明官制，沿漢、唐之舊而損益之。自洪武十三年罷丞相不設，析中書省之政歸六部，以尚書任天下事，侍郎貳之。而殿閣大學士只備顧問，帝方自操威柄，學士鮮所參決。其糾劾則責之都察院，章奏則達之通政司，平反則參之大理寺，是亦漢九卿之遺意也。分大都督府為五，而徵調隸於兵部。外設都、布、按三司，分隸兵刑錢谷，其考核則聽於府部。是時吏、戶、兵三部之權為重。迨仁、宣朝，大學士以太子經師恩，累加至三孤，望益尊。而宣宗內柄無大小，悉下大學士楊士奇等參可否。雖吏部蹇義、戶部夏原吉時召見，得預各部事，然希闊不敵士奇等親。自是內閣權日重，即有一二吏、兵之長與執持是非，輒以敗。至世宗中葉，夏言、嚴嵩迭用事，遂赫然為真宰相，壓制六卿矣。然內閣之擬票，不得不決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉顛倒於其手。伴食者承意指之不暇，間有賢輔，卒蒿目而不能救。初，領五都督府者，皆元勳宿將，軍制肅然。永樂間，設內監監其事，猶不敢縱。沿習數代，勳戚紈褲司軍紀，日以惰毀。既而內監添置益多，邊塞皆有巡視，四方大征伐皆有監軍，而疆事遂致大壞，明祚不可支矣。跡其興亡治亂之由，豈不在用人之得失哉！至於設官分職，體統相維，品式具備，詳列後簡。覽者可考而知也。
宗人府 三公三孤 太子三師三少 內閣 吏部 戶部 附總督倉場禮部
兵部 附協理京營戎政 刑部 工部 附提督易州山廠
宗人府。宗人令一人，左、右宗正各一人，左、右宗人各一人，並正一品掌皇九族之屬籍，以時修其玉牒，書宗室子女適庶、名封、嗣襲、生卒、婚嫁、謚葬之事。凡宗室陳請，為聞於上，達材能，錄罪過。初，洪武三年置大宗正院。二十二年改為宗人府，並以親王領之。秦王樉為令，晉王𩣱、燕王棣為左、右宗正，周王隸、楚王楨為左、右宗人。其後以勳戚大臣攝府事，不備官，而所領亦盡移之禮部。其屬，經歷司，經歷一人，正五品典出納文移。
太師、太傅、太保為三公，正一品少師、少傅、少保為三孤，從一品掌佐天子，理陰陽，經邦弘化，其職至重。無定員，無專授。洪武三年，授李善長太師，徐達太傅。先是，常遇春已贈太保。三孤無兼領者。建文、永樂間罷公、孤官，仁宗復設。永樂二十二年八月，復置三公、三少。宣德三年，敕太師、英國公張輔，少師、吏部尚書蹇義，少傅、兵部尚書、華蓋殿大學士楊士奇，少保兼太子少傅、戶部尚書夏原吉，各輟所領，侍左右，咨訪政事。公孤之官，幾於專授。逮義、原吉卒，士奇還領閣務。自此以後，公、孤但虛銜，為勳戚文武大臣加官、贈官。而文臣無生加三公者，惟贈乃得之。嘉靖二年加楊廷和太傅，辭不受。其後文臣得加三公惟張居正，萬曆九年加太傅，十年加太師。
太子太師、太子太傅、太子太保，並從一品掌以道德輔導太子，而謹護翼之。太子少師、太子少傅、太子少保，並正二品掌奉太子以觀三公之道德而教諭焉。太子賓客，正三品掌侍太子贊相禮儀，規誨過失。皆東宮大臣，無定員，無專授。洪武元年，太祖有事親征，慮太子監國，別設宮僚或生嫌隙，乃以朝臣兼宮職：李善長兼太子少師，徐達兼太子少傅，常遇春兼太子少保，治書侍御史文原吉、范顯祖兼太子賓客。三年，禮部尚書陶凱請選人專任東宮官，罷兼領，庶於輔導有所責成。帝諭以江充之事可為明鑒，立法兼領，非無謂也。由是東宮師傅止為兼官、加官及贈官。惟永樂間，成祖幸北京，以姚廣孝專為太子少師，留輔太子。自是以後，終明世皆為虛銜，於太子輔導之職無與也。
中極殿大學士，舊名華蓋殿建極殿大學士，舊名謹身殿文華殿大學士，武英殿大學士，文淵閣大學士，東閣大學士，並正五品掌獻替可否，奉陳規誨，點檢題奏，票擬批答，以平允庶政。凡上之達下，曰詔，曰誥，曰制，曰冊文，曰諭，曰書，曰符，曰令，曰檄，皆起草進畫，以下之諸司。下之達上，曰題，曰奏，曰表，曰講章，曰書狀，曰文冊，曰揭帖，曰制對，曰露布，曰譯，皆審署申覆而修畫焉，平允乃行之。凡車駕郊祀、巡幸則扈從。御經筵，則知經筵或同知經筵事。東宮出閣講讀，則領其事，敘其官，而授之職業。冠婚，則充賓贊及納徵等使。修實錄、史志諸書，則充總裁官。春秋上丁釋奠先師，則攝行祭事。會試充考試官，殿試充讀卷官。進士題名，則大學士一人撰文，立石於太學。大典禮、大政事，九卿、科道官會議已定，則按典制，相機宜，裁量其可否，斟酌入告。頒詔則捧授禮部。會敕則稽其由狀以請。宗室請名、請封，諸臣請謚，並擬上。以其授餐大內，常侍天子殿閣之下，避宰相之名，又名內閣。
先是，太祖承前制，設中書省，置左、右丞相，正一品。甲辰正月，初置左、右相國，以李善長為右相國，徐達為左相國。吳元年命百官禮儀俱尚左，改右相國為左相國，左相國為右相國。洪武元年改為左、右丞相。平章政事，從一品左、右丞，正二品參知政事，從二品以統領眾職。置屬官，左、右司，郎中，正五品員外郎正六品都事、檢校，正七品照磨、管勾，從七品參議府參議，正三品參軍、斷事官，從三品斷事、經歷，正七品知事，正八品都鎮撫司都鎮撫，正五品考功所，考功郎，正七品。甲辰十月以都鎮撫司隸大都督府。吳元年革參議府。洪武元年革考功所。二年革照磨、檢校所、斷事官。七年設直省舍人十人，尋改中書舍人。
洪武九年汰平章政事、參知政事。十三年正月，誅丞相胡惟庸，遂罷中書省。其官屬盡革，惟存中書舍人。九月，置四輔官，以儒士王本等為之。置四輔官，告太廟，以王本、杜佑、襲學為春官，杜學、趙民望、吳源為夏官，兼太子賓客。秋、冬官缺，以本等攝之。一月內分司上中下三旬。位列公、侯、都督之次。尋亦罷。十五年，仿宋制，置華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，禮部尚書邵質為華蓋，檢討吳伯宗為武英，翰林學士宋訥為文淵，典籍吳沉為東閣。又置文華殿大學士，征耆儒鮑恂、余詮、張長年等為之，以輔導太子。秩皆正五品。二十八年敕諭群臣：「國家罷丞相，設府、部、院、寺以分理庶務，立法至為詳善。以後嗣君，其毋得議置丞相。臣下有奏請設立者，論以極刑。」當是時，以翰林、春坊詳看諸司奏啟，兼司平駁。大學士特侍左右，備顧問而已。建文中，改大學士為學士。悉罷諸大學士，各設學士一人。又改謹身殿為正心殿，設正心殿學士。成祖即位，特簡解縉、胡廣、楊榮等直文淵閣，參預機務。閣臣之預務自此始。然其時，入內閣者皆編、檢、講讀之官，不置官屬，不得專制諸司。諸司奏事，亦不得相關白。
