，而淮、揚安矣。
然是時一魁專力桃、清、淮、泗間，而上流單縣黃堌口之決，以為不必塞。鈇及春芳皆請塞之。給事中李應策言：「漕臣主運，河臣主工，各自為見。宜再令析議。」一魁言：「黃堌口一支由虞城、夏邑接碭山、蕭縣、宿州至宿遷，出白洋河，一小支分蕭縣兩河口，出徐州小浮橋，相距不滿四十里。當疏浚與正河會，更通鎮口閘裡湖之水，與小浮橋二水會，則黃堌口不必塞，而運道無滯矣。」從之。於是議浚小浮橋、沂河口、小河口以濟徐、邳運道，以洩碭、蕭漫流，掊歸仁堤以護陵寢。
是時，徐、邳復見清、泗運道不利，鈇終以為憂。二十五年正月，復極言黃堌口不塞，則全河南徙，害且立見。議者亦多恐下嚙歸仁，為二陵患。三月，小浮橋等口工垂竣，一魁言：
「運道通利，河徙不相妨，已有明驗。惟議者以祖陵為慮，請徵往事折之。洪武二十四年，河決原武，東南至壽州入淮。永樂九年，河北入魚台。未幾復南決，由渦河經懷遠入淮。時兩河合流，歷鳳、泗以出清口，未聞為祖陵患。正統十三年，河北衝張秋。景泰中，徐有貞塞之，復由渦河入淮。弘治二年，河又北衝，白昂、劉大夏塞之，復南流，一由中牟至穎、壽，一由亳州至渦河入淮，一由宿遷小河口會泗。全河大勢縱橫穎、亳、鳳、泗間，下溢符離、睢、宿，未聞為祖陵慮，亦不聞堤及歸仁也。
正德三年後，河漸北徙，由小浮橋、飛雲橋、谷亭三道入漕，盡趨徐、邳，出二洪，運道雖濟，而泛溢實甚。嘉靖十一年，朱裳始有渦河一支中經鳳陽祖陵未敢輕舉之說。然當時猶時浚祥符之董盆口、寧陵之五里鋪、滎澤之孫家渡、蘭陽之趙皮寨，又或決睢州之地丘店、界牌口、野雞岡，寧陵之楊村鋪，俱入舊河，從亳、鳳入淮，南流未絕，亦何嘗為祖陵患？
嘉靖二十五年後，南流故道始盡塞，或由秦溝入漕，或由濁河入漕。五十年來全河盡出徐、邳，奪泗入淮。而當事者方認客作主，日築堤而窘之，以致河流日壅，淮不敵黃，退而內瀦，遂貽盱、泗祖陵之患。此實由內水之停壅，不由外水之沖射也。萬曆七年，潘季馴始慮黃流倒灌小河、白洋等口，挾諸河水沖射祖陵，乃作歸仁堤為保障計，復張大其說，謂祖陵命脈全賴此堤。習聞其說者，遂疑黃堌之決，下嚙歸仁，不知黃堌一決，下流易洩，必無上灌之虞。況今小河不日竣工，引河復歸故道，雲歸仁益遠，奚煩過計為？」報可。
一魁既開小浮橋，築義安山，浚小河口，引武沂泉濟運。及是年四月，河復大決黃堌口，溢夏邑、永城，由宿州府離橋出宿遷新河口入大河，其半由徐州入舊河濟運。上源水枯，而義安束水橫壩復沖二十餘丈，小浮橋水脈微細，二洪告涸，運道阻澀。一魁因議挑黃堌口迤上埽灣、淤嘴二處，且大挑其下李吉口北下濁河，救小浮橋上流數十里之涸。復上言：「黃河南旋至韓家道、盤岔河、丁家莊，俱岸闊百丈，深逾二丈，乃銅幫鐵底故道也。至劉家ＡＨ，始強半南流，得山西坡、永涸湖以為壑，出溪口入符離河，亦故道也。惟徐、邳運道淺涸，所以首議開小浮橋，再加挑辟，必大為運道之利。乃欲自黃堌挽回全河，必須挑四百里淤高之河身，築三百里南岸之長堤，不惟所費不貲，竊恐後患無已。」御史楊光訓等亦議挑埽灣直渠，展濟濁河，及築山西坡歸仁堤，與一魁合，獨鈇異議。帝命從一魁言。
一魁復言：「歸仁在西北，泗州在東南，相距百九十里，中隔重岡疊嶂。且歸仁之北有白洋河、朱家溝、周家溝、胡家溝、小河口洩入運河，勢如建瓴，即無歸仁，祖陵無足慮。濁河淤墊，高出地上，曹、單間闊一二百丈，深二三丈，尚不免橫流，徐、邳間僅百丈，深止丈餘，徐西有淺至二三尺者，而夏、永、韓家道口至符離，河闊深視曹、單，避高就下，水之本性，河流所棄，自古難復。且運河本籍山東諸泉，不資黃水，惟當仿正統間二洪南北口建閘之制，於鎮口之下，大浮橋之上，呂梁之下洪，邳州之沙坊，各建石閘，節宣汶、泗，而以小浮橋、沂河口二水助之，更於鎮口西築壩截黃，開唐家口而注之龍溝，會小浮橋入運，以杜灌淤鎮口之害，實萬全計也。」報可。
二十六年春，從楊光訓等議，撤鈇，命一魁兼管漕運。六月，召一魁掌部事，命劉東星為工部侍郎，總理河漕。
二十七年春，東星上言：「河自商、虞而下，由丁家道口抵韓家道口、趙家圈、石將軍廟、兩河口，出小浮橋下二洪，乃賈魯故道也。自元及我朝行之甚利。嘉靖三十七年北徙濁河，而此河遂淤。潘季馴議復開之，以工費浩繁而止。今河東決黃堌，由韓家道口至趙家圈百餘里，沖刷成河，即季馴議復之故道也。由趙家圈至兩河口，直接三仙台新渠，長僅四十里，募夫五萬浚之，逾月當竣，而大挑運河，小挑濁河，俱可節省。惟李吉口故道嘗挑復淤，去冬已挑數里，前功難棄，然至鎮口三百里而遙，不若趙家圈至兩河口四十里而近。況大浮橋已建閘蓄汶、泗之水，則鎮口濟運亦無藉黃流。」報可。十月，功成，加東星工部尚書，一魁及餘官賞賚有差。
初，給事中楊廷蘭因黃堌之決，請開泇河，給事中楊應文亦主其說。既而直隸巡按御史佴祺復言之。東星既開趙家圈，復采眾說，鑿泇河，以地多沙石，工未就而東星病。河既南徙，李吉口淤氵殿日高，北流遂絕，而趙家圈亦日就淤塞，徐、邳間三百里，河水尺餘，糧艘阻塞。
二十九年秋，工科給事中張問達疏論之。會開、歸大水，河漲商丘，決蕭家口，全河盡南注。河身變為平沙，商賈舟膠沙上。南岸蒙牆寺忽徙置北岸，商、虞多被淹沒，河勢盡趨東南，而黃堌斷流。河南巡撫曾如春以聞，曰：「此河徙，非決也。」問達復言：「蕭家口在黃堌上流，未有商舟不能行於蕭家口而能行於黃堌以東者，運艘大可慮。」帝從其言，方命東星勘議，而東星卒矣。問達復言：「運道之壞，一因黃堌口之決，不早杜塞；更因並力泇河，以致趙家圈淤塞斷流，河身日高，河水日淺，而蕭家口遂決，全河奔潰入淮，勢及陵寢。東星已逝，宜急補河臣，早定長策。」大學士沈一貫、給事中桂有根皆趣簡河臣。
御史高舉獻三策。請浚黃堌口以下舊河，引黃水注之東，遂塞黃堌口，而遏其南，俟舊河沖刷深，則並塞新決之口。其二則請開泇河及膠萊河，而言河漕不宜並於一人，當選擇分任其事。江北巡按御史吳崇禮則請自蒙牆寺西北黃河灣曲之所，開浚直河，引水東流。且浚李吉口至堅城集淤道三十餘里，而盡塞黃堌以南決口，使河流盡歸正漕。工部尚書一魁酌舉崇禮之議，以開直河、塞黃堌口、浚淤道為正策，而以泇河為旁策，膠萊為備策。帝命急挑舊河，塞決口，且兼挑泇河以備用。下山東撫按勘視膠萊河。