仁宗以楊士奇、楊榮東宮舊臣，升士奇為禮部侍郎兼華蓋殿大學士，榮為太常卿兼謹身殿大學士，謹身殿大學士，仁宗始置，閣職漸崇。其後士奇、榮等皆遷尚書職，雖居內閣，官必以尚書為尊。景泰中，王文始以左都御史進吏部尚書，入內閣。自後，誥敕房、制敕房俱設中書舍人，六部承奉意旨，靡所不領，而閣權益重。世宗時，三殿成，改華蓋為中極，謹身為建極，閣銜因之。嘉靖以後，朝位班次，俱列六部之上。
吏部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其屬，司務廳，司務二人，從九品文選、驗封、稽勳、考功四清吏司，各郎中一人，正五品員外郎一人，從五品主事一人，正六品。洪武三十一年增設文選司主事一人。正統十一年增設考功司主事一人。
尚書，掌天下官吏選授、封勳、考課之政令，以甄別人才，贊天子治。蓋古塚宰之職，視五部為特重。侍郎為之貳。
司務，掌催督、稽緩、勾銷、簿書。明初，設主事、司務各四人，為首領官，有主事印。洪武二十九年改主事為司官，裁司務二人。各部並同。
文選，掌官吏班秩遷升、改調之事，以贊尚書。凡文官之品九，品有正從，為級一十八。不及九品曰未入流。凡選，每歲有大選，有急選，有遠方選，有歲貢就教選，間有揀選，有舉人乞恩選。選人或登資簿，厘其流品，平其銓注，而序遷之。凡升必考滿，若員缺當補，不待考滿，曰推升。類推上一人，單推上二人。三品以上，九卿及僉都御史、祭酒，廷推上二人或三人。內閣，吏、兵二部尚書，廷推上二人。凡王官不外調，王姻不內除，大臣之族不得任科道，僚屬同族則以下避上。外官才地不相宜，則酌其繁簡互換之。有傳升、乞升者，並得執奏。以署職、試職、實授奠年資，以開設、裁併、兼攝適繁簡，以薦舉、起廢、徵召振幽滯，以帶俸、添注寄恩冗，以降調、除名馭罪過，以官程督吏治，以寧假悉人情。
驗封，掌封爵、襲廕、褒贈、吏算之事，以贊尚書。凡爵非社稷軍功不得封，封號非特旨不得與。或世或不世，皆給誥券。衍聖公及戚裡恩澤封，不給券。凡券，左右各一，左藏內府，右給功臣之家。襲封則征其誥券，稽其功過，核其宗支，以第其世流降除之等。土官則勘其應襲與否，移文選司注擬。宣慰、宣撫、安撫、長官諸司領士兵者，則隸兵部。凡廕敘，明初，自一品至七品，皆得廕一子以世其祿。洪武十六年，定職官子孫廕敘。正一品子，正五品用。從一品子，從五品用。正二品子，正六品用。從二品子，從六品用。正三品子，正七品用。從三品子，從七品用。正四品子，正八品用。從四品子，從八品用。正五品子，正九品用。從五品子，從九品用。正六品子，於未入流上等職內敘用。從六品子，於未入流中等職內敘用。正從七品子，於未入流下等職內敘用。後乃漸為限制，京官三品以上，考滿著績，始廕一子曰官生，其出自特恩者曰恩生。凡封贈，公、侯、伯之追封，皆遞進一等。三品以上政績顯異及死諫、死節、陣亡者，皆得贈官。其見任則初授散階，京官滿一考，及外官滿一考而以最聞者，皆給本身誥敕。七品以上皆得推恩其先。五品以上授誥命，六品以下授敕命。一品，三代四軸。二品、三品，二代三軸。四品、五品、六品、七品，一代二軸。八品以下流內官，本身一軸。一品軸以玉，二品軸以犀，三品、四品軸以鋈金，五品以下軸以角。曾祖、祖、父皆如其子孫官。公、侯、伯視一品。外內命婦視夫若子之品。生曰封，死曰贈。若先有罪譴則停給。文之散階四十有二，以歷考為差。正一品，初授特進榮祿大夫，升授特進光祿大夫。從一品，初授榮祿大夫，升授光祿大夫。正二品，初授資善大夫，升授資政大夫，加授資德大夫。從二品，初授中奉大夫，升授通奉大夫，加授正奉大夫。正三品，初授嘉議大夫，升授通議大夫，加授正議大夫。從三品，初授亞中大夫，升授中大夫，加授大中大夫。正四品，初授中順大夫，升授中憲大夫，加授中議大夫。從四品，初授朝列大夫，升授朝議大夫，加授朝請大夫。正五品，初授奉議大夫，升授奉政大夫。從五品，初授奉訓大夫，升授奉直大夫。正六品，初授承直郎，升授承德郎。從六品，初授承務郎，升授儒林郎，吏材幹出身授宣德郎。正七品，初授承事郎，升授文林郎，吏材干授宣議郎。從七品，初授從仕郎，升授征仕郎。正八品，初授迪功郎，升授修職郎。從八品，初授迪功佐郎，升授修職佐郎。正九品，初授將仕郎，升授登仕郎。從九品，初授將仕佐郎，升授登仕佐郎。外命婦之號九。公曰某國夫人。侯曰某侯夫人。伯曰某伯夫人。一品曰夫人，後稱一品夫人。二品曰夫人。三品曰淑人。四品曰恭人。五品曰宜人。六品曰安人。七品曰孺人。因其子孫封者，加太字，夫在則否。凡封贈之次，七品至六品一次，五品一次，初制有四品一次，後省。三品、二品、一品各一次。三母不並封，兩封從優品。父職高於子，則進一階。父應停給及子為人後者，皆得移封。嫡在不封生母，生母未封不先封其妻。妻之封，止於一嫡一繼。其封贈後而以墨敗者，則追奪。
稽勳，掌勳級、名籍、喪養之事，以贊尚書。凡文勳十。正一品，左、右柱國。從一品，柱國。正二品，正治上卿。從二品，正治卿。正三品，資治尹。從三品，資治少尹。正四品，贊治尹。從四品，贊治少尹。正五品，修正庶尹。從五品，協正庶尹。自五品以上，歷再考，乃授勳。凡百官遷除、降調皆開寫年甲、鄉貫、出身。每歲十二月貼黃，春秋清黃，皆赴內府。有故，揭而去之。凡父母年七十，無兄弟，得歸養。凡三年喪，解職守制，糾擿其奪喪、匿喪、短喪者。惟欽天監官奔喪三月復任。
考功，掌官吏考課、黜陟之事，以贊尚書。凡內外官給由，三年初考，六年再考，並引請，九年通考，奏請綜其稱職、平常、不稱職而陟黜之。陟無過二等，降無過三等，其甚者黜之、罪之。京官六年一察，察以巳、亥年。五品下考察其不職者，降罰有差；四品上自陳，去留取旨。外官三年一朝，朝以辰、戌、丑、未年。前期移撫、按官，各綜其屬三年內功過狀注考，匯送覆核以定黜陟。倉場庫官一年考，巡檢三年考，教官九年考。府州縣官之考，以地之繁簡為差。吏之考，三、六年滿，移驗封司撥用。九年滿，又試授官。惟王官及欽天、御用等監官不考。凡內外官彈章，稽其功過，擬去留以請上裁。薦舉、保留，則核其政績旌異焉。
明初，設四部於中書省，分掌錢谷禮儀、刑名、營造之務。洪武元年始置吏、戶、禮、兵、刑 、工六部，設尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事，尚書正三品，侍郎正四品，郎中正五品，員外郎正六品，主事正七品。仍隸中書省。六年，部設尚書二人，侍郎二人。吏部設總部、司勳、考功三屬部，部設郎中、員外郎各一人，主事各二人。十三年，罷中書省，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各設尚書、侍郎一人。惟戶部侍郎二人。每部分四屬部，吏部屬部加司封。每屬部設郎中、員外郎、主事各一人，尋增侍郎一人。二十二年，改總部為選部。二十九年，定為文選、驗封、稽勳、考功四司並五部屬，皆稱清吏司。建文中，改六部尚書為正一品，設左、右侍中，正二品位侍郎上，除去諸司清吏字。成祖初，悉復舊制。
永樂元年，以北平為北京，置北京行部尚書二人，侍郎四人，其屬置六曹清吏司。吏、戶、禮、兵、工五曹，郎中、員外郎、主事各一人。刑曹，郎中一人，員外郎一人，主事四人，照磨、檢校各一人，司獄一人。尋戶曹亦增設主事三人。後又分置六部，各稱行在某部。十八年定都北京，罷行部及六曹，以六部官屬移之北，不稱行在。其留南京者，加「南京」字。洪熙元年，復置各部官屬於南京，去「南京」字，而以在北京者加「行在」字，仍置行部。宣德三年復罷行部。正統六年，於北京去「行在」字，於南京仍加「南京」字，遂為定制。景泰中，吏部嘗設二尚書。天順初，復罷其一。
按吏部尚書，表率百僚，進退庶官，銓衡重地，其禮數殊異，無與並者。永樂初，選翰林官入直內閣。其後大學士楊士奇等加至三孤，兼尚書銜，然品敘列尚書蹇義、夏原吉下。景泰中，左都御史王文升吏部尚書，兼學士，入內閣，其班位猶以原銜為序次。自弘治六年二月，內宴，大學士丘濬遂以太子太保、禮部尚書，居太子太保、吏部尚書王恕之上。其後由侍郎、詹事入閣者，班皆列六部上矣。
戶部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人，正三品其屬，司務廳，司務二人，從九品浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司，各郎中一人。正五品。宣德以後增設山西司郎中三人，陝西、貴州、雲南三司郎中各二人，山東司郎中一人。員外郎一人，從五品。宣德七年增設四川、雲南二司員外郎各一人，後仍革。主事二人，正六品宣德以後增設雲南司主事七人，浙江、江西、湖廣、陝西、福建、河南、山西七司主事各二人，山東、四川、貴州三司主事各一人。照磨所，照磨一人，正八品檢校一人，正九品。所轄，寶鈔提舉司，提舉一人，正八品，副提舉一人。正九品典史一人，後副提舉、典史俱革。鈔紙局，大使、副使各一人，後革副使。印鈔局，大使、副使各一人，後俱革。寶鈔廣惠庫，大使一人，正九品，副使二人，從九品，嘉靖中革。廣積庫，大使一人，正九品，副使一人，從九品，典史一人，嘉靖中，副使、典史俱革。贓罰庫，大使一人，正九品，副使二人，從九品，嘉靖中革。甲字、乙字、丙字、丁字、戊字庫，大使五人，正九品，副使六人，從九品，丁字庫二人，嘉靖中革一人，並革乙字、戊字二庫副使。廣盈庫，大使一人，從九品副使二人。嘉靖中革。外承運庫，大使二人，正九品副使二人，從九品。後大使、副使俱革。承運庫，大使一人，正九品副使一人。從九品。嘉靖中革。行用庫，大使、副使各一人，後俱革。太倉銀庫，大使、副使各一人。嘉靖中，革副使。御馬倉，大使一人，從九品副使一人。軍儲倉，大使一人，從九品副使一人，後大使、副使俱革。長安、東安、西安、北安門倉，各副使一人，東安門倉舊二人，萬曆八年革一人。張家灣鹽倉檢校批驗所，大使、副使各一人。隆慶六年並革。
尚書，掌天下戶口、田賦之政令。侍郎貳之。稽版籍、歲會、賦役實征之數，以下所司。十年攢黃冊，差其戶上下畸零之等，以周知其登耗。凡田土之侵佔、投獻、詭寄、影射有禁，人戶之隱漏、逃亡、朋充、花分有禁，繼嗣、婚姻不如令有禁。皆綜核而糾正之。天子耕耤，則尚書進耒耜。以墾荒業貧民，以占籍附流民，以限田裁異端之民，以圖帳抑兼併之民，以樹藝課農官，以芻地給馬牧，以召佃盡地利，以銷豁清賠累，以撥給廣恩澤，以給除差優復，以鈔錠節賞賚，以讀法訓吏民，以權量和市糴，以時估平物價，以積貯之政恤民困，以山澤、陂池、關市、坑冶之政佐邦國，贍軍輸，以支兌、改兌之規利漕運，以蠲減、振貸、均糴、捕蝗之令憫災荒，以輸轉、屯種、糴買、召納之法實邊儲，以祿廩之制馭貴賤。洪武二十五年，重定內外文武官歲給祿俸之制。正一品，一千四十四石。從一品，八百八十八石。正二品，七百三十二石。從二品，五百七十六石。正三品，四百二十石。從三品，三百一十二石。正四品，二百八十八石。從四品，二百五十二石。正五品，一百九十二石。從五品，一百六十八石。正六品，一百二十石。從六品，九十六石。正七品 ，九十石。從七品，八十四石。正八品，七十八石。從八品，七十二石。正九品，六十六石。從九品，六十石。未入流，三十六石。俱米鈔本折兼支。