三十年春，一魁覆河撫如春疏言：「黃河勢趨邳、宿，請築汴堤自歸德至靈、虹，以障南徙。且疏小河口，使黃流盡歸之，則瀰漫自消，祖陵可無患。」帝喜納之。已而言者再疏攻一魁。帝以一魁不塞黃堌口，致沖祖陵，斥為民。復用崇禮議，分設河漕二臣，命如春為工部侍郎，總理河道。如春議開虞城王家口，挽全河東歸，須費六十萬。
三十一年春，山東巡撫黃克纘言：「王家口為蒙牆上源，上流既達，則下流不可旁洩，宜遂塞蒙牆口。」從之。時蒙牆決口廣八十餘丈，如春所開新河未及其半，塞而注之，慮不任受。有獻策者言：「河流既回，勢若雷霆，藉其勢沖之，淺者可深也。」如春遂令放水，水皆泥沙，流少緩，旋淤。夏四月，水暴漲，沖魚、單、豐、沛間，如春以憂卒。乃命李化龍為工部侍郎，代其任。
給事中宋一韓言：「黃河故道已復，陵、運無虞。決口懼難塞，宜深浚堅城以上淺阻，而增築徐、邳兩岸，使下流有所容，則舊河可塞。」給事中孟成己言：「塞舊河急，而浚新河尤急。」化龍甫至，河大決單縣蘇家莊及曹縣縷堤，又決沛縣四鋪口太行堤，灌昭陽湖，入夏鎮，橫衝運道。化龍議開泇河，屬之邳州直河，以避河險。給事中侯慶遠因言：「泇河成，則他工可徐圖，第毋縱河入淮。淮利則洪澤水減，而陵自安矣。」
三十二年正月，部覆化龍疏，大略言：「河自歸德而下，合運入海，其路有三：由蘭陽道考城至李吉口，過堅城集，入六座樓，出茶城而向徐、邳，是名濁河，為中路；由曹、單經豐、沛，出飛雲橋，泛昭陽湖，入龍塘，出秦溝而向徐、邳，是名銀河，為北路；由潘家口過司家道口，至何家堤，經符離，道睢寧，入宿遷，出小河口入運，是名符離河，為南路。南路近陵，北路近運，惟中路既遠於陵，且可濟運，前河臣興役未竣，而河形尚在。」因奏開泇有六善。帝從其議。
工部尚書姚繼可言：「黃河沖徙，河臣議於堅城集以上開渠引河，使下流疏通，復分六座樓、苑家樓二路殺其水勢，既可移豐、沛之患，又不至沼碭山之城。開泇分黃，兩工並舉，乞速發帑以濟。」允之。八月，化龍奏分水河成。事具《泇河志》中。加化龍太子少保兵部尚書。會化龍丁艱候代，命曹時聘為工部侍郎，總理河道。是秋，河決豐縣，由昭陽湖穿李家港口，出鎮口，上灌南陽，而單縣決口復潰，魚台、濟寧間平地成湖。
三十三年春，化龍言：「豐之失，由巡守不嚴，單之失，由下埽不早，而皆由蘇家莊之決。南直、山東相推諉，請各罰防河守臣。至年來緩堤防而急挑浚，堤壞水溢，不咎守堤之不力，惟委浚河之不深。夫河北岸自曹縣以下無入張秋之路，南岸自虞城以下無入淮之路，惟由徐、邳達鎮口為運道。故河北決曹、鄆、豐、沛間，則由昭陽湖出李家口，而運道溢；南決虞、夏、徐、邳間，則由小河口及白洋河，而運道涸。今泇河既成，起直河至夏鎮，與黃河隔絕，山東、直隸間，河不能制運道之命。獨朱旺口以上，決單則單沼，決曹則曹魚，及豐、沛、徐、邳、魚、碭皆命懸一線堤防，何可緩也？至中州荊隆口、銅瓦廂皆入張秋之路，孫家渡、野雞岡、蒙牆寺皆入淮之路，一不守，則北壞運，南犯陵，其害甚大。請西自開封，東至徐、邳，無不守之地，上自司道，下至府縣，無不守之人，庶幾可息河患。」乃敕時聘申飭焉。