十三司，各掌其分省之事，兼領所分兩京、直隸貢賦，及諸司、衛所祿俸，邊鎮糧餉，並各倉場鹽課、鈔關。浙江司帶管在京羽林右、留守左、龍虎、應天、龍驤、義勇右、康陵七衛，神機營。 江西司帶管在京旗手、金吾前、金吾後、金吾左、濟陽五衛。 湖廣司帶管國子監、教坊司，在京羽林前、通州、和陽、豹韜、永陵、昭陵六衛，及興都留守司。 福建司帶管順天府，在京燕山左、武驤左、武驤右、驍騎右、虎賁右、留守後、武成中、茂陵八衛，五軍、巡捕、勇士、四衛各營，及北直隸永平、保定、河間、真定、順德、廣平、大名七府，延慶、保安二州，大寧都司、萬全都司，並北直隸所轄各衛所，山口、永盈、通濟各倉。 山東司帶管在京錦衣、大寧中、大寧前三衛及遼東都司，兩淮、兩浙、長蘆、河東、山東、福建各鹽運司，四川、廣東、海北、雲南黑鹽井、白鹽井、安寧、五井各鹽課提舉司，陝西靈州鹽課司，江西南贛鹽稅。 山西司帶管在京燕山前、鎮南、興武、永清左、永清右五衛，及宣府、大同、山西各鎮。 河南司帶管在京府軍前、燕山右、大興左、裕陵四衛，牧馬千戶所及直隸潼關衛、蒲州千戶所。 陝西司帶管宗人府、五軍都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、太僕寺、鴻臚寺、尚寶司、六科、中書舍人、行人司、欽天監、太醫院、五城兵馬司、京衛武學、文思院、皮作局，在京留守右、長陵、獻陵、景陵四衛，神樞、隨侍二營，及延綏、寧夏、甘肅、固原各鎮。 四川司帶管在京府軍後、金吾右、騰驤左、騰驤右、武德、神策、忠義後、武功中、武功左、武功右、彭城十一衛及應天府、南京四十九衛，南直隸安慶、蘇州、松江、常州、鎮江、徽州、寧國、池州、太平、廬州、鳳陽、淮安、揚州十三府，徐、滁、和、廣德四州，中都留守司並南直隸所轄各衛所。 廣東司帶管在京羽林左、留守中、鷹揚、神武左、義勇前、義勇後六衛，蕃牧、奠靖二千戶所。 廣西司帶管太常寺、光祿寺、神樂觀、犧牲所、司牲司、太倉銀庫、內府十庫，在京瀋陽左、瀋陽右、留守前、寬河、蔚州左五衛，及二十三馬房倉，各象房、牛房倉，京府各草場。 雲南司帶管在京府軍、府軍左、府軍右、虎賁左、忠義右、忠義前、泰陵七衛，及大軍倉、皇城四門倉、並在外臨清、德州、徐州、淮安、天津各倉。貴州司帶管上林苑監，寶鈔提舉司，都稅司，正陽門、張家灣各宣課司，德勝門、安定門各稅課司，崇文門分司，在京濟州、會州、富峪三衛，及薊州、永平、密雲、昌平、易州各鎮，臨清、許墅、九江、淮安、北新、揚州、河西務各鈔關。
條為四科：曰民科，主所屬省府州縣地理、人物、圖志、古今沿革、山川險易、土地肥瘠寬狹、戶口物產多寡登耗之數；曰度支，主會計夏稅、秋糧、存留、起運及賞賚、祿秩之經費；曰金科，主市舶、魚鹽、茶鈔稅課，及贓罰之收折；曰倉科，主漕運、軍儲出納料糧。凡差三等，由吏部選授曰注差，疏名上請曰題差，答刂委曰部差。或三年，或一年，或三月而代。
初，洪武元年置戶部。六年，設尚書二人，侍郎二人。分為五科：一科，二科，三科，四科，總科。每科設郎中、員外郎各一人，主事四人。惟總科郎中、員外郎各二人，主事五人。八年，中書省奏戶、刑、工三部事繁，戶部五科，每科設尚書、侍郎各一人，郎中、員外郎各二人，主事五人，內會總科主事六人，外牽照科主事二人，司計四人，照磨二人，管勾一人。又置在京行用庫，隸戶部。設大使一人，副使二人，典史一人，都監二人。十三年，升部秩，定設尚書一人，侍郎二人。分四屬部：總部，度支部，金部，倉部。每部郎中、員外郎各一人。總部主事四人，度支部、金部主事各三人，倉部主事二人。尋罷在京行用庫。二十二年，改總部為民部。二十三年，又分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部。四川部兼領雲南。部設郎中、員外郎各一人，主事二人，各領一布政司戶口、錢糧等事，量其繁簡，帶管京畿。每一部內仍分四科管理。又置照磨、檢校各一人，稽文書出入之數而程督之。十九年，復置寶鈔提舉司。洪武七年，初置寶鈔提舉司，提舉一人，正七品；副提舉一人，從七品；吏目一人，省注。所屬鈔紙、印鈔二局，各大使一人，正八品；副使一人，正九品；典史一人，省注。寶鈔、行用二庫，各大使二人，正八品；副使二人，正九品；典史一人，省注。尋升提舉為正四品。十三年罷，至是年復置，秩正八品。二十六年，令浙江、江西、蘇松人毋得任戶部。二十九年，改十二部為十二清吏司。建文中，仍為四司。餘見吏部。成祖復舊制。永樂元年，改北平司為北京司。十八年，革北京司，設雲南、貴州、交阯三清吏司。宣德十年，革交阯司，定為十三司。其後歸並職掌。凡宗室、勳戚、文武官吏之廩祿，陝西司兼領之。北直隸府州衛所，福建司兼領之。南直隸府州衛所，四川司兼領之。天下鹽課，山東司兼領之。關稅，貴州司兼領之。漕運及臨、德諸倉，雲南司兼領之。御馬、象房諸倉，廣西司兼領之。明初，嘗置司農司，尋罷吳元年置司農司。卿，正三品；少卿，正四品；丞，正五品；庸田署令，正五品；典簿、司計，正七品。洪武元年罷。三年復置司農司，開治所於河南，設卿一人，少卿二人，丞四人，主簿、錄事各二人。四年又罷。後置判錄司，亦罷。洪武十三年置判錄司，掌在京官吏俸給、文移、勘合。設判錄一人，正七品；副判二人，從七品。尋改判錄為司正，副判為左，右司副。十八年罷。皆不隸戶部。
總督倉場一人，掌督在京及通州等處倉場糧儲。洪武初，置軍儲倉二十所，各設官司其事。永樂中，遷都北京，置京倉及通州諸倉，以戶部司員經理之。宣德五年，始命李昶為戶部尚書，專督其事，遂為定制。以後，或尚書，或侍郎，俱不治部事。嘉靖十五年，又命兼督西苑農事。隆慶初，罷兼理。萬曆二年，另撥戶部主事一人陪庫，每日偕管庫主事收放銀兩，季終更替。九年裁革，命本部侍郎分理之。十一年復設。二十五年，以右侍郎張養蒙督遼餉。四十七年，增設督餉侍郎。崇禎間，有督遼餉、寇餉、宣大餉，增設三四人。天啟五年，又增設督理錢法侍郎。
禮部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人正三品其屬，司務廳，司務二人，從九品儀制、祠祭、主客、精膳四清吏司，各郎中一人，正五品員外郎一人，從五品主事一人，正六品。正統六年增設儀制、祠祭二司主事各一人。又增設儀制司主事一人，教習駙馬。弘治五年增設主客司主事一人，提督會同館。所轄，鑄印局，大使一人，副使二人。萬曆九年革一人。
尚書，掌天下禮儀、祭祀、宴饗、貢舉之政令。侍郎佐之。
儀制，分掌諸禮文、宗封、貢舉、學校之事。天子即位，天子冠、大婚，冊立皇太子、妃嬪、太子妃，上慈宮徽號，朝賀、朝見，大饗、宴饗，大射、宴射，則舉諸儀注條上之。若經筵、日講、耕耤、視學、策士、傳臚、巡狩、親征、進歷、進春、獻俘、奏捷，若皇太子出閣、監國，親王讀書、之籓，皇子女誕生、命名，以及百官、命婦朝賀皇太子、后妃之禮，與諸王國之禮，皆頒儀式於諸司。凡傳制、誥，開讀詔、敕、表、箋及上下百官往來移文，皆授以程式焉。凡歲請封宗室王、郡王、將軍、中尉、妃、主、君，各以其親疏為等。百官於宗王，具官稱名而不臣。王臣稱臣於其王。凡宗室、駙馬都尉、內命婦、蕃王之誥命，則會吏部以請。凡諸司之印信，領其制度。內閣，銀印，直紐，方一寸七分，厚六分，玉箸篆文。征西、鎮朔、平羌、平蠻等將軍，銀印，虎紐，方三寸三分，厚九分，柳葉篆文。宗人府、五軍都督府，俱正一品，銀印，三台，方三寸四分，厚一寸。六部都察院、各都司，俱正二品，銀印，二台，方三寸二分，厚八分。衍聖公、張真人、中都留守司，俱正二品，各布政司，從二品，銀印，二台，方三寸一分，厚七分。後賜衍聖公三台銀印。順天、應天二府，俱正三品，銀印，方二寸九分，厚六分五厘。通政司、大理寺、太常寺、詹事府、京衛、各按察司、各衛，俱正三品，苑馬寺、宣慰司，俱從三品，銅印，方二寸七分，厚六分。太僕寺、光祿寺、各鹽運司，俱從三品，銅印，方二寸六分，厚五分五厘。鴻臚寺各府，俱正四品，國子監、宣撫司，俱從四品，銅印，方二寸五分，厚五分。翰林院、左右春坊、尚寶司、欽天監、太醫院、上林苑監、六部各司、宗人府經歷司、王府長史司、各衛千戶所，俱正五品，司經局、五府經歷司、招討司、安撫司，俱從五品，銅印，方二寸四分，厚四分五厘。各州，從五品，銅印，方二寸三分，厚四分。都察院經歷司、大理寺左右司、五城兵馬司，大興、宛平、上元、江寧四縣，僧錄司、道錄司、中都留守司經歷司、斷事司，各都司經歷司、斷事司，各衛百戶所、長官司，王府審理所，俱正六品，光祿司各署，各布政司經歷司、理問所，俱從六品，銅印，方二寸二分，厚三分五厘。六科行人司、通政司經歷司、工部營繕所、太常寺典簿廳、上林苑監各署、各按察司經歷司、各縣，俱正七品，中書舍人，順天應天二府經歷司、京衛經歷司、光祿寺典簿廳、太僕寺主簿廳、詹事府主簿廳、各衛經歷司、各鹽運司經歷司、苑馬寺主簿廳、宣慰司經歷司，俱從七品，銅印，方二寸一分，厚三分。戶部、刑部、都察院各照磨所，兵部典牧所，國子監繩愆廳、博士廳、典簿廳，鴻臚寺主簿廳，欽天監主簿廳，各布政司照磨所，各府經歷司，王府紀善、典寶、典膳、奉祀、良醫、工正各所，宣撫司經歷司，俱正從八品，銅印，方二寸，厚二分五厘。刑部、都察院各司獄司，順天、應天二府照磨所、司獄司，鴻臚寺各署，國子監典籍廳，上林苑監典簿廳，內府寶鈔等各庫，御馬倉、草倉，會同館，織染所，文思院，皮作局，顏料局，鞍轡局，寶源局，軍器局，都稅司，教坊司，留守司司獄司，各都司司獄司，各按察司照磨所、司獄司，各府照磨所、司獄司，王府長史司典簿廳、教授、典義所，各府衛儒學、稅課司，陰陽學、醫學、僧綱司、道紀司、各巡檢司，俱正從九品，銅印，方一寸九分，厚二分二厘。各州縣儒學、倉庫、驛遞、閘壩批驗所、抽分竹木局、河泊所、織染局、稅課局、陰陽學、醫學、僧正司、道正司、僧會司、道會司，俱未入流，銅條記，闊一寸三分，長二寸五分，厚二分一厘。已上俱直紐，九疊篆文。監察御史，銅印，直紐，有眼，方一寸五分，厚三分，八疊篆文。總制、總督、巡撫並鎮守、公差等官，銅關防，直紐，闊一寸九分五厘，長二寸九分，厚三分，九疊篆文。外國王印三等：曰金，曰鍍金，曰銀。刓敝則換給之。凡祥瑞，辨其名物，無請封禪以蕩上心。以學校之政育士類，以貢舉之法羅賢才，以鄉飲酒禮教齒讓，以養老尊高年，以制度定等威，以恤貧廣仁政，以旌表示勸勵，以建言會議悉利病，以禁自宮遏奸民。
祠祭，分掌諸祀典及天文、國恤、廟諱之事。凡祭有三，曰天神、地祇、人鬼。辨其大祀、中祀、小祀而敬供之。飭其壇蟚遺、祠廟、陵寢而數省閱之。蠲其牢醴、玉帛、粢羹、水陸瘞燎之品，第其配侑、從食、功德之上下而秩舉之。天下神祇在祀典者，則稽諸令甲，播之有司，以時謹其祀事。督日官頒歷象於天下。日月交食，移內外諸司救護。有災異即奏聞，甚者乞祭告修省。凡喪葬、祭祀，貴賤有等，皆定其程則而頒行之。凡謚，帝十七字，後十三字，妃、太子、太子妃並二字，親王一字，郡王二字，以字為差。勳戚、文武大臣請葬祭贈謚，必移所司，核行能，傅公論，定議以聞。其侍從勤勞、忠諫死者，官品未應謚，皆得特賜。凡帝后愍忌，祀於陵，輟朝不廢務。凡天文、地理、醫藥、卜筮、師巫、音樂、僧道人，並籍領之，有興造妖妄者罪無赦。
主客，分掌諸蕃朝貢接待給賜之事。諸蕃朝貢，辨其貢道、貢使、貢物遠近多寡豐約之數，以定王若使迎送、宴勞、廬帳、食料之等，賞賚之差。凡貢必省閱之，然後登內府，有附載物貨，則給直。若蕃國請嗣封，則遣頒冊於其國。使還，上其風土、方物之宜，贈遺禮文之節。諸蕃有保塞功，則授敕印封之。各國使人往來，有誥敕則驗誥敕，有勘籍則驗勘籍，毋令闌入。土官朝貢，亦驗勘籍。其返，則以鏤金敕諭行之，必與銅符相比。凡審言事，譯文字，送迎館伴，考稽四夷館譯字生、通事之能否，而禁飭其交通漏洩。凡朝廷賜賚之典，各省土物之貢，鹹掌之。
精膳，分掌宴饗、牲豆、酒膳之事。凡御賜百官禮食，曰宴，曰酒飯，為上中下三等，視其品秩。番使、土官有宴，有下程，宴有一次，有二次，下程有常例，有欽賜。皆辨其等。親王之籓，王、公、將軍來朝，及其使人，亦如之。凡膳羞、酒醴、品料，光祿是供，會其數，而程其出納焉。凡廚役，僉諸民，以給使於太常、光祿；年深者，得選充王府典膳。凡歲藏冰、出冰，移所司謹潔之。
初，洪武元年置禮部。六年，設尚書二人，侍郎二人。分四屬部：總部，祠部，膳部，主客部。每部設郎中、員外郎各一人，主事各三人。十三年，升部秩，設尚書、侍郎各一人，每屬部設郎中、員外郎、主事各一人。尋復增置侍郎一人。二十二年，改總部為儀部。二十九年，改儀部、祠部、膳部為儀制、祠祭、精膳，惟主客仍舊，俱稱為清吏司。
按周宗伯之職雖掌邦禮，而司徒既掌邦教，所謂禮者，僅鬼神祠祀而已。至合典樂典教，內而宗籓，外而諸蕃，上自天官，下逮醫師、膳夫、伶人之屬，靡不兼綜，則自明始也。成、弘以後，率以翰林儒臣為之。其由此登公孤任輔導者，蓋冠於諸部焉。