其秋，時聘言：「自蘇莊一決，全河北注者三年。初泛豐、沛，繼沼單、魚，陳燦之塞不成，南陽之堤盡壞。今且上灌全濟，旁侵運道矣。臣親詣曹、單，上視王家口新築之壩，下視朱旺口北潰之流，知河之大可憂者三，而機之不可失者二。河決行堤，泛溢平地，昭陽日墊，下流日淤，水出李家口者日漸微緩，勢不得不退而上溢。溢於南，則孫家渡、野雞岡皆入淮故道，毋謂蒙牆已塞，而無憂於陵。溢於北，則芝麻莊、荊隆口皆入張秋故道，毋謂泇役已成，而無憂於運。且南之夏、商，北之曹、濮，其地益插，其禍益烈，其挽回益不易，毋謂災止魚、濟，而無憂於民。顧自王家口以達朱旺，新導之河在焉。疏其下流以出小浮橋，則三百里長河暢流，機可乘者一。
自徐而下，清黃並行，沙隨水刷，此數十年所未有，因而導水歸徐，容受有地，機可乘者二。臣與諸臣熟計，河之中路有南北二支：北出濁河，嘗再疏再壅；惟南出小浮橋，地形卑下，其勢甚順，度長三萬丈有奇，估銀八十萬兩。公諸虛耗，乞多方處給。」疏上留中。時聘乃大挑朱旺口。十一月興工，用夫五十萬。三十四年四月，工成，自朱旺達小浮橋延袤百七十里，渠廣堤厚，河歸故道。
六月，河決蕭縣郭暖樓人字口，北支至茶城、鎮口。三十五年，決單縣。三十九年六月，決徐州狼矢溝。四十年九月，決徐州三山，沖縷堤二百八十丈，遙堤百七十餘丈，梨林鋪以下二十里正河悉為平陸，邳、睢河水耗竭。總河都御史劉士忠開韓家壩外小渠引水，由是壩以東始通舟楫。四十二年，決靈璧陳鋪。四十四年五月，復決狼矢溝，由蛤鰻、周柳諸湖入泇河，出直口，復與黃會。六月，決開封陶家店、張家灣，由會城大堤下陳留，入亳州渦河。四十七年九月，決陽武脾沙堽，由封丘、曹、單至考城，復入舊河。時朝政日馳，河臣奏報多不省。四十二年，劉士忠卒，總河閱三年不補。四十六年閏四月，始命工部侍郎王佐督河道。河防日以廢壞，當事者不能有為。
天啟元年，河決靈譬雙溝、黃鋪，由永姬湖出白洋、小河口，仍與黃會，故道湮涸。總河侍郎陳道亨役夫築塞。時淮安霪雨連旬，黃、淮暴漲數尺，而山陽裡外河及清河決口匯成巨浸，水灌淮城，民蟻城以居，舟行街市。久之始塞。三年，決徐州青田大龍口，徐、邳、靈、睢河並淤，呂梁城南隅隱，沙高平地丈許，雙溝決口亦滿，上下百五十里悉成平陸。四年六月，決徐州魁山堤，東北灌州城，城中水深一丈三尺，一自南門至雲龍山西北大安橋入石狗湖，一由舊支河南流至鄧二莊，歷租溝東南以達小河，出白洋，仍與黃會。徐民苦淹溺，議集貲遷城。給事中陸文獻上徐城不可遷六議。而勢不得已，遂遷州治於雲龍，河事置不講矣。六年七月，河決淮安，逆入駱馬湖，灌邳、宿。