兵部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其屬，司務廳，司務二人，從九品武選、職方、車駕、武庫四清吏司，各郎中一人，正五品。正統十年，增設武選、職方二司郎中各一人。成化三年，增設車駕司郎中一人。萬曆九年並革。員外郎一人，從五品。正統十年增設武選司員外郎一人。弘治九年增設武庫司員外郎一人。後俱革。嘉靖十二年，增設職方司員外郎一人。主事二人，正六品。洪武、宣德間，增設武選司主事三人，職方司主事四人。正統十四年，增設車駕、武庫二司主事各一人。後革。萬曆十一年，又增設車駕司主事一人。所轄，會同館大使一人，正九品副使二人，從九品大通關大使、副使各一人，俱未入流。
尚書，掌天下武衛官軍選授、簡練之政令。侍郎佐之。
武選，掌衛所土官選授、升調、襲替、功賞之事。凡武官六品，其勳十有二。正一品，左、右柱國。從一品，柱國。正二品，上護軍。從二品，護軍。正三品，上輕車都尉。從三品，輕車都尉。正四品，上騎都尉。從四品，騎都尉。正五品，驍騎尉。從五品，飛騎尉。正六品，雲騎尉。從六品，武騎尉。散階三十。正一品，初授特進榮祿大夫，升授特進光祿大夫。從一品，初授榮祿大夫，升授光祿大夫。正二品，初授驃騎將軍，升授金吾將軍，加授龍虎將軍。從二品，初授鎮國將軍，升授定國將軍，加授奉國將軍。正三品，初授昭勇將軍，升授昭毅將軍，加授昭武將軍。從三品，初授懷遠將軍，升授定遠將軍，加授安遠將軍。正四品，初授明威將軍，升授宣威將軍，加授廣威將軍。從四品，初授宣武將軍，升授顯武將軍，加授信武將軍。正五品，初授武德將軍，升授武節將軍。從五品，初授武略將軍，升授武毅將軍。正六品，初授昭信校尉，升授承信校尉。從六品，初授忠顯校尉，升授忠武校尉。歲凡六選。有世官，有流官。世官九等，指揮使，指揮同知，指揮僉事，衛鎮撫，正千戶，副千戶，百戶，試百戶，所鎮撫。皆有襲職，有替職。其幼也，有優給。其不得世也，有減革，有通革。流官八等，左右都督，都督同知，都督僉事，都指揮使，都指揮同知。都指揮僉事，正留守，副留守。以世官升授，或由武舉用之，皆不得世。即有世者，出特恩。非真授者曰署職，署職，遞加本職一級作半級，不支俸，非軍功，毋得實授。曰試職，試職作一級，支半俸，不給誥。曰納職，納職帶俸，不蒞事。戰功二等：奇功為上，頭功次之。首功四等：迤北為大，遼東次之，西番、苗蠻又次之，內地反寇又次之。凡比試，有舊官，洪武三十一年以前為舊。有新官，成祖以後為新。軍政，五年一考選，先期撫、按官上功過狀，覆核而去留之。五府、錦衣衛堂上各總兵官，皆自陳，取上裁。推舉上二人，都指揮以下上一人。凡土司之官九級，自從三品至從七品，皆無歲祿。其子弟、族屬、妻女、若婿及甥之襲替，胥從其俗。附塞之官，自都督至鎮撫，凡十四等，皆以誥敕辨其偽冒。贈官死於王事，加二等；死於戰陣，加三等。凡除授出自中旨者，必覆奏然後行之。以貼黃征圖狀，以初績征誥敕，以效功課將領，以比試練卒徒，以優養恩故絕，以褒恤勵死戰，以寄祿馭恩幸，以殺降、失陷、避敵、激叛之法肅軍機，以典刑、敗倫、行劫、退陣之科斷世祿。
職方，掌輿圖、軍制、城隍、鎮戍、簡練、征討之事。凡天下地裡險易遠近，邊腹疆界，俱有圖本，三歲一報，與官軍車騎之數偕上。凡軍制內外相維，武官不得輒下符征發。自都督府，都指揮司，留守司，內外衛守禦、屯田、群牧千戶所，儀衛司，土司，諸番都司衛所，各統其官軍及其部落，以聽徵調、守衛、朝貢、保塞之令。以時修浚其城池而閱視之。凡鎮戍將校五等：曰鎮守，曰協守，曰分守，曰守備，曰備倭。皆因事增置，視地險要，設兵屯戍之。凡京營操練，統以文武大臣，皆科道官巡視之。若將軍營練，將軍四衛營練，及勇士、幼官、舍人等營練，則討其軍實，稽其什伍，察其存逸閒否，以教其坐作、進退、疾徐、疏數之節，金鼓、麾旗之號。征討請命將出師，懸賞罰，調兵食，紀功過，以黜陟之。以堡塞障邊徼，以烽火傳聲息，以關津詰奸細，以緝捕弭盜賊，以快壯簡鄉民，以勾解、收充、抽選、並豁、疏放、存恤之法整軍伍。
車駕，掌鹵簿、儀仗、禁衛、驛傳、廄牧之事。凡鹵簿大駕，大典禮、大朝會設之；丹陛駕，常朝設之；武陳駕，世宗南巡時設之。皆辨其物數，以授所司。慈宮、中宮之鹵簿，東宮、宗籓之儀仗，亦如之。凡侍衛，御殿全直，常朝番直，守衛、親軍衛，畫前、後、左、右四門為四行，而日夜巡警之。守衛皇城，前午門為一行，後玄武門為一行，左東華門為一行，右西華門為一行。凡郵傳，在京師曰會同館，在外曰驛，曰遞運所，皆以符驗關券行之。凡馬政，其專理者，太僕、苑馬二寺，稽其簿籍，以時程其登耗，惟內廄不會。
武庫，掌戎器、符勘、尺籍、武學、薪隸之事。凡內外官軍有征行，移工部給器仗，籍紀其數，制敕下各邊征發。及使人出關，必驗勘合。軍伍缺，下諸省府州縣勾之。以跟捕、紀錄、開戶、給除、停勾之法，核其召募、垛集、罪謫、改調營丁尺籍之數。凡武職幼官，及子弟未嗣官者，於武學習業，以主事一人監督之。考稽學官之賢否、肄習之勤怠以聞。諸司官署供應有柴薪，直衙有皁隸，視官品為差。
初，洪武元年置兵部。六年，增尚書一人，侍郎一人。置總部、駕部並職方三部，設郎中、員外郎、主事，如吏部之數。十三年，升部秩，設尚書、侍郎各一人，又增置庫部為四屬部，部設郎中、員外郎、主事各一人。十四年，增試侍郎一人。二十二年改總部為司馬部。二十九年，定改四部為武選、職方、車駕、武庫四清吏司。惟職方仍舊名。景泰中，增設尚書一人，協理部事，天順初罷。隆慶四年添注侍郎二人，尋罷。萬曆末年復置。
協理京營戎政一人，或尚書，或侍郎，或右都御史。掌京營操練之事。永樂初，設三大營，總於武將。景泰元年始設提督團營，命兵部尚書于謙兼領之，後罷。成化三年復設，率以本部尚書或都御史兼之。嘉靖二十年，始命尚書劉天和輟部務，另給關防，專理戎政。二十九年，以「總督京營戎政」之印畀仇鸞，而改設本部侍郎協理戎政，不給關防。萬曆九年裁革，十一年復設。天啟初，增設協理一人，尋革。崇禎二年復增一人，以庶吉士劉之綸為兵部侍郎充之。
刑部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其屬，司務廳，司務二人。從九品浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司，各郎中一人，正五品員外郎一人，從五品主事二人。正六品。正統六年，十三司俱增設主事一人。成化元年增設四川、廣西二司主事各一人，後革。萬曆中，又革湖廣、陝西、山東、福建四司主事各一人。照磨所，照磨，正八品檢校，正九品各一人。司獄司，司獄六人，從九品。
尚書，掌天下刑名及徒隸、勾覆、關禁之政令。侍郎佐之。
十三司，各掌其分省及兼領所分京府、直隸之刑名。浙江司帶管崇府、中軍都督府、刑科、內官、御用、司設等監，在京金吾前、騰驤左、瀋陽右、留守中、神策、和陽、武功右、廣洋八衛，蕃牧千戶所，及兩浙鹽運司，直隸和州，涿鹿左、涿鹿中二衛。 江西司帶管淮、益、弋陽、建安、樂安五府，前軍都督府，御馬監，火藥、酒醋、面觔等局，在京府軍前、燕山左、留守前、龍驤、寬河、忠義前、忠義後、永清右、龍江左、龍江右十衛，及直隸廬州府，廬州、六安、九江、武清、宣府前、龍門各衛。 湖廣司帶管楚、岷、吉、榮、遼五府，右軍都督府，司禮、尚賓、尚膳、神宮等監，天財庫，在京留守右、虎賁右、忠義右、武功左、茂陵、永陵、江淮、濟川、水軍右九衛，及興都留守司，直隸寧國、池州二府，宣州、神武中、定州、茂山、保安左、保安右各衛，渤海千戶所。福建司帶管戶部、太僕寺、戶科、寶鈔提舉司、印綬、都知等監，甲字第十庫，在京金吾後、應天、會州、武成中、武功中、孝陵、獻陵、景陵、裕陵、泰陵十衛，牧馬千戶所，及福建鹽運司，直隸常州府、廣德州，中都留守左、留守中、定邊、開平中屯各衛，美峪千戶所。 山東司帶管魯、德、衡、涇四府，左軍都督府，宗人府，兵部，尚寶司，兵科，典牧所，會同館，供用庫，戈戟司，司苑局，在京羽林右、瀋陽左、長陵三衛，奠靖千戶所，及山東鹽運司，中都留守司，遼東都司，遼東行太僕寺，直隸鳳陽府，滁州、鳳陽、皇陵、長淮、泗州、壽州、滁州、沂州、德州、德州左、保定後各衛，安東中護衛，潮河、龍門、寧靖各千戶所。 山西司帶管晉、代、沈、懷仁、慶成五府，翰林院，欽天監，上林苑監，南、北二城兵馬司，混堂司，甜食房，在京旗手、金吾右、驍騎右、龍虎、大寧中、義勇前、義勇後、英武八衛，及直隸鎮江府、徐州，鎮江、徐州、瀋陽中屯各衛，瀋陽中護衛，倒馬關、平定各千戶所。河南司帶管周、唐、趙、鄭、徽、伊、汝七府，禮部，太常寺，光祿寺，鴻臚寺，詹事府，國子監，禮科，中書舍人，神樂觀，犧牲所，兵仗局，靈台、鐘鼓等司，東城兵馬司，教坊司，在京羽林左、府軍右、武德、留守後、神武左、彭城六衛，及兩淮鹽運司，直隸淮安、揚州二府，淮安、大河、邳州、揚州、高郵、儀真、宿州、武平、歸德、寧山、神武右各衛，海州、鹽城、通州、汝寧各千戶所。 陝西司帶管秦、韓、慶、肅四府，後軍都督府，大理寺，行人司，尚衣監，針工局，西城兵馬司，在京府軍後、騰驤右、豹韜、鷹揚、興武、義勇右、康陵、昭陵、龍虎左、橫海、江陰十一衛，及河東鹽運司，陝西行太僕寺，甘肅行太僕寺，直隸太平府，建陽、保定左、保定右、保定中、保定前各衛，平涼中護衛。 四川司帶管蜀府，工部，工科，巾帽、織染二局，僧道錄司，在京府軍、金吾左、濟川、武驤右、大寧前、蔚州左、永清左、廣武八衛，及直隸松江、大名二府，金山、懷安、懷來各衛，神木千戶所。 廣東司帶管應天府，在京錦衣、府軍左、虎賁左、濟陽、留守左、水軍左、飛熊七衛，及直隸延慶州，懷來千戶所。 廣西司帶管靖江府，通政司，五軍斷事司，中城兵馬司，寶鈔、銀作二局，在京羽林前、燕山右、燕山前、大興左、通州、武驤左、鎮南、富峪八衛，及直隸安慶、徽州二府，安慶、新安、通州左、通州右、延慶、延慶左、延慶右各衛。 雲南司帶管順天府，太醫院，儀衛、惜薪等司，承運庫，及直隸永平、廣平二府，鎮海、真定、永平、山海、盧龍、東勝左、東勝右、撫寧、密雲中、密雲後、大同中屯、潼關、營州五屯、萬全左、萬全右各衛，寬河、武定、蒲州各千戶所。 貴州司帶管吏部，吏科，司菜局，及長蘆鹽運司，大寧都司，萬全都司，直隸蘇州、保定、河間、真定、順德五府，蘇州、太倉、薊州、遵化、鎮朔、興州五屯，忠義中、涿鹿、河間、天津、天津左、天津右、德州、宣府左、宣府右、開平、保安、蔚州、永寧各衛，梁城、興和、廣昌各千戶所。
照磨、檢校，照刷文卷，計錄贓贖。司獄，率獄吏，典囚徒。凡軍民、官吏及宗室、勳戚麗於法者，詰其辭，察其情偽，傅律例而比議其罪之輕重以請。詔獄必據爰書，不得逢迎上意。凡有殊旨、別敕、詔例、榜例，非經請議著為令甲者，不得引比。凡死刑，即決及秋後決，並三覆奏。兩京、十三布政司，死罪囚歲讞平之。五歲請敕遣官，審錄冤滯。霜降錄重囚，會五府、九卿、科道官共錄之。矜疑者戍邊，有詞者調所司再問，比律者監候。夏月熱審，免笞刑，減徒、流，出輕系。遇歲旱，特旨錄囚亦如之。凡大祭止刑。凡贖罪，視罪輕重，斬、絞、雜犯、徒末減者，聽收贖。詞訴必自下而上，有事重而迫者，許擊登聞鼓。四方有大獄，則受命往鞫之。四方決囚，遣司官二人往蒞。凡斷獄，歲疏其名數以聞，曰歲報；月上其拘釋存亡之數，曰月報。獄成，移大理寺覆審，必期平允。凡提牢，月更主事一人，修葺囹圄，嚴固扃鑰，省其酷濫，給其衣糧。囚病，許家人入視，脫械鎖醫藥之。簿錄俘囚，配沒官私奴婢，鹹籍知之。官吏有過，並紀錄之。歲終請湔滌之。以名例攝科條，以八字括辭議，以、準、皆、各、其、及、即、若，以五服參情法，以墨涅識盜賊。籍產不入瑩墓，籍財不入度支，宗人不即市，宮人不即獄，悼耄疲癃不即訊。詳《刑法志》。
洪武元年置刑部。六年，增尚書、侍郎各一人。設總部、比部、都官部、司門部，部設郎中、員外郎各二人，惟都官各一人。總部、比部主事各六人，都官、司門主事各四人。八年，以部事浩繁，增設四科，科設尚書、侍郎、郎中各一人，員外郎二人，主事五人。十三年，升部秩，設尚書一人，侍郎一人，仍分四屬部，部設郎中、員外郎各一人，總部、比部主事各四人，都官、司門主事各二人，尋增侍郎一人。始分左、右侍郎。二十二年，改總部為憲部。二十三年，分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部，浙江部兼領雲南。部各設官，如戶部之制。二十九年，改為十二清吏司。永樂元年以北平為北京。十八年，革北京司，增置雲南、貴州、交阯三司。宣德十年，革交阯司，遂定為十三清吏司。