崇禎二年春，河決曹縣十四鋪口。四月，決睢寧，至七月中，城盡圮。總河侍郎李若星請遷城避之，而開邳州壩洩水入故道，且塞曹家口匙頭灣，逼水北注，以減睢寧之患。從之。四年夏，河決原武湖村鋪，又決封丘荊隆口，敗曹縣塔兒灣大行堤。六月黃、淮交漲，海口壅塞，河決建義諸口，下灌興化、鹽城，水深二丈，村落盡漂沒。逡巡逾年，始議築塞。興工未幾，伏秋水發，黃、淮奔注，興、鹽為壑，而海潮復逆沖，壞范公堤。軍民及商灶戶死者無算，少壯轉徙，丐江、儀、通、泰間，盜賊千百嘯聚。至六年，鹽城民徐瑞等言其狀。帝憫之，命議罰河曹官。而是時，總河朱光祚方議開高堰三閘。淮、揚在朝者合疏言：「建義諸口未塞，民田盡沉水底。三閘一開，高、寶諸邑蕩為湖海，而漕糧鹽課皆害矣。高堰建閘始於萬曆二十三年，未幾全塞。今高堰日壞，方當急議修築，可輕言開浚乎？」帝是其言，事遂寢。又從御史吳振纓請，修宿、寧上下西北舊堤，以捍歸仁。七年二月，建義決口工成，賜督漕尚書楊一鵬、總河尚書劉榮嗣銀幣。
八年九月，榮嗣得罪。初，榮嗣以駱馬湖運道潰淤，創挽河之議，起宿遷至徐州，別鑿新河，分黃水注其中，以通漕運。計工二百餘里，金錢五十萬。而其所鑿邳州上下，悉黃河故道，浚尺許，其下皆沙，挑掘成河，經宿沙落，河坎復平，如此者數四。迨引黃水入其中，波流迅急，沙隨水下，率淤淺不可以舟。及漕舟將至，而駱馬湖之潰決適平，舟人皆不願由新河。榮嗣自往督之，欲繩以軍法。有入者輒苦淤淺，弁卒多怨。巡漕御史倪於義劾其欺罔誤工，南京給事中曹景參復重劾之，逮問，坐贓，父子皆瘐死。郎中胡璉分工獨多，亦坐死。其後駱馬湖復潰，舟行新河，無不思榮嗣功者。
當是時，河患日棘，而帝又重法懲下，李若星以修浚不力罷官，朱光祚以建義蘇嘴決口逮系。六年之中，河臣三易。給事中王家彥嘗切言之。光祚亦竟瘐死。而繼榮嗣者周鼎修泇利運頗有功，在事五年，竟坐漕舟阻淺，用故決河防例，遣戍煙瘴。給事中沈胤培、刑部侍郎惠世揚、總河侍郎張國維各疏請寬之，乃獲宥免雲。
十五年，流賊圍開封久，守臣謀引黃河灌之。賊偵知，預為備。乘水漲，令其黨決河灌城，民盡溺死。總河侍郎張國維方奉詔赴京，奏其狀。山東巡撫王永吉上言：「黃河決汴城，直走睢陽，東南注鄢陵、鹿邑，必害亳、泗，侵祖陵，而邳、宿運河必涸。」帝令總河侍郎黃希憲急往捍御，希憲以身居濟寧不能攝汴，請特設重臣督理。命工部侍郎周堪賡督修汴河。
十六年二月，堪賡上言：「河之決口有二：一為朱家寨，寬二里許，居河下流，水面寬而水勢緩；一為馬家口，寬一里餘，居河上流，水勢猛，深不可測。兩口相距三十里，至汴堤之外，合為一流，決一大口，直衝汴城以去，而河之故道則涸為平地。怒濤千頃，工力難施，必廣浚舊渠，遠數十里，分殺水勢，然後畚鍤可措。顧築浚並舉，需夫三萬。河北荒旱，兗西兵火，竭力以供，不滿萬人，河南萬死一生之餘，未審能應募否，是不得不借助於撫鎮之兵也。」乃敕兵部速議，而令堪賡刻期興工。至四月，塞朱家寨決口，修堤四百餘丈。馬家口工未就，忽沖東岸，諸埽盡漂沒。堪賡請停東岸而專事西岸。帝令急竣工。
六月，堪賡言：「馬家決口百二十丈，兩岸皆築四之一，中間七十餘丈，水深流急，難以措手，請俟霜降後興工。」已而言：「五月伏水大漲，故道沙灘壅涸者刷深數丈，河之大勢盡歸於東，運道已通，陵園無恙。」疏甫上，決口再潰。帝趣鳩工，未奏績而明亡。
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