工部。尚書一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其屬，司務廳，司務二人。從九品營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司，各郎中一人，正五品，後增設都水司郎中四人。員外郎一人，從五品，後增設營膳司員外郎二人，虞衡司員外郎一人。主事二人。正六品，後增設都水司主事五人，營膳司主事三人，虞衡司主事二人，屯田司主事一人。所轄，營繕所，所正一人，正七品所副二人，正八品所丞二人。正九品文思院，大使一人，正九品副使二人。從九品皮作局，大使一人，正九品副使二人。從九品，後革。鞍轡局，大使一人，正九品副使一人。從九品。隆慶元年，大使、副使俱革。寶源局，大使一人，正九品副使一人。從九品，嘉靖間革。顏料局，大使一人，正九品，後革。軍器局，大使一人，正九品副使二人，後革一人。節慎庫，大使一人，從九品。嘉靖八年設。織染所、雜造局，大使一人，正九品副使一人。從九品廣積、通積、盧溝橋、通州、白河各抽分竹木局，大使各一人，副使各一人。大通關提舉司，提舉一人，正八品，萬曆二年革。副提舉二人，正九品典史一人。後副提舉、典史俱革。柴炭司，大使一人，從九品副使一人。
尚書，掌天下百官、山澤之政令。侍郎佐之。
營繕，典經營興作之事。凡宮殿、陵寢、城郭、壇場、祠廟、倉庫、廨宇、營房、王府邸第之役，鳩工會材，以時程督之。凡鹵簿、儀仗、樂器，移內府及所司，各以其職治之，而以時省其堅潔，而董其窳濫。凡置獄具，必如律。凡工匠二等：曰輪班，三歲一役，役不過三月，皆復其家；曰住坐，月役一旬，有稍食。工役二等，以處罪人輸作者，曰正工，曰雜工。雜工三日當正工一日，皆視役大小而撥節之。凡物料儲偫，曰神木廠，曰大木廠，以蓄材木，曰黑窯廠，曰琉璃廠，以陶瓦器，曰台基廠，以貯薪葦，皆籍其數以供修作之用。
虞衡，典山澤采捕、陶冶之事。凡鳥獸之肉、皮革、骨角、羽毛，可以供祭祀、賓客、膳羞之需，禮器、軍實之用，歲下諸司采捕。水課禽十八、獸十二，陸課獸十八、禽十二，皆以其時。冬春之交，罝罛不施川澤；春夏之交，毒藥不施原野。苗盛禁蹂躪，谷登禁焚燎。若害獸，聽為陷阱獲之，賞有差。凡諸陵山麓，不得入斧斤、開窯冶、置墓墳。凡帝王、聖賢、忠義、名山、岳鎮、陵墓、祠廟有功德於民者，禁樵牧。凡山場、園林之利，聽民取而薄征之。凡軍裝、兵械，下所司造，同兵部省之，必程其堅致。凡陶甄之事，有歲供，有暫供，有停減，籍其數，會其入，毋輕毀以費民。凡諸冶，飭其材，審其模範，付有司。錢必准銖兩，進於內府而頒之。牌符、火器，鑄於內府，禁其以法式洩於外。凡顏料，非其土產不以征。
都水，典川澤、陂池、橋道、舟車、織造、券契、量衡之事。水利曰轉漕，曰灌田。歲儲其金石、竹木、卷埽，以時修其閘壩、洪淺、堰圩、堤防，謹蓄洩以備旱潦，無使壞田廬、墳隧、禾稼。舟楫、磑碾者不得與灌田爭利，灌田者不得與轉漕爭利。凡諸水要會，遣京朝官專理，以督有司。役民必以農隙，不能至農隙，則僝功成之。凡道路、津梁，時其葺治。有巡幸及大喪、大禮, 則修除而較比之。凡舟車之制，曰黃船，以供御用，曰遮洋船，以轉漕於海，曰淺船，以轉漕於河，曰馬船、曰風快船，以供送官物，曰備倭船、曰戰船，以禦寇賊，曰大車，曰獨轅車，曰戰車，皆會其財用，酌其多寡、久近、勞逸而均劑之。凡織造冕服、誥敕、制帛、祭服、淨衣諸幣布，移內府、南京、浙江諸處，周知其數而慎節之。凡公、侯、伯鐵券，差其高廣。制式詳《禮志》。凡祭器、冊寶、乘輿、符牌、雜器皆會則於內府。凡度量、權衡，謹其校勘而頒之，懸式於市，而罪其不中度者。
屯田，典屯種、抽分、薪炭、伕役、墳塋之事。凡軍馬守鎮之處，其有轉運不給，則設屯以益軍儲。其規辦營造、木植、城磚、軍營、官屋及戰衣、器械、耕牛、農具之屬。凡抽分征諸商，視其財物各有差。凡薪炭，南取洲汀，北取山麓，或征諸民，有本、折色，酌其多寡而撙節之。伕役伐薪、轉薪，皆雇役。凡墳塋及堂碑、碣獸之制,第宗室、勳戚、文武官之等而定其差。墳塋制度， 詳《禮志》。
洪武初，置工部及官屬，以將作司隸焉。吳元年置將作司，卿，正三品，少卿，正四品，丞，正五品。左、右提舉司提舉，正六品，同提舉，從六品，司程、典簿、副提舉，正七品。軍需庫大使，從八品，副使，正九品。洪武元年，以將作司隸工部。六年，增尚書、侍郎各一人，設總部、虞部、水部並屯田為四屬部。總部設郎中、員外郎各二人，餘各一人。總部主事八人，餘各四人。又置營造提舉司。洪武六年，改將作司為正六品，所屬提舉司，改正七品。尋更置營造提舉司及營造提舉分司，每司設正提舉一人，副提舉二人，隸將作司。八年，增立四科，科設尚書、侍郎、郎中各一人，員外郎二人，主事五人，照磨二人。十年，罷將作司。十三年定官制，設尚書一人，侍郎一人，四屬部，以屯田部為屯部，各郎中、員外郎一人，主事二人。十五年增侍郎一人。二十二年，改總部為營部。二十五年，置營繕所。改將作司為營繕所，秩正七品，設所正、所副、所丞各二人，以諸匠之精藝者為之。二十九年，又改四屬部為營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司。嘉靖後添設尚書一人，專督大工。
提督易州山廠一人，掌督御用柴炭之事。明初，於沿江蘆洲並龍江、瓦屑二場，取用柴炭。永樂間，遷都於北，則於白羊口、黃花鎮、紅螺山等處採辦。宣德四年始設易州山廠，專官總理。景泰間，移於平山，又移於滿城，相繼以本部尚書或侍郎督廠事。天順元年仍移於易州。嘉靖八年罷革，改設主事管理。
